More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3955 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3955  DnaB domain-containing protein  100 
 
 		 460 aa  943    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.378441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1320  DnaB domain-containing protein  51.96 
 
 		 470 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0545947  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3893  phage DNA helicase, putative  44.21 
 
 		 465 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000374969 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2442  replicative DNA helicase  39.15 
 
 		 457 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000892281 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2819  replicative DNA helicase  39.15 
 
 		 457 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0432  replicative DNA helicase  37.96 
 
 		 479 aa  269  5.9999999999999995e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.789235  normal  0.752 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0649  replicative DNA helicase  38.25 
 
 		 464 aa  268  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112072 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07680  replicative DNA helicase  38.39 
 
 		 463 aa  269  1e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5658  replicative DNA helicase  37.1 
 
 		 464 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.313319  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1735  replicative DNA helicase  36.4 
 
 		 461 aa  267  4e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0740032  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0803  replicative DNA helicase  37.44 
 
 		 460 aa  267  4e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0892  replicative DNA helicase  37.21 
 
 		 462 aa  266  5e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65130  replicative DNA helicase  36.87 
 
 		 464 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0538  replicative DNA helicase  37.3 
 
 		 465 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.294706 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4929  replicative DNA helicase  37.53 
 
 		 464 aa  265  1e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0774  replicative DNA helicase  37.44 
 
 		 460 aa  265  1e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0585  replicative DNA helicase  37.53 
 
 		 464 aa  265  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.35566 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0251  replicative DNA helicase  36.94 
 
 		 478 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000686038  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0223  DnaB helicase  37.3 
 
 		 472 aa  262  1e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1931  replicative DNA helicase  37.07 
 
 		 461 aa  261  2e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4873  replicative DNA helicase  37.01 
 
 		 465 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.495294  normal  0.581353 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4930  replicative DNA helicase  37.24 
 
 		 465 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000680092 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4754  replicative DNA helicase  37.01 
 
 		 465 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.100967 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2382  replicative DNA helicase  36.03 
 
 		 472 aa  257  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3278  replicative DNA helicase  36.73 
 
 		 468 aa  256  5e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000542812  unclonable  0.00000295185 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4664  replicative DNA helicase  36.57 
 
 		 465 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0851035 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2002  replicative DNA helicase  36.43 
 
 		 463 aa  256  7e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.691063  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4207  replicative DNA helicase  36.88 
 
 		 468 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000507576  hitchhiker  0.000100726 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0762  replicative DNA helicase  36.2 
 
 		 468 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000711425  unclonable  0.000000000136332 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2183  replicative DNA helicase  38.37 
 
 		 460 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2452  replicative DNA helicase  37.47 
 
 		 461 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.034153  normal  0.221442 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1790  replicative DNA helicase  37.47 
 
 		 461 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0711961 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1404  replicative DNA helicase  37.98 
 
 		 460 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1400  replicative DNA helicase  38.37 
 
 		 460 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.94223  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0006  replicative DNA helicase  38.37 
 
 		 460 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.176764  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2412  replicative DNA helicase  38.37 
 
 		 460 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2286  replicative DNA helicase  38.37 
 
 		 460 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1163  replicative DNA helicase  38.37 
 
 		 460 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2247  replicative DNA helicase  38.37 
 
 		 460 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.234397  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1890  replicative DNA helicase  38.37 
 
 		 460 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631373  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0927  replicative DNA helicase  36.57 
 
 		 465 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3581  replicative DNA helicase  36.05 
 
 		 468 aa  254  3e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000011661  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5170  replicative DNA helicase  38.2 
 
 		 460 aa  253  3e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1330  primary replicative DNA helicase  36.92 
 
 		 462 aa  253  3e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.455664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0521  replicative DNA helicase  36.73 
 
 		 468 aa  254  3e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000437695  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0915  replicative DNA helicase  37.75 
 
 		 462 aa  253  3e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388027  normal  0.30922 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0713  primary replicative DNA helicase  35.14 
 
 		 468 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000291308  hitchhiker  0.0000817807 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3917  replicative DNA helicase  35.14 
 
 		 468 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1975  replicative DNA helicase  36.36 
 
 		 463 aa  253  5.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131049  normal  0.119575 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6209  replicative DNA helicase  37.75 
 
 		 460 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.985308  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3248  primary replicative DNA helicase  35.14 
 
 		 468 aa  253  6e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000559812  hitchhiker  0.000199485 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0692  primary replicative DNA helicase  35.14 
 
