More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0348 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0348  ribosomal protein L19  100 
 
 		 121 aa  241  1.9999999999999999e-63  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1024  50S ribosomal protein L19  94.21 
 
 		 121 aa  232  1.0000000000000001e-60  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.688153  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1474  ribosomal protein L19  62.71 
 
 		 121 aa  153  7e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0170029 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1171  ribosomal protein L19  61.86 
 
 		 117 aa  149  1e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1201  50S ribosomal protein L19  62.28 
 
 		 115 aa  148  2e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000297862  normal  0.163388 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2107  50S ribosomal protein L19  61.02 
 
 		 148 aa  148  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00250382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2050  50S ribosomal protein L19  60.18 
 
 		 115 aa  147  4e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000005578  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2536  ribosomal protein L19  61.54 
 
 		 118 aa  147  5e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.123548  normal  0.284207 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0666  50S ribosomal protein L19  60.34 
 
 		 114 aa  147  6e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3132  ribosomal protein L19  62.93 
 
 		 116 aa  147  7e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000124659  normal  0.100655 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4003  ribosomal protein L19  57.5 
 
 		 118 aa  146  1.0000000000000001e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0989  ribosomal protein L19  67.31 
 
 		 118 aa  145  1.0000000000000001e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000000485147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1557  50S ribosomal protein L19  59.83 
 
 		 121 aa  146  1.0000000000000001e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.940156  normal  0.0562207 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2219  50S ribosomal protein L19  60.33 
 
 		 119 aa  145  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000293705 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1422  ribosomal protein L19  56.1 
 
 		 130 aa  145  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.420592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0661  50S ribosomal protein L19  63.48 
 
 		 115 aa  145  2.0000000000000003e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00126623  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2510  ribosomal protein L19  57.5 
 
 		 140 aa  144  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4734  50S ribosomal protein L19  58.82 
 
 		 134 aa  144  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5201  50S ribosomal protein L19  58.82 
 
 		 134 aa  144  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23710  LSU ribosomal protein L19P  59.17 
 
 		 118 aa  144  4.0000000000000006e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.461467  normal  0.196781 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5273  50S ribosomal protein L19  58.97 
 
 		 130 aa  144  5e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.987122 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0364  50S ribosomal protein L19  62.5 
 
 		 127 aa  144  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.152901  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5922  ribosomal protein L19  61.21 
 
 		 119 aa  144  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0433266  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0638  50S ribosomal protein L19  58.33 
 
 		 145 aa  144  6e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.056681 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0228  ribosomal protein L19  58.62 
 
 		 119 aa  143  7.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.309115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0946  50S ribosomal protein L19  54.55 
 
 		 145 aa  143  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09790  LSU ribosomal protein L19P  60.5 
 
 		 119 aa  143  8.000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.54883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1516  ribosomal protein L19  66.99 
 
 		 119 aa  142  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.51247  normal  0.0391873 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2479  50S ribosomal protein L19  57.98 
 
 		 119 aa  142  1e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120015  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1907  50S ribosomal protein L19  53.72 
 
 		 145 aa  142  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.371938  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0242  50S ribosomal protein L19  61.06 
 
 		 129 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1835  50S ribosomal protein L19  53.72 
 
 		 145 aa  142  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.610841  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2783  50S ribosomal protein L19  60.87 
 
 		 126 aa  142  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.101505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2866  50S ribosomal protein L19  58.26 
 
 		 118 aa  142  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000321036  hitchhiker  0.000000487764 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1413  ribosomal protein L19  61.54 
 
 		 119 aa  142  2e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000153602  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3590  50S ribosomal protein L19  57.5 
 
 		 118 aa  142  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3582  50S ribosomal protein L19  60.87 
 
 		 126 aa  142  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.514496  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3758  50S ribosomal protein L19  57.39 
 
 		 118 aa  142  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000121347  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0349  50S ribosomal protein L19  61.06 
 
 		 131 aa  141  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0506  50S ribosomal protein L19  61.06 
 
 		 131 aa  141  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2090  ribosomal protein L19  60.87 
 
 		 113 aa  141  3e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.218135  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4426  50S ribosomal protein L19  59.13 
 
 		 131 aa  140  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0668122  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2663  50S ribosomal protein L19  57.63 
 
 		 129 aa  140  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2719  50S ribosomal protein L19  59.83 
 
 		 125 aa  140  4e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0225  50S ribosomal protein L19  61.06 
 
 		 131 aa  140  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0069305 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11090  LSU ribosomal protein L19P  58.47 
 
 		 120 aa  140  5e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.168446  normal  0.0967881 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0956  50S ribosomal protein L19  57.26 
 
 		 132 aa  140  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.456923  normal  0.670119 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1630  ribosomal protein L19  59.13 
 
 		 113 aa  140  6e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3419  ribosomal protein L19  66.34 
 
 		 116 aa  140  7e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.30141  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0217  50S ribosomal protein L19  60 
 
