65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3350 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3350  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  100 
 
 		 205 aa  414  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.579719 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3157  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  94.12 
 
 		 205 aa  390  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.660843  normal  0.490567 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1546  ORF-3 family protein  76.1 
 
 		 205 aa  321  5e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0403553 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4882  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  55.88 
 
 		 207 aa  229  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1473  hypothetical protein  48.68 
 
 		 224 aa  169  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0966536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7710  hypothetical protein  48.68 
 
 		 219 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0533799 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3332  hypothetical protein  48.68 
 
 		 219 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7311  hypothetical protein  48.68 
 
 		 219 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0270  hypothetical protein  48.68 
 
 		 219 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7408  hypothetical protein  48.68 
 
 		 219 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1544  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  41.58 
 
 		 390 aa  160  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.170767 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7639  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  47.78 
 
 		 198 aa  154  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.836556 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1501  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  46.45 
 
 		 181 aa  154  8e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.124418  hitchhiker  0.00011346 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4524  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  45.45 
 
 		 192 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1556  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  45.9 
 
 		 181 aa  152  2.9999999999999998e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.568333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2989  plasmid pRiA4b ORF-3-like  43.15 
 
 		 198 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.176424  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5534  plasmid pRiA4b ORF-3-like  39.88 
 
 		 196 aa  133  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1096  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  40.74 
 
 		 467 aa  132  3.9999999999999996e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2928  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  38.8 
 
 		 197 aa  132  5e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1222  hypothetical protein  41.41 
 
 		 200 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0186  hypothetical protein  41.41 
 
 		 200 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1350  hypothetical protein  36.63 
 
 		 188 aa  128  7.000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0718153  normal  0.422526 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1348  hypothetical protein  38.98 
 
 		 189 aa  127  9.000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.244032  normal  0.420719 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6856  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  42.13 
 
 		 198 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424573  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0736  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  40.1 
 
 		 200 aa  124  9e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6615  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  43.27 
 
 		 561 aa  124  9e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3702  hypothetical protein  39.6 
 
 		 200 aa  123  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4396  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  39.6 
 
 		 200 aa  123  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0745  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  41.86 
 
 		 211 aa  122  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2272  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  38.42 
 
 		 383 aa  120  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1895  hypothetical protein  41.03 
 
 		 198 aa  119  3e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.138614  normal  0.862724 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04841  hypothetical protein  39.43 
 
 		 196 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4606  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  39.2 
 
 		 205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0299276  normal  0.248208 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0351  hypothetical protein  33.68 
 
 		 200 aa  112  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1921  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  35.33 
 
 		 196 aa  108  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4625  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  35.75 
 
 		 464 aa  108  8.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3229  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  37.37 
 
 		 482 aa  106  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0224  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  37.37 
 
 		 482 aa  106  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1868  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  37.37 
 
 		 482 aa  106  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3014  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  37.37 
 
 		 482 aa  106  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3173  hypothetical protein  38.1 
 
 		 237 aa  105  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3347  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  35.23 
 
 		 236 aa  104  8e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3209  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  35.23 
 
 		 236 aa  104  8e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000122349  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1826  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  43.15 
 
 		 233 aa  102  6e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1894  YgfB and YecA  34.17 
 
 		 432 aa  100  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00737905  normal  0.979127 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5922  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  50.49 
 
 		 114 aa  96.7  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5433  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  35.37 
 
 		 231 aa  90.9  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5189  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  41.1 
 
 		 189 aa  89.7  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0165882  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4604  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  32.08 
 
 		 220 aa  88.6  5e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1606  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  36.13 
 
 		 476 aa  85.1  6e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.77483  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1138  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  36.18 
 
 		 442 aa  83.6  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5199  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  35.76 
 
 		 471 aa  82.8  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2027  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  39.42 
 
 		 522 aa  82.8  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000415443  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0009  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  37.93 
 
 		 472 aa  80.9  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2884  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  39.13 
 
 		 521 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3019  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  25.35 
 
 		 230 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4094  hypothetical protein  30.9 
 
 		 180 aa  75.5  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0548  hypothetical protein  30.77 
 
 		 212 aa  68.6  0.00000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4150  hypothetical protein  32.12 
 
 		 221 aa  67  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.038459  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6051  hypothetical protein  38.38 
 
 		 280 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0803  hypothetical protein  46.55 
 
 		 61 aa  54.7  0.0000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1254  hypothetical protein  26.94 
 
 		 209 aa  53.1  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1536  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  33.02 
 
 		 512 aa  51.6  0.000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1082  hypothetical protein  79.17 
 
 		 92 aa  44.3  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4772  hypothetical protein  28.69 
 
 		 645 aa  42.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021908 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>