18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4568 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1281  poly(beta-D-mannuronate) lyase  93.46 
 
 		 371 aa  719    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0882  poly(beta-D-mannuronate) lyase  88.83 
 
 		 367 aa  689    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0214094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4568  poly(beta-D-mannuronate) lyase  100 
 
 		 367 aa  763    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4444  poly(beta-D-mannuronate) lyase  92.92 
 
 		 367 aa  717    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00782765  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0953  poly(beta-D-mannuronate) lyase  71.35 
 
 		 374 aa  557  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.21942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1056  poly(beta-D-mannuronate) lyase  70.33 
 
 		 378 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0435039  normal  0.428245 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1236  alginate lyase  69.51 
 
 		 378 aa  536  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18470  poly(beta-D-mannuronate) lyase  66.67 
 
 		 367 aa  475  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.622671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1598  poly(beta-D-mannuronate) lyase  66.07 
 
 		 367 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1024  poly(beta-D-mannuronate) lyase  61.34 
 
 		 358 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10900  poly(beta-D-mannuronate) lyase  59.94 
 
 		 374 aa  441  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2038  poly(beta-D-mannuronate) lyase  51.94 
 
 		 283 aa  312  5.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.52712  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3248  poly(beta-D-mannuronate) lyase  32.84 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3571  poly(beta-D-mannuronate) lyase  32.47 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.555836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7175  poly(beta-D-mannuronate) lyase  31.02 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.184176 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1668  poly(beta-D-mannuronate) lyase  27.54 
 
 		 371 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5878  poly(beta-D-mannuronate) lyase  22.7 
 
 		 376 aa  86.3  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1997  integrase family protein  29.6 
 
 		 400 aa  45.8  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.726133 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>