120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3603 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3603  50S ribosomal protein L32  100 
 
 		 56 aa  115  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1137  50S ribosomal protein L32  89.29 
 
 		 56 aa  106  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.131577  normal  0.0222442 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4030  ribosomal protein L32  57.63 
 
 		 59 aa  68.2  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0211  ribosomal protein L32  60.71 
 
 		 58 aa  66.6  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1667  50S ribosomal protein L32  56.14 
 
 		 64 aa  66.6  0.0000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.294477  normal  0.0177766 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0650  50S ribosomal protein L32  58.93 
 
 		 58 aa  64.3  0.0000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2781  50S ribosomal protein L32  61.82 
 
 		 59 aa  64.3  0.0000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.147785  normal  0.143209 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1285  50S ribosomal protein L32  59.32 
 
 		 57 aa  63.9  0.0000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.761755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1575  50S ribosomal protein L32  56.9 
 
 		 59 aa  63.9  0.0000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0654579 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1175  50S ribosomal protein L32  59.32 
 
 		 57 aa  63.5  0.0000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000516362 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2615  ribosomal protein L32  55.17 
 
 		 59 aa  63.5  0.0000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.499524 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2134  50S ribosomal protein L32  54.39 
 
 		 60 aa  62.8  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000309957  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0825  50S ribosomal protein L32  47.37 
 
 		 58 aa  59.3  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000369841  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5965  50S ribosomal protein L32  53.45 
 
 		 60 aa  59.3  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3434  ribosomal protein L32  58.93 
 
 		 58 aa  57.4  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.976937  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2294  ribosomal protein L32  52.63 
 
 		 65 aa  57.4  0.00000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0252255  hitchhiker  0.000589197 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2274  ribosomal protein L32  51.72 
 
 		 64 aa  56.2  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10230  ribosomal protein L32  48.21 
 
 		 57 aa  56.2  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000453136  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0952  ribosomal protein L32  50.91 
 
 		 60 aa  55.5  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000023662  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1608  50S ribosomal protein L32  50.88 
 
 		 66 aa  55.5  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.233748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11280  LSU ribosomal protein L32P  50 
 
 		 64 aa  54.3  0.0000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0246077 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1259  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 58 aa  53.5  0.0000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000000760142  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2559  ribosomal protein L32  45.45 
 
 		 60 aa  52  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1420  50S ribosomal protein L32  47.37 
 
 		 59 aa  52  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.640468  normal  0.982205 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1355  LSU ribosomal protein L32P  40.35 
 
 		 57 aa  51.6  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130715  normal  0.0921955 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1329  ribosomal protein L32  42.31 
 
 		 61 aa  51.6  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000000150645  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1882  ribosomal protein L32  61.02 
 
 		 59 aa  51.6  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0381708  normal  0.0158979 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2121  50S ribosomal protein L32  65.52 
 
 		 57 aa  51.2  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.151407 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0637  50S ribosomal protein L32  44.64 
 
 		 59 aa  50.4  0.000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.0000000000215733  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1369  50S ribosomal protein L32  45.61 
 
 		 60 aa  50.4  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00758434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1103  ribosomal protein L32  44.07 
 
 		 63 aa  49.7  0.00001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000214959  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3692  ribosomal protein L32  47.27 
 
 		 64 aa  50.1  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2368  50S ribosomal protein L32  45.61 
 
 		 59 aa  49.7  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2502  50S ribosomal protein L32  49.25 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.801451  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0271  50S ribosomal protein L32  49.09 
 
 		 67 aa  49.7  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.750719  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2240  50S ribosomal protein L32  49.25 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000311506 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3554  50S ribosomal protein L32  42.11 
 
 		 59 aa  48.9  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.873264  normal  0.953551 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1229  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 59 aa  48.9  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000037109  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1006  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 57 aa  49.3  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21540  LSU ribosomal protein L32P  85.19 
 
 		 54 aa  49.3  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0096297  hitchhiker  0.000173407 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0718  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 57 aa  48.5  0.00003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000204019  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0386  50S ribosomal protein L32  42.59 
 
 		 59 aa  48.5  0.00003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0173336  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1026  50S ribosomal protein L32P  47.17 
 
 		 66 aa  48.5  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000147931  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1040  50S ribosomal protein L32  46.15 
 
 		 64 aa  48.5  0.00003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0233  50S ribosomal protein L32  48.33 
 
 		 60 aa  48.1  0.00003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000487517  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08890  50S ribosomal protein L32  73.33 
 
 		 67 aa  48.5  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1729  ribosomal protein L32  44.83 
 
