91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_R0042 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_R0042  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0849225  normal  0.475957 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0010  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.158733  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0023  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00163984  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  90 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.159115  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0042  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt27  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.938992 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0027  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0013  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0034  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0001  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0001  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.486305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0030  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0867415  normal  0.184559 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0048  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.106065 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t45  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0179  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0628271  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0035  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0011  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00131891  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0046  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0034  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0059  tRNA-Phe  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00036948  normal  0.453109 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0006  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t029  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00426722  normal  0.039681 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t027  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00943249  normal  0.0402241 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t007  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000938468  normal  0.123199 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna54  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0156  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748575  hitchhiker  0.000108427 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0060  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000000635466  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0020  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0370755  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2799  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000124978  normal  0.096994 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0019  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000210733  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000866174  hitchhiker  0.00954127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0052  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000085939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0050  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000230734  normal  0.0248915 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t082  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.856426  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.856426  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt23  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0046  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0034  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000464813  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0052  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0034  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000084098  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0089  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0036  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0566  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0022  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.052558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>