 		 468 aa  253  6e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000012144  hitchhiker  0.000391995 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1870  replicative DNA helicase  37.75 
 
 		 460 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.826495  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0256  replicative DNA helicase  36.32 
 
 		 470 aa  253  7e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.663248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0758  replicative DNA helicase  35.14 
 
 		 468 aa  252  9.000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000129174  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1867  replicative DNA helicase  35.88 
 
 		 471 aa  251  1e-65  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.745764  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1794  replicative DNA helicase  35.88 
 
 		 471 aa  251  1e-65  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.549463  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1779  replicative DNA helicase  37.53 
 
 		 460 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0709  replicative DNA helicase  36.85 
 
 		 467 aa  252  1e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.446407  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1807  replicative DNA helicase  37.3 
 
 		 460 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4361  replicative DNA helicase  36.71 
 
 		 472 aa  251  2e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0737  replicative DNA helicase  35.31 
 
 		 468 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000169496  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0716  replicative DNA helicase  35.31 
 
 		 468 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000107977  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3638  replicative DNA helicase  35.31 
 
 		 468 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132195  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0746  replicative DNA helicase  35.31 
 
 		 468 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000104004  hitchhiker  0.000200026 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4164  replicative DNA helicase  37.93 
 
 		 469 aa  250  3e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2278  replicative DNA helicase  37.44 
 
 		 455 aa  251  3e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.467849  hitchhiker  0.000000922003 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4175  replicative DNA helicase  37.21 
 
 		 457 aa  250  3e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.767502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3346  replicative DNA helicase  36.14 
 
 		 468 aa  250  3e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0700986  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2083  primary replicative DNA helicase  37.91 
 
 		 452 aa  250  3e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03924  replicative DNA helicase  35.65 
 
 		 471 aa  249  8e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.53441  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4604  replicative DNA helicase  35.65 
 
 		 471 aa  249  8e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3976  replicative DNA helicase  35.65 
 
 		 471 aa  249  8e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.40263 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4513  replicative DNA helicase  35.65 
 
 		 471 aa  249  8e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4543  replicative DNA helicase  35.65 
 
 		 471 aa  249  8e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03884  hypothetical protein  35.65 
 
 		 471 aa  249  8e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.543473  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3941  replicative DNA helicase  35.65 
 
 		 471 aa  248  1e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3498  replicative DNA helicase  36.26 
 
 		 468 aa  248  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4292  replicative DNA helicase  35.43 
 
 		 471 aa  249  1e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1360  replicative DNA helicase  33.96 
 
 		 473 aa  247  2e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0741  replicative DNA helicase  36.26 
 
 		 468 aa  248  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5554  replicative DNA helicase  35.43 
 
 		 471 aa  248  2e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2637  replicative DNA helicase  35.27 
 
 		 476 aa  247  3e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.415006 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3461  replicative DNA helicase  35.71 
 
 		 458 aa  247  3e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.951861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3636  replicative DNA helicase  36.26 
 
 		 468 aa  247  3e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.578582  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3350  replicative DNA helicase  36.13 
 
 		 453 aa  247  3e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.298617  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2782  replicative DNA helicase  35.27 
 
 		 468 aa  247  4e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000557541  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04796  replicative DNA helicase  34.79 
 
 		 476 aa  246  4.9999999999999997e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.744907  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4588  replicative DNA helicase  35.96 
 
 		 471 aa  246  6e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0137  replicative DNA helicase  37.1 
 
 		 474 aa  246  6e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.174045  normal  0.162999 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4640  replicative DNA helicase  35.96 
 
 		 471 aa  246  6e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.215125 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4589  replicative DNA helicase  35.96 
 
 		 471 aa  246  6e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.481251  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9348  replicative DNA helicase  36.43 
 
 		 451 aa  246  6e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.500437 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4494  replicative DNA helicase  35.96 
 
 		 471 aa  246  6e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.865331  normal  0.0705585 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4503  replicative DNA helicase  35.96 
 
 		 471 aa  246  6e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4552  replicative DNA helicase  36.87 
 
 		 468 aa  245  9.999999999999999e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.355354  normal  0.656762 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39470  primary replicative DNA helicase  36.19 
 
 		 459 aa  244  1.9999999999999999e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0340273  normal  0.250985 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1247  replicative DNA helicase  35.41 
 
 		 462 aa  244  3e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.250408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1186  replicative DNA helicase  35.41 
 
 		 462 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.104196  normal  0.0632375 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23150  primary replicative DNA helicase  36.21 
 
 		 462 aa  243  6e-63  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.749598  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>