70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_R0061 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_R0061  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0004  tRNA-Lys  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.953121  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0079  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.599912 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0050  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0020  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000503685  hitchhiker  0.000000175517 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0059  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00316433  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0053  tRNA-Lys  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0007  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0020  tRNA-Lys  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000489329  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0049  tRNA-Lys  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0015  tRNA-Lys  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0122197  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0009  tRNA-Lys  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000774106  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t13  tRNA-Lys  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0028  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0127265  normal  0.289894 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0015  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.424743  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0005  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.41956  normal  0.129974 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0032  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0016  tRNA-Lys  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000293232  hitchhiker  0.00358578 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0021  tRNA-Lys  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0160361  normal  0.0210498 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0024  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00534379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35030  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.838574  normal  0.836072 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0024  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000863518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0558  tRNA-Lys  84.62 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0007  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000317912  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0024  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.538836  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0023  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000608658  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2173  tRNA-Lys  84.62 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.206805  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0653  tRNA-Lys  84.62 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0017  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0063  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152813  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0032  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0037  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.813487  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0060  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000424402  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0034  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.130491  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0059  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000364263  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0060  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000089379  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0080  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_AR0007  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0934389 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0028  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.696434  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4226  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108643  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4250  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000179224  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4251  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000189937  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4252  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000173353  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4253  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.87819e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0049  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000590411  decreased coverage  0.00000280751 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1400  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00524928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2736  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000214586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0018  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000646357  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0062  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000012796  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_AR0005  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.150884 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0064  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000141775  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0065  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000124878  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2046  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000370287  hitchhiker  0.00336958 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0052  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4239  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00412423  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0071  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0045  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.315592  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0035  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198298 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_R0062  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0028  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903037  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>