139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_R0004 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_R0004  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.953121  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0061  tRNA-Lys  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0079  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.599912 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0020  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000503685  hitchhiker  0.000000175517 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0059  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00316433  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0007  tRNA-Lys  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0050  tRNA-Lys  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0053  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0049  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0028  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0127265  normal  0.289894 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t13  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0009  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000774106  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0020  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000489329  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0015  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0122197  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0039  tRNA-Lys  89.58 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.163516  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4226  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108643  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4239  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00412423  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4250  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000179224  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4251  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000189937  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4252  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000173353  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4253  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.87819e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0045  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.315592  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0049  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000590411  decreased coverage  0.00000280751 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0080  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1400  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00524928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2046  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000370287  hitchhiker  0.00336958 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2736  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000214586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0018  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000646357  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0062  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000012796  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0063  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152813  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0064  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000141775  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0065  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000124878  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0071  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0052  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00017  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000192994  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00019  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000148305  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00020  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000893076  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0031  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000115429  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0054  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153086  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0055  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0056  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000193092  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0058  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0060  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.42893e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0032  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0007  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000317912  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0024  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.538836  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0023  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000608658  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0036  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000225732  normal  0.109866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0038  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000184687  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0039  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375421  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0040  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351036  normal  0.107458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0064  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000662129  normal  0.0840838 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna013  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000825006  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4655  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  8.59319e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4657  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.396889999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4659  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  8.951839999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4660  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.11514e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4661  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000171362  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4684  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.3682299999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5020  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5022  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000229653  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5024  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000192703  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5052  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000715976  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0051  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000190999 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0052  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000683016  hitchhiker  0.000091513 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0036  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000584737  hitchhiker  0.00132337 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0067  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000904848  normal  0.171031 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0068  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000208772  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0069  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000622929  normal  0.276829 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0073  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623521  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0766  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000107183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0768  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000959618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0770  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0771  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000162037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0772  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2557  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000373976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0024  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00534379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0583  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.0474e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0666  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000300232  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0667  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000201635  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2783  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.45376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0814  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000653999  normal  0.868526 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0816  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000928863  normal  0.881933 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0817  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000862266  normal  0.885127 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0818  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0005423  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0819  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00259722  normal  0.860753 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2611  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000669523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0878  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal  0.655098 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0880  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000131793  normal  0.645347 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0882  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000105642  normal  0.563094 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2677  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000682984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0910  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000110195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0912  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000796391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0913  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000921732  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>