48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1028 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1028  cyclic di-GMP binding protein WssC, putative  100 
 
 		 751 aa  1524    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5837  cellulose synthase regulator protein  43.52 
 
 		 860 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.699842 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2041  cellulose synthase regulator protein  43.94 
 
 		 847 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0970737  normal  0.231422 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3255  cellulose synthase regulator protein  42.54 
 
 		 854 aa  569  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3527  cellulose synthase regulator protein  39.64 
 
 		 781 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1379  cellulose synthase regulator protein  40.08 
 
 		 781 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409247  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0897  cellulose synthase regulator protein  40.08 
 
 		 781 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00746181  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2250  cellulose synthase regulator protein  37.46 
 
 		 767 aa  449  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.119222  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4525  cellulose synthase regulator protein  40.21 
 
 		 771 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00483718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1926  cellulose synthase regulator protein  39.94 
 
 		 768 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.90716  normal  0.0214112 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1357  cellulose synthase regulator protein  39.94 
 
 		 773 aa  445  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.195811  normal  0.189415 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0791  cellulose synthase regulator protein  40.09 
 
 		 773 aa  436  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0115252  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0633  cellulose synthase regulator protein  40.65 
 
 		 798 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.341501  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2232  cellulose synthase regulator protein  40.65 
 
 		 815 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.187312  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2146  cellulose synthase regulator protein  40.65 
 
 		 815 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.564564  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1590  cellulose synthase regulator protein  40.5 
 
 		 798 aa  434  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2007  cellulose synthase regulator protein  40.5 
 
 		 815 aa  434  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.834808  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0685  cellulose synthase regulator protein  40.5 
 
 		 815 aa  434  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2070  cellulose synthase regulator protein  36.33 
 
 		 762 aa  430  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00029094 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1291  cellulose synthase regulator protein  39.82 
 
 		 764 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371129  normal  0.0459836 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1258  cellulose synthase regulator protein  39.67 
 
 		 771 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.305442  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2137  cellulose synthase regulator protein  36.21 
 
 		 749 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0075  cellulose synthase regulator protein  36.6 
 
 		 772 aa  414  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3196  cellulose synthase regulator protein  35.59 
 
 		 761 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2636  cellulose synthase regulator protein  35.84 
 
 		 760 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.462624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0072  cellulose synthase regulator protein  35.6 
 
 		 785 aa  405  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0149  cellulose synthase regulator protein  35.64 
 
 		 769 aa  394  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3841  cellulose synthase regulator protein  34.01 
 
 		 769 aa  380  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.811358 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03380  regulator of cellulose synthase, cyclic di-GMP binding  33.86 
 
 		 779 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0185  cellulose synthase regulator protein  33.86 
 
 		 769 aa  379  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03333  hypothetical protein  33.86 
 
 		 779 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0181  cellulose synthase subunit B  33.72 
 
 		 767 aa  376  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3929  cellulose synthase regulator protein  34.59 
 
 		 810 aa  378  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.816007 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3813  cellulose synthase regulator protein  35.16 
 
 		 766 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.343485 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3934  cellulose synthase regulator protein  35.16 
 
 		 766 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4020  cellulose synthase regulator protein  33.86 
 
 		 779 aa  378  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3890  cellulose synthase regulator protein  35.16 
 
 		 759 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3938  cellulose synthase regulator protein  34.21 
 
 		 776 aa  375  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.047367  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3826  cellulose synthase regulator protein  35.01 
 
 		 759 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.732973  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3994  cellulose synthase regulator protein  35.01 
 
 		 766 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.118962  normal  0.69945 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4897  cellulose synthase regulator protein  34.95 
 
 		 791 aa  374  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05090  Cellulose synthase subunit AB  32.61 
 
 		 1455 aa  283  8.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3939  cellulose synthase regulator protein  26.28 
 
 		 760 aa  236  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0298213 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3894  cellulose synthase regulator protein  30.6 
 
 		 849 aa  220  7e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.398989  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4082  cellulose synthase regulator protein  27.29 
 
 		 846 aa  201  3.9999999999999996e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.203639  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3769  hypothetical protein  24.32 
 
 		 718 aa  57.8  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.027232  unclonable  0.0000170961 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1829  cellulose synthase subunit B  31.16 
 
 		 682 aa  52  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0572  hypothetical protein  27.46 
 
 		 768 aa  48.9  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>