 		 60 aa  48.1  0.00004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000316991  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1025  50S ribosomal protein L32  43.86 
 
 		 62 aa  47.8  0.00005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103246  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1187  50S ribosomal protein L32  44.44 
 
 		 57 aa  47.8  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000373536  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1209  50S ribosomal protein L32  44.44 
 
 		 57 aa  47.8  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000286453  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1174  ribosomal protein L32  39.29 
 
 		 57 aa  47.8  0.00005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000264274  normal  0.0273197 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3291  50S ribosomal protein L32  47.27 
 
 		 67 aa  47.8  0.00006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.366938 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1844  50S ribosomal protein L32  41.38 
 
 		 60 aa  47.4  0.00007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000000652015  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2140  50S ribosomal protein L32  48.21 
 
 		 61 aa  47  0.00008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3969  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 57 aa  47.4  0.00008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00129021  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3774  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 57 aa  47.4  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000267221  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3665  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 57 aa  47.4  0.00008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.37288e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3682  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 57 aa  47.4  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000568057  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4062  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 57 aa  47.4  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000151561  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1665  50S ribosomal protein L32  43.64 
 
 		 61 aa  47  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0871064  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1910  50S ribosomal protein L32  43.86 
 
 		 68 aa  47  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2573  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 57 aa  47.4  0.00008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000210481  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3750  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 57 aa  47.4  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162679  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3976  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 57 aa  47.4  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000135237  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4024  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 57 aa  47.4  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000551113  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1217  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 57 aa  47.4  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000020176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3938  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 57 aa  47.4  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7996  ribosomal protein L32  60.71 
 
 		 59 aa  47  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.277737  normal  0.449633 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2614  50S ribosomal protein L32  43.86 
 
 		 68 aa  47  0.00009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.417222  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1272  50S ribosomal protein L32  43.86 
 
 		 68 aa  47  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.165805 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1558  ribosomal protein L32  73.33 
 
 		 56 aa  47  0.00009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0900428  decreased coverage  0.00889428 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1412  ribosomal protein L32  44.23 
 
 		 62 aa  47  0.00009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2078  ribosomal protein L32  39.29 
 
 		 60 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0182296  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2988  ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 61 aa  46.2  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000138033  normal  0.0167419 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0335  ribosomal protein L32  44.23 
 
 		 64 aa  45.4  0.0002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0013  50S ribosomal protein L32  43.64 
 
 		 60 aa  45.8  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1386  ribosomal protein L32  81.48 
 
 		 57 aa  46.2  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0667  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 63 aa  45.4  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.728717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3110  50S ribosomal protein L32  43.64 
 
 		 60 aa  45.4  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0115825  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1152  50S ribosomal protein L32  43.64 
 
 		 60 aa  45.4  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1340  ribosomal protein L32  42.11 
 
 		 58 aa  45.8  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.5028  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1878  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 58 aa  45.4  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl396  50S ribosomal protein L32  42.11 
 
 		 59 aa  45.1  0.0003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00156688  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2613  ribosomal protein L32  41.82 
 
 		 74 aa  45.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.737881 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1804  ribosomal protein L32  41.82 
 
 		 65 aa  45.1  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1611  50S ribosomal protein L32  42.59 
 
 		 60 aa  44.7  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0069978  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1364  ribosomal protein L32  43.86 
 
 		 59 aa  44.7  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000136875  normal  0.339824 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4302  50S ribosomal protein L32  88.46 
 
 		 57 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4388  50S ribosomal protein L32  88.46 
 
 		 57 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.14482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4682  50S ribosomal protein L32  88.46 
 
 		 57 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.32504 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4414  ribosomal protein L32  77.78 
 
 		 53 aa  44.7  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000688865  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1859  50S ribosomal protein L32  43.64 
 
 		 68 aa  44.3  0.0006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.898391  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0775  50S ribosomal protein L32  43.1 
 
 		 60 aa  44.3  0.0006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000368381  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0798  50S ribosomal protein L32  43.1 
 
 		 60 aa  44.3  0.0006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000174048  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1873  50S ribosomal protein L32  40 
 
 		 60 aa  43.9  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00104363  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1975  50S ribosomal protein L32  37.93 
 
 		 60 aa  43.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.536749  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1693  50S ribosomal protein L32  37.93 
 
 		 60 aa  43.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0144978  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0770  50S ribosomal protein L32  39.29 
 
 		 56 aa  43.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000008111  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8018  ribosomal protein L32  56.14 
 
 		 57 aa  43.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3288  ribosomal protein L32  63.64 
 
 		 57 aa  43.5  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.541236  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>