16 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3248 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3248  poly(beta-D-mannuronate) lyase  100 
 
 		 320 aa  655    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3571  poly(beta-D-mannuronate) lyase  95 
 
 		 320 aa  627  1e-179  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.555836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7175  poly(beta-D-mannuronate) lyase  78.16 
 
 		 323 aa  477  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.184176 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0953  poly(beta-D-mannuronate) lyase  31.75 
 
 		 374 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.21942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1056  poly(beta-D-mannuronate) lyase  29.49 
 
 		 378 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0435039  normal  0.428245 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1236  alginate lyase  29.27 
 
 		 378 aa  122  8e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4568  poly(beta-D-mannuronate) lyase  32.84 
 
 		 367 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1281  poly(beta-D-mannuronate) lyase  33.21 
 
 		 371 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4444  poly(beta-D-mannuronate) lyase  32.84 
 
 		 367 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00782765  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18470  poly(beta-D-mannuronate) lyase  29.92 
 
 		 367 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.622671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1598  poly(beta-D-mannuronate) lyase  29.92 
 
 		 367 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0882  poly(beta-D-mannuronate) lyase  32.48 
 
 		 367 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0214094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1024  poly(beta-D-mannuronate) lyase  30.6 
 
 		 358 aa  109  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2038  poly(beta-D-mannuronate) lyase  30.52 
 
 		 283 aa  97.4  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.52712  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10900  poly(beta-D-mannuronate) lyase  30.36 
 
 		 374 aa  97.8  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5878  poly(beta-D-mannuronate) lyase  25 
 
 		 376 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>