102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4222 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4222  syrP protein, putative  100 
 
 		 327 aa  678    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.824381 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1956  pyoverdine biosynthesis regulatory gene, putative  74.69 
 
 		 325 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0908494  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2146  pyoverdine biosynthesis regulatory gene, putative  74.38 
 
 		 325 aa  521  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4087  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  75 
 
 		 327 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.744536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25610  pyoverdine biosynthesis regulatory protein-TauD/TfdA family protein  72.22 
 
 		 327 aa  509  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1086  hypothetical protein  64.38 
 
 		 320 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2863  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  62.75 
 
 		 328 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.160357  normal  0.0373471 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1876  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  56.07 
 
 		 349 aa  385  1e-106  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3734  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  60.06 
 
 		 330 aa  375  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.128329  normal  0.214027 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4065  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  59.45 
 
 		 344 aa  365  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.669565 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4757  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  58.52 
 
 		 329 aa  362  4e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0519  hypothetical protein  59.11 
 
 		 340 aa  362  6e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.514257  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3747  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  58.68 
 
 		 330 aa  357  9.999999999999999e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.378977  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4045  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  57.88 
 
 		 343 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2425  syringomycin biosynthesis enzyme, putative  58.62 
 
 		 363 aa  352  4e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.70135  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1604  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  57.38 
 
 		 336 aa  352  5e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235316  hitchhiker  0.000432295 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1933  putative syringomycin biosynthesis enzyme  59.31 
 
 		 333 aa  351  8.999999999999999e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00299028  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1919  putative syringomycin biosynthesis enzyme  55.32 
 
 		 338 aa  350  1e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.960383  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1189  syringomycin biosynthesis enzyme, putative  58.97 
 
 		 338 aa  349  3e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.889509  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2078  SyrP-like protein  58.97 
 
 		 338 aa  349  3e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.09225  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1632  putative syringomycin biosynthesis enzyme  58.97 
 
 		 338 aa  349  3e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.224284  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0295  putative syringomycin biosynthesis enzyme  58.97 
 
 		 333 aa  349  5e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.313093  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0866  putative syringomycin biosynthesis enzyme  58.97 
 
 		 333 aa  349  5e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00835773  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5755  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  49.84 
 
 		 337 aa  345  6e-94  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.799717 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3028  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  51.3 
 
 		 345 aa  345  7e-94  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3093  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  50.97 
 
 		 345 aa  345  7e-94  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.922109 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1552  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  55.37 
 
 		 339 aa  340  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.460202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4100  SyrP protein, putative  53.14 
 
 		 340 aa  340  2.9999999999999998e-92  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1531  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  55.03 
 
 		 339 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0837838  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1154  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  55.03 
 
 		 335 aa  338  8e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0263219  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1634  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  55.03 
 
 		 335 aa  338  8e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112871  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1609  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  55.37 
 
 		 335 aa  338  8e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.573686  normal  0.0746816 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4780  hypothetical protein  54.7 
 
 		 335 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107558  normal  0.342828 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0007  condensation domain-containing protein  46.91 
 
 		 798 aa  328  6e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.441594  normal  0.0181415 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3030  amino acid adenylation domain protein  45.11 
 
 		 1870 aa  301  1e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3091  amino acid adenylation domain protein  45.11 
 
 		 1870 aa  301  1e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5757  amino acid adenylation domain protein  43.34 
 
 		 2997 aa  289  5.0000000000000004e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1846  peptide synthase  44.48 
 
 		 4502 aa  288  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2105  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  47.57 
 
 		 352 aa  287  1e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3866  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  45.72 
 
 		 337 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.148075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34820  putative regulatory protein  47.87 
 
 		 362 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000167255  normal  0.0664831 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34830  putative regulatory protein  45.18 
 
 		 339 aa  272  6e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000120125  normal  0.210571 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3546  amino acid adenylation domain-containing protein  43.87 
 
 		 3404 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6479  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  45.77 
 
 		 332 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0364  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  44.04 
 
 		 326 aa  270  2e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0496601 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3407  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  43.97 
 
 		 341 aa  267  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.874797  normal  0.341142 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2419  SyrP protein, putative  47.87 
 
 		 324 aa  266  2.9999999999999995e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9638  SyrP-like protein  45.22 
 
 		 326 aa  262  4.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1676  amino acid adenylation domain-containing protein  40.86 
 
