18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1281 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1281  poly(beta-D-mannuronate) lyase  100 
 
 		 371 aa  771    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0882  poly(beta-D-mannuronate) lyase  88.01 
 
 		 367 aa  686    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0214094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4568  poly(beta-D-mannuronate) lyase  93.46 
 
 		 367 aa  719    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4444  poly(beta-D-mannuronate) lyase  98.09 
 
 		 367 aa  753    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00782765  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0953  poly(beta-D-mannuronate) lyase  70 
 
 		 374 aa  552  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.21942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1056  poly(beta-D-mannuronate) lyase  69.29 
 
 		 378 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0435039  normal  0.428245 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1236  alginate lyase  68.68 
 
 		 378 aa  531  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1598  poly(beta-D-mannuronate) lyase  66.67 
 
 		 367 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18470  poly(beta-D-mannuronate) lyase  66.67 
 
 		 367 aa  474  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.622671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10900  poly(beta-D-mannuronate) lyase  60.52 
 
 		 374 aa  446  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1024  poly(beta-D-mannuronate) lyase  61.24 
 
 		 358 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2038  poly(beta-D-mannuronate) lyase  52.26 
 
 		 283 aa  311  1e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.52712  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3248  poly(beta-D-mannuronate) lyase  33.21 
 
 		 320 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7175  poly(beta-D-mannuronate) lyase  32.26 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.184176 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3571  poly(beta-D-mannuronate) lyase  32.84 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.555836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1668  poly(beta-D-mannuronate) lyase  28.74 
 
 		 371 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5878  poly(beta-D-mannuronate) lyase  23.01 
 
 		 376 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1997  integrase family protein  29.51 
 
 		 400 aa  45.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.726133 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>