38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3253 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3253  type VI secretion system lysozyme-related protein  100 
 
 		 143 aa  297  3e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1072  type VI secretion system lysozyme-related protein  97.2 
 
 		 143 aa  290  7e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2805  type VI secretion system lysozyme-related protein  93.01 
 
 		 143 aa  280  6.000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0315  hypothetical protein  44.29 
 
 		 146 aa  134  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3903  hypothetical protein  44.29 
 
 		 146 aa  134  5e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0388  type VI secretion system lysozyme-related protein  44.29 
 
 		 146 aa  134  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3731  hypothetical protein  41.61 
 
 		 145 aa  112  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0047  hypothetical protein  41.73 
 
 		 142 aa  103  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2527  type VI secretion system lysozyme-related protein  35.61 
 
 		 141 aa  98.6  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0244  hypothetical protein  37.12 
 
 		 137 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0238  hypothetical protein  37.12 
 
 		 137 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0236  hypothetical protein  37.12 
 
 		 137 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0029  hypothetical protein  34.48 
 
 		 141 aa  95.5  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.475972  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1228  hypothetical protein  37.59 
 
 		 138 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.225537 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1109  type VI secretion system lysozyme-related protein  37.59 
 
 		 138 aa  90.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1198  GPW/gp25 family protein  34.26 
 
 		 145 aa  86.7  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.308622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3226  type VI secretion system lysozyme-related protein  29.01 
 
 		 136 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2622  hypothetical protein  29.01 
 
 		 136 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2125  GPW/gp25 family protein  29.01 
 
 		 136 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.718172  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000439  hypothetical protein  30.65 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.319963  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05861  hypothetical protein  30.65 
 
 		 136 aa  62  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0092  GPW/gp25 family protein  28.23 
 
 		 142 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4076  hypothetical protein  26.72 
 
 		 136 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000287373  unclonable  0.000000759929 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1122  putative type VI secretion protein VasS  25.21 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.111003  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2545  hypothetical protein  26.36 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0298259  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3613  hypothetical protein  29.03 
 
 		 135 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.231309  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3312  hypothetical protein  36.28 
 
 		 136 aa  53.9  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5431  hypothetical protein  30.65 
 
 		 135 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43020  hypothetical protein  26.72 
 
 		 135 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.434691 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5593  hypothetical protein  28.23 
 
 		 135 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3409  hypothetical protein  27.59 
 
 		 147 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0430  tail lysozyme, putative  30.84 
 
 		 135 aa  47.4  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2893  hypothetical protein  31.3 
 
 		 141 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34020  hypothetical protein  29.2 
 
 		 141 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311323  normal  0.0827701 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3643  type VI secretion system lysozyme-related protein  24.53 
 
 		 140 aa  43.5  0.0009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.792482  normal  0.717255 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2817  hypothetical protein  32.93 
 
 		 142 aa  43.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2174  hypothetical protein  27.34 
 
 		 159 aa  41.2  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000567459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3040  type VI secretion system lysozyme-related protein  28 
 
 		 159 aa  40.4  0.009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>