 		 131 aa  139  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0087  50S ribosomal protein L19  55.37 
 
 		 146 aa  139  9.999999999999999e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1402  ribosomal protein L19  58.62 
 
 		 117 aa  139  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00379521 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3755  50S ribosomal protein L19  57.02 
 
 		 183 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.649636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0945  50S ribosomal protein L19  59.13 
 
 		 114 aa  139  9.999999999999999e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000423852  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1366  ribosomal protein L19  67 
 
 		 114 aa  139  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1093  ribosomal protein L19  59.65 
 
 		 116 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000484447  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0983  50S ribosomal protein L19  62.5 
 
 		 120 aa  138  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.337107 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3396  50S ribosomal protein L19  57.39 
 
 		 131 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2335 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1152  50S ribosomal protein L19  57.76 
 
 		 118 aa  138  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0252856 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1986  ribosomal protein L19  58.77 
 
 		 118 aa  138  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2016  50S ribosomal protein L19  60 
 
 		 113 aa  138  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.854674 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1950  50S ribosomal protein L19  60 
 
 		 113 aa  138  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.648342 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1970  50S ribosomal protein L19  60 
 
 		 113 aa  138  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.101301  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3426  50S ribosomal protein L19  56.52 
 
 		 118 aa  137  3.9999999999999997e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.205181  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3488  50S ribosomal protein L19  56.52 
 
 		 118 aa  137  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5511499999999998e-20 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4170  50S ribosomal protein L19  59.13 
 
 		 113 aa  137  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2192  50S ribosomal protein L19  59.13 
 
 		 113 aa  137  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0700622  normal  0.135045 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4078  50S ribosomal protein L19  56.14 
 
 		 184 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0648  50S ribosomal protein L19  54.17 
 
 		 118 aa  137  6e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2185  50S ribosomal protein L19  57.76 
 
 		 114 aa  136  7.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0675384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1198  50S ribosomal protein L19  55.93 
 
 		 118 aa  136  1e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.633617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0971  50S ribosomal protein L19  59.13 
 
 		 113 aa  136  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3445  50S ribosomal protein L19  53.51 
 
 		 166 aa  135  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.549139  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1309  50S ribosomal protein L19  55.93 
 
 		 118 aa  135  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4210  50S ribosomal protein L19  53.51 
 
 		 180 aa  135  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.425838  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1300  50S ribosomal protein L19  59.82 
 
 		 116 aa  135  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000348159  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1325  50S ribosomal protein L19  59.82 
 
 		 116 aa  135  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000150512  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12918  50S ribosomal protein L19  58.26 
 
 		 113 aa  135  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.766698 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3755  50S ribosomal protein L19  64.08 
 
 		 113 aa  135  3.0000000000000003e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000580352  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0607  50S ribosomal protein L19  65.35 
 
 		 119 aa  135  3.0000000000000003e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000101225  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09190  LSU ribosomal protein L19P  57.63 
 
 		 117 aa  134  4e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1144  50S ribosomal protein L19  64.65 
 
 		 115 aa  134  4e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000366814  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2492  50S ribosomal protein L19  57.76 
 
 		 114 aa  134  4e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000053876  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3101  50S ribosomal protein L19  54.39 
 
 		 177 aa  134  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.255374  normal  0.735203 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10020  LSU ribosomal protein L19P  63.11 
 
 		 116 aa  133  7.000000000000001e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.155501  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0807  50S ribosomal protein L19  58.93 
 
 		 116 aa  132  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.000000000000011018  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1831  50S ribosomal protein L19  61 
 
 		 117 aa  132  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3853  50S ribosomal protein L19  62.63 
 
 		 114 aa  131  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  9.655990000000001e-63 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3882  50S ribosomal protein L19  62.63 
 
 		 114 aa  131  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000143455  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3691  50S ribosomal protein L19  62.63 
 
 		 114 aa  131  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000105797  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3581  50S ribosomal protein L19  62.63 
 
 		 114 aa  131  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.43871e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3599  50S ribosomal protein L19  62.63 
 
 		 114 aa  131  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000284782  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3887  50S ribosomal protein L19  62.63 
 
 		 114 aa  131  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000863076  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3938  50S ribosomal protein L19  62.63 
 
 		 114 aa  131  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000138289  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3978  50S ribosomal protein L19  62.63 
 
 		 114 aa  131  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000147607  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1305  50S ribosomal protein L19  62.63 
 
 		 114 aa  131  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000891936  unclonable  6.6564e-26 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3663  50S ribosomal protein L19  62.63 
 
 		 114 aa  131  3e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000597471  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2899  50S ribosomal protein L19  54.78 
 
 		 132 aa  130  5e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2455  50S ribosomal protein L19  54.78 
 
 		 119 aa  130  6.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0707667  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0742  50S ribosomal protein L19  57.39 
 
 		 127 aa  129  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>