191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_0794 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010531  Pnec_0794  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
67 aa  135  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.900831  normal  0.654875 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1077  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
67 aa  135  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2400  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.61 
 
 
67 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.772935 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0860  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  76.12 
 
 
67 aa  110  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.378919  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0960  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.61 
 
 
67 aa  110  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0844309  normal  0.542066 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2095  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.79 
 
 
67 aa  110  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3048  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.79 
 
 
67 aa  110  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.377963  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4108  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.61 
 
 
67 aa  110  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00419927  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0670  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.61 
 
 
67 aa  110  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.503801 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1587  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.61 
 
 
67 aa  110  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00788426  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0906  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.61 
 
 
67 aa  110  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381114  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0521  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.61 
 
 
67 aa  110  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1000  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.61 
 
 
67 aa  110  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0816  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.79 
 
 
67 aa  110  6e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.979254  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2649  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.79 
 
 
67 aa  110  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.670297  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2948  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.79 
 
 
67 aa  110  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287207  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3014  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.79 
 
 
67 aa  110  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.79 
 
 
67 aa  110  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.380973  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3084  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.61 
 
 
67 aa  110  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.590238  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0872  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  76.12 
 
 
67 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2472  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.27 
 
 
67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146728  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0857  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.27 
 
 
67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2154  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  75.76 
 
 
67 aa  107  7.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000451528  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2275  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  74.24 
 
 
67 aa  105  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0173357  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1955  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  74.24 
 
 
67 aa  105  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.3797 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4219  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.73 
 
 
67 aa  102  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0948  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.21 
 
 
67 aa  102  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00563385  hitchhiker  0.00000123174 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0863  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.21 
 
 
67 aa  102  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.69189  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0730  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  69.7 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.240261 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3584  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  69.7 
 
 
67 aa  99.4  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0312351  normal  0.0631648 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3148  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.66 
 
 
67 aa  99  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2027  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.18 
 
 
67 aa  98.2  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269259  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0810  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  69.7 
 
 
67 aa  98.6  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4330  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.18 
 
 
67 aa  97.4  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.311338  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2716  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.66 
 
 
67 aa  97.4  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1334  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  66.67 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0472  RNA polymerase, omega subunit  65.62 
 
 
67 aa  90.5  8e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4018  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.76 
 
 
71 aa  85.1  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.506411  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0051  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.76 
 
 
68 aa  84.7  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0139624  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3186  RNA polymerase, omega subunit  62.12 
 
 
87 aa  80.1  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0049  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.21 
 
 
70 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0718  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.54 
 
 
91 aa  76.6  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.485199  hitchhiker  0.000000920527 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0564  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.54 
 
 
91 aa  76.6  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
123 aa  75.1  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.09 
 
 
86 aa  74.7  0.0000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  0.105379 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2002  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.4 
 
 
91 aa  72.4  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.58 
 
 
86 aa  72.8  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3844  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.85 
 
 
68 aa  72  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6113  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.06 
 
 
88 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33063  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0755  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.41 
 
 
111 aa  72.4  0.000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0842  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.22 
 
 
98 aa  72.4  0.000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.58 
 
 
86 aa  72.8  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70450  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.06 
 
 
88 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02820  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.06 
 
 
87 aa  72.4  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  59.09 
 
 
67 aa  72  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  59.09 
 
 
67 aa  72  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0635  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.81 
 
 
70 aa  71.6  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4389  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.06 
 
 
87 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.100298 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2443  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.73 
 
 
107 aa  70.9  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.604938  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.17 
 
 
87 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3234  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  53.03 
 
 
83 aa  69.7  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.665488  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1213  RNA polymerase, omega subunit  62.71 
 
 
86 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.492791  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0034  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  53.03 
 
 
107 aa  69.3  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5301  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
87 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337181  normal  0.206293 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0172  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
87 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.840834  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3259  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.41 
 
 
99 aa  68.6  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.546002  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5349  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
87 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
87 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.715758  normal  0.333342 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0252  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.11 
 
 
121 aa  68.2  0.00000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00381696  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0074  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  58.33 
 
 
87 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1286  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  53.97 
 
 
68 aa  67  0.00000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000230469  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2143  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.76 
 
 
74 aa  67  0.00000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5550  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.03 
 
 
87 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.374891 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0530  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.63 
 
 
136 aa  65.5  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0110706  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3696  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  54.69 
 
 
90 aa  64.7  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.229461 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.94 
 
 
78 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.181665  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0265  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55 
 
 
92 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5436  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  56.36 
 
 
80 aa  64.7  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.062566 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.63 
 
 
69 aa  63.9  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000980407  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0146  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  58.18 
 
 
77 aa  63.9  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.656533 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1857  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.93 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0490453  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1441  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.41 
 
 
132 aa  63.9  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1669  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.56 
 
 
117 aa  63.5  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2326  RNA polymerase, omega subunit  50.88 
 
 
69 aa  63.5  0.0000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000968364  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0302  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.56 
 
 
117 aa  63.5  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.445694  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3212  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.63 
 
 
68 aa  63.2  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000144072  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4582  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.12 
 
 
94 aa  63.2  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  unclonable  0.000000022392 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3711  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  58.93 
 
 
88 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0945  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.56 
 
 
131 aa  62.8  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3878  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.12 
 
 
94 aa  63.2  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.38 
 
 
123 aa  63.2  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.229817  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3498  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.12 
 
 
93 aa  63.2  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0335  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.12 
 
 
94 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.383189 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3590  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.14 
 
 
88 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2637  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.41 
 
 
134 aa  62  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1051  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50.88 
 
 
68 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000307419 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3657  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.14 
 
 
88 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.284289  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3731  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.14 
 
 
88 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0362  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.33 
 
 
92 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000590702 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3614  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.33 
 
 
92 aa  62  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>