32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1944 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_1944  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  100 
 
 		 447 aa  922    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0645  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.24 
 
 		 445 aa  95.5  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1588  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.49 
 
 		 422 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000227474  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0613  hypothetical protein  28.25 
 
 		 210 aa  68.9  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3370  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.57 
 
 		 458 aa  67  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0891  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.88 
 
 		 453 aa  65.5  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00668397  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2044  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25 
 
 		 419 aa  58.5  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00212006  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1993  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.56 
 
 		 412 aa  57.4  0.0000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131408  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  25.63 
 
 		 464 aa  52.8  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000417169  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1669  membrane protein  25.5 
 
 		 427 aa  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1800  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  20.93 
 
 		 424 aa  52.4  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.839799  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.64 
 
 		 450 aa  51.2  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4009  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.21 
 
 		 441 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4378  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.21 
 
 		 441 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.335616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4491  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.21 
 
 		 441 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5672  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.69 
 
 		 456 aa  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.224746  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3082  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  20.65 
 
 		 416 aa  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000123053  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41750  hypothetical protein  22.65 
 
 		 532 aa  50.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2534  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.22 
 
 		 529 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0440745  normal  0.0385583 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1410  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.57 
 
 		 406 aa  48.9  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.343268  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1551  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.57 
 
 		 400 aa  48.5  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0286516  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3342  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.44 
 
 		 436 aa  48.5  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15331  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2174  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.81 
 
 		 410 aa  47.4  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  21.46 
 
 		 417 aa  46.6  0.0009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5070  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.71 
 
 		 437 aa  45.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0344553 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3558  Outer membrane protein (CymD)  23.73 
 
 		 460 aa  45.4  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0239673  normal  0.823203 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1379  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.75 
 
 		 450 aa  44.7  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.918562  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17340  hypothetical protein  39.68 
 
 		 357 aa  43.9  0.006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4639  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.74 
 
 		 458 aa  43.5  0.008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166851  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3563  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.74 
 
 		 458 aa  43.5  0.008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.811834  normal  0.361655 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1804  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.87 
 
 		 426 aa  43.1  0.009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.388514  normal  0.581648 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.53 
 
 		 429 aa  43.1  0.009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>