37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2297 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2297  Rho termination factor domain-containing protein  100 
 
 		 125 aa  244  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0189843  hitchhiker  0.0000124515 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2438  hypothetical protein  60.48 
 
 		 126 aa  140  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.942157  normal  0.831641 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3307  hypothetical protein  59.68 
 
 		 126 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0203584 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5599  hypothetical protein  65.91 
 
 		 135 aa  135  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2170  hypothetical protein  66.94 
 
 		 126 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.438765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64490  hypothetical protein  60.61 
 
 		 135 aa  124  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2964  hypothetical protein  62.1 
 
 		 126 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.529567  normal  0.9373 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4134  hypothetical protein  62.1 
 
 		 126 aa  114  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.225692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06830  hypothetical protein  68.42 
 
 		 95 aa  79  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0507  hypothetical protein  73.33 
 
 		 105 aa  75.9  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.508219  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3262  hypothetical protein  75 
 
 		 104 aa  73.9  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.977805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4414  hypothetical protein  75 
 
 		 102 aa  73.2  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.379246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0071  hypothetical protein  73.33 
 
 		 176 aa  72.4  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6780  hypothetical protein  47.92 
 
 		 104 aa  71.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.566411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3568  hypothetical protein  74.42 
 
 		 104 aa  70.9  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.961922  normal  0.971023 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3337  hypothetical protein  45.36 
 
 		 105 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2261  hypothetical protein  72.73 
 
 		 103 aa  70.9  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3140  hypothetical protein  46.39 
 
 		 105 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0293787  normal  0.397733 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3462  hypothetical protein  46.39 
 
 		 105 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0342  hypothetical protein  71.11 
 
 		 112 aa  67.8  0.00000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.678851  normal  0.264945 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2259  hypothetical protein  65.22 
 
 		 106 aa  67  0.00000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0156139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4351  hypothetical protein  66.67 
 
 		 66 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0401551 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3948  hypothetical protein  63.04 
 
 		 109 aa  65.5  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5175  hypothetical protein  67.44 
 
 		 105 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3004  hypothetical protein  71.11 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00674006 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2000  hypothetical protein  65.22 
 
 		 104 aa  64.7  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0921429  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5905  hypothetical protein  68.18 
 
 		 104 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.675845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0792  hypothetical protein  63.64 
 
 		 101 aa  61.6  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.464453  normal  0.895463 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4175  hypothetical protein  34.71 
 
 		 109 aa  53.5  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.378531  normal  0.280126 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1391  hypothetical protein  33.88 
 
 		 108 aa  52  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.756884  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4856  hypothetical protein  33.88 
 
 		 109 aa  52.4  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.620342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3522  hypothetical protein  35.54 
 
 		 108 aa  49.7  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.725588 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1024  hypothetical protein  32.17 
 
 		 108 aa  45.8  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1105  hypothetical protein  32.17 
 
 		 108 aa  44.7  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22380  hypothetical protein  30.09 
 
 		 108 aa  44.7  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.560252  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3411  hypothetical protein  54.84 
 
 		 141 aa  41.6  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1703  hypothetical protein  52.78 
 
 		 286 aa  40.4  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.735506  normal  0.119143 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>