More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3778 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3778  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  100 
 
 
457 aa  931    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0184634 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0949  aminotransferase class-III  85.68 
 
 
473 aa  785    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.762342  normal  0.330894 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1791  aminotransferase class-III  40.97 
 
 
466 aa  333  5e-90  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0602561  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1537  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  38.13 
 
 
456 aa  328  2.0000000000000001e-88  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.033412  normal  0.385317 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3859  aminotransferase class-III  39.91 
 
 
449 aa  317  4e-85  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2109  aminotransferase class-III  42.99 
 
 
468 aa  315  9.999999999999999e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.336776  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0285  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  36.36 
 
 
430 aa  269  7e-71  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0321  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  36.76 
 
 
626 aa  268  1e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00115564  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1224  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  33.86 
 
 
427 aa  268  1e-70  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.456141  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1237  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  34.84 
 
 
427 aa  267  2e-70  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.437352  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1835  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  38.66 
 
 
435 aa  266  5e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1468  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  33.86 
 
 
427 aa  266  7e-70  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.311379  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0731  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  33.63 
 
 
427 aa  265  1e-69  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.415473  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3348  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  36.65 
 
 
430 aa  265  1e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1208  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  34.62 
 
 
432 aa  265  1e-69  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2577  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  37.88 
 
 
432 aa  262  6.999999999999999e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4579  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  39.64 
 
 
429 aa  259  7e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0655  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  39.39 
 
 
428 aa  259  9e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4552  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  39.64 
 
 
429 aa  259  9e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4358  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  39.64 
 
 
429 aa  258  1e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4194  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  39.64 
 
 
429 aa  259  1e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4205  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  39.64 
 
 
429 aa  259  1e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4693  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  39.64 
 
 
429 aa  258  1e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4597  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  39.64 
 
 
429 aa  258  1e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4548  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  39.64 
 
 
429 aa  259  1e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0694  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  35.57 
 
 
431 aa  256  7e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1608  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  38.35 
 
 
433 aa  256  8e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0875  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  36.51 
 
 
430 aa  255  9e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1340  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  38.39 
 
 
432 aa  255  1.0000000000000001e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1131  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  34.77 
 
 
430 aa  254  3e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.856626 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1432  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.15 
 
 
428 aa  253  7e-66  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1293  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  37.99 
 
 
438 aa  251  1e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0485  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  34.71 
 
 
431 aa  251  1e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4306  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  38.62 
 
 
429 aa  252  1e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3356  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.35 
 
 
427 aa  251  2e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000584172  hitchhiker  0.00810852 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4245  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  34.33 
 
 
427 aa  250  3e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000211848  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0499  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  36.26 
 
 
434 aa  250  3e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0531  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  36.26 
 
 
434 aa  250  3e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0447  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.36 
 
 
432 aa  250  3e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1148  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.88 
 
 
430 aa  250  4e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363924  hitchhiker  0.00958711 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1244  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  37 
 
 
437 aa  250  4e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.426303 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4790  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  36.03 
 
 
434 aa  250  4e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.302308  normal  0.0249328 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0514  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  36.26 
 
 
434 aa  250  4e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0101623 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3847  aminotransferase class-III  37.27 
 
 
461 aa  250  5e-65  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.407875  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0587  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.8 
 
 
434 aa  249  6e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3180  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  37.62 
 
 
422 aa  249  6e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1975  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  37.5 
 
 
439 aa  249  6e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102395  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1356  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.4 
 
 
428 aa  249  7e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3177  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  38.36 
 
 
429 aa  249  7e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1126  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  36.64 
 
 
429 aa  249  8e-65  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0536  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  36.21 
 
 
432 aa  249  9e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0438  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  36.21 
 
 
432 aa  249  1e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2411  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.73 
 
 
433 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.921175  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2361  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.73 
 
 
433 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1253  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  36.93 
 
 
431 aa  248  2e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11660  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  35.98 
 
 
429 aa  248  2e-64  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.545154 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2366  aminotransferase class-III  39.15 
 
 
438 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552116  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2012  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  35.88 
 
 
451 aa  248  2e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919837  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0442  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.8 
 
 
434 aa  247  3e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1545  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.37 
 
 
427 aa  247  3e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0283628  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12310  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  37.59 
 
 
428 aa  247  3e-64  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0595101  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1199  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  37.27 
 
 
437 aa  246  4e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0586  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.57 
 
 
434 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6505  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  34.43 
 
 
429 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211248  normal  0.516752 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0453  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.51 
 
 
432 aa  246  6e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4491  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.9 
 
 
429 aa  246  8e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.395249  normal  0.0453126 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4920  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  34.8 
 
 
432 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0943019 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1396  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  34.86 
 
 
440 aa  244  1.9999999999999999e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.209971 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4475  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  36.28 
 
 
428 aa  244  1.9999999999999999e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2901  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  36.53 
 
 
430 aa  244  3e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0920757  hitchhiker  0.00771881 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1753  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.81 
 
 
427 aa  244  3e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.719453 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3921  aminotransferase  37.47 
 
 
450 aa  244  3e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3303  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  36.53 
 
 
430 aa  244  3e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.630529  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0284  aminotransferase class-III  35.67 
 
 
452 aa  243  3.9999999999999997e-63  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.00199891 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4345  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  36.7 
 
 
432 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2065  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  37.19 
 
 
438 aa  243  6e-63  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.870118  normal  0.0113612 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2666  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  36.02 
 
 
428 aa  243  7e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0598472  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2011  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  39.05 
 
 
426 aa  243  7e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.956002  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2502  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  37.59 
 
 
425 aa  242  7.999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4480  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.48 
 
 
430 aa  242  7.999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.786256  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4499  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.48 
 
 
430 aa  242  9e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1231  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  34.34 
 
 
427 aa  242  1e-62  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.250088  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1227  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.07 
 
 
422 aa  241  1e-62  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000806301  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2982  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  37.18 
 
 
434 aa  241  2e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.873565  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0266  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.2 
 
 
427 aa  241  2e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0484  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  34.49 
 
 
434 aa  241  2e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.765409  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2033  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.5 
 
 
434 aa  241  2e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0218  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  36.77 
 
 
423 aa  241  2e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05391  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  34.64 
 
 
433 aa  241  2e-62  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05101  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  33.64 
 
 
433 aa  240  4e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0253  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  36.64 
 
 
430 aa  239  5e-62  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4011  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  33.1 
 
 
427 aa  239  6.999999999999999e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.49886e-31 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1328  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  34.17 
 
 
427 aa  239  6.999999999999999e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0353724  normal  0.214098 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1725  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.01 
 
 
428 aa  239  9e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.395512  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1759  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  35.01 
 
 
428 aa  239  9e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2675  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  34.11 
 
 
432 aa  238  2e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3927  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  32.87 
 
 
427 aa  238  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000281902  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0490  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  33.33 
 
 
424 aa  237  4e-61  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1258  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  35.23 
 
 
430 aa  237  4e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.535186  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05401  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase  32.81 
 
 
428 aa  237  4e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.198771 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>