 		 3432 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.602072 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3673  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  43.44 
 
 		 335 aa  258  1e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2612  syrP protein, putative  41.42 
 
 		 353 aa  249  4e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0209846  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0341  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  44.2 
 
 		 329 aa  246  4.9999999999999997e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3408  amino acid adenylation domain protein  41.33 
 
 		 3207 aa  239  4e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3402  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  41.13 
 
 		 325 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.645048 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1676  condensation domain-containing protein  39.74 
 
 		 353 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.273988  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1594  syringomycin biosynthesis enzyme  39.74 
 
 		 353 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00454586  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0188  SyrP-like protein  39.74 
 
 		 374 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.801679  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1212  syringomycin biosynthesis enzyme, putative  38.66 
 
 		 331 aa  228  9e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0138176  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5584  hypothetical protein  39.67 
 
 		 362 aa  218  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.111003  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1642  putative syringomycin biosynthesis enzyme  40.51 
 
 		 317 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0692  SyrP-like protein  40.51 
 
 		 317 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1942  putative syringomycin biosynthesis enzyme  40.51 
 
 		 317 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2210  syringomycin biosynthesis enzyme  40.51 
 
 		 317 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.716341  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0622  putative syringomycin biosynthesis enzyme  40.51 
 
 		 317 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2293  TPR repeat-containing protein  40.51 
 
 		 317 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0518  putative syringomycin biosynthesis enzyme  39.8 
 
 		 355 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.923384  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0702  SyrP-like protein  39.46 
 
 		 355 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.225858  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0123  putative syringomycin synthesis regulator SyrP  39.46 
 
 		 355 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177421  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1465  putative syringomycin synthesis regulator SyrP  39.46 
 
 		 355 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2893  putative syringomycin synthesis regulator SyrP  39.46 
 
 		 355 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0536  putative syringomycin biosynthesis enzyme  39.46 
 
 		 355 aa  192  9e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.876864  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3074  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  36.36 
 
 		 326 aa  189  5e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3153  syringomycin synthesis regulator SyrP, putative  39.12 
 
 		 355 aa  188  9e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6133  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  36.7 
 
 		 357 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.165198  decreased coverage  0.00922022 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6510  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  37.04 
 
 		 357 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.348896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5654  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  37.04 
 
 		 357 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6019  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  37.04 
 
 		 357 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7428  hypothetical protein  36.03 
 
 		 357 aa  178  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0587207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6018  Taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  35.31 
 
 		 335 aa  169  9e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1907  hypothetical protein  28.79 
 
 		 347 aa  161  1e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1918  hypothetical protein  28.18 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2876  SyrP protein, putative  30.38 
 
 		 329 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0052637  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_45755  predicted protein  28.24 
 
 		 486 aa  129  5.0000000000000004e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0533  putative peptide synthase regulatory protein  29.54 
 
 		 359 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1449  putative syringomycin synthesis regulator SyrP  29.18 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.477833  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1859  putative peptide synthase regulatory protein  29.18 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128866  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2090  syringomycin synthesis regulator SyrP, putative  29.54 
 
 		 464 aa  125  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2164  putative syringomycin synthesis regulator SyrP  29.18 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000119681  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0437  putative peptide synthase regulatory protein  29.18 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.187003  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3398  hypothetical protein  27.33 
 
 		 365 aa  122  9.999999999999999e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.15413  normal  0.22081 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2135  hypothetical protein  26.54 
 
 		 344 aa  117  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2110  hypothetical protein  26.54 
 
 		 344 aa  117  3e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3399  hypothetical protein  26.43 
 
 		 363 aa  114  2.0000000000000002e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.634125  normal  0.211927 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0146  hypothetical protein  26.45 
 
 		 329 aa  112  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000417929 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2972  hypothetical protein  25.74 
 
 		 366 aa  107  3e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.884584  normal  0.157266 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02698  conserved hypothetical protein  30.69 
 
 		 401 aa  99.8  6e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0409748  normal  0.900915 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_49639  predicted protein  26.7 
 
 		 435 aa  72  0.00000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4518  taurine catabolism dioxygenase TauD/TfdA  23 
 
 		 310 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44770  predicted protein  23.13 
 
 		 466 aa  47.8  0.0003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.294873  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4633  taurine dioxygenase 2-oxoglutarate-dependent  23.12 
 
 		 280 aa  44.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0817335  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>