More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0425 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_0425  50S ribosomal protein L7/L12  100 
 
 
127 aa  231  2.0000000000000002e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000667886  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3170  50S ribosomal protein L7/L12  79.53 
 
 
123 aa  178  2.9999999999999997e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1942  50S ribosomal protein L7/L12  81.89 
 
 
123 aa  162  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.542016  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3450  50S ribosomal protein L7/L12  77.34 
 
 
128 aa  157  4e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0256667  normal  0.0368357 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1397  50S ribosomal protein L7/L12  75.59 
 
 
127 aa  153  9e-37  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1709  50S ribosomal protein L7/L12  69.29 
 
 
124 aa  151  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.197098  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4478  ribosomal protein L7/L12  76.56 
 
 
128 aa  150  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0401161  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00030  50S ribosomal protein L7/L12  77.17 
 
 
124 aa  150  7e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0848  50S ribosomal protein L7/L12  77.17 
 
 
124 aa  148  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.191499 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1107  ribosomal protein L7/L12  73.23 
 
 
126 aa  135  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0747227  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0393  50S ribosomal protein L7/L12  74.02 
 
 
125 aa  130  5e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0266  50S ribosomal protein L7/L12  62.2 
 
 
126 aa  120  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0746  50S ribosomal protein L7/L12  62.12 
 
 
124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00478946 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0338  50S ribosomal protein L7/L12  62.2 
 
 
125 aa  115  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.826751 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1700  50S ribosomal protein L7/L12  62.2 
 
 
125 aa  115  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.906348  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0567  50S ribosomal protein L7/L12  60.31 
 
 
124 aa  115  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0352  50S ribosomal protein L7/L12  62.2 
 
 
125 aa  115  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.474706 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2543  50S ribosomal protein L7/L12  59.85 
 
 
124 aa  113  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0287  50S ribosomal protein L7/L12  55.12 
 
 
126 aa  111  4.0000000000000004e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000000028458  normal  0.010711 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0701  50S ribosomal protein L7/L12  53.49 
 
 
128 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.48275  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0233  50S ribosomal protein L7/L12  61.11 
 
 
125 aa  107  4.0000000000000004e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0819772  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2729  50S ribosomal protein L7/L12  54.7 
 
 
121 aa  107  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000345895  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2864  50S ribosomal protein L7/L12  59.52 
 
 
127 aa  106  8.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.310416  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0195  50S ribosomal protein L7/L12  52.42 
 
 
125 aa  107  8.000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00370258  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0618  50S ribosomal protein L7/L12  57.94 
 
 
127 aa  106  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000123102 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1591  50S ribosomal protein L7/L12  55.12 
 
 
124 aa  106  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1206  50S ribosomal protein L7/L12  58.27 
 
 
124 aa  105  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.431527  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2721  ribosomal protein L7/L12  58.26 
 
 
123 aa  105  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.200766  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1953  50S ribosomal protein L7/L12  53.23 
 
 
127 aa  104  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0817116  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0977  50S ribosomal protein L7/L12  55.91 
 
 
125 aa  103  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513658 
 
 
-
 
NC_004310  BR1245  50S ribosomal protein L7/L12  57.48 
 
 
124 aa  103  9e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0257  50S ribosomal protein L7/L12  58.77 
 
 
127 aa  103  1e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857279  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0299  50S ribosomal protein L7/L12  57.98 
 
 
128 aa  102  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00870762  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0277  ribosomal protein L7/L12  51.97 
 
 
126 aa  102  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000125688  hitchhiker  0.000433063 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1820  50S ribosomal protein L7/L12  54.33 
 
 
125 aa  101  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0400665  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1946  50S ribosomal protein L7/L12  55.91 
 
 
124 aa  101  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0743276  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1635  50S ribosomal protein L7/L12  57.98 
 
 
128 aa  100  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3196  50S ribosomal protein L7/L12  54.33 
 
 
123 aa  100  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.380121 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0503  50S ribosomal protein L7/L12  53.08 
 
 
129 aa  100  5e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000266288  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2284  50S ribosomal protein L7/L12  54.33 
 
 
123 aa  100  8e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0509543  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0318  50S ribosomal protein L7/L12  55.91 
 
 
126 aa  100  9e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0132009  hitchhiker  0.00085028 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3363  50S ribosomal protein L7/L12  53.54 
 
 
124 aa  99.8  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.304303  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3688  50S ribosomal protein L7/L12  55.12 
 
 
125 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2222  50S ribosomal protein L7/L12  52.76 
 
 
125 aa  99.8  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274833 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1338  50S ribosomal protein L7/L12  56.35 
 
 
126 aa  99.8  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1454  50S ribosomal protein L7/L12  58.82 
 
 
127 aa  99.8  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1823  50S ribosomal protein L7/L12  55.12 
 
 
124 aa  99.8  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0570  50S ribosomal protein L7/L12  54.33 
 
 
123 aa  99  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000202265  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1528  ribosomal protein L7/L12  51.61 
 
 
129 aa  99  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000020563  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1530  50S ribosomal protein L7/L12  55.91 
 
 
124 aa  98.6  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0450  50S ribosomal protein L7/L12  60.5 
 
 
125 aa  99  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0223  50S ribosomal protein L7/L12  52.1 
 
 
122 aa  98.2  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2332  50S ribosomal protein L7/L12  52.1 
 
 
126 aa  98.2  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00721046  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3767  50S ribosomal protein L7/L12  52.1 
 
 
122 aa  98.2  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000892884  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5082  50S ribosomal protein L7/L12  53.54 
 
 
125 aa  98.6  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487843  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0866  50S ribosomal protein L7/L12  52.94 
 
 
128 aa  97.8  4e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03862  50S ribosomal protein L7/L12  71.83 
 
 
121 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000247439  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4009  ribosomal protein L7/L12  71.83 
 
 
121 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000814927  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4474  50S ribosomal protein L7/L12  71.83 
 
 
121 aa  97.8  5e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000613838  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5451  50S ribosomal protein L7/L12  71.83 
 
 
121 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000730473  hitchhiker  0.0030051 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4362  50S ribosomal protein L7/L12  72.86 
 
 
121 aa  97.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.993642  normal  0.506874 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4527  50S ribosomal protein L7/L12  71.83 
 
 
121 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000174413  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4039  50S ribosomal protein L7/L12  71.83 
 
 
121 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00670642  hitchhiker  0.000881188 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4481  50S ribosomal protein L7/L12  72.86 
 
 
121 aa  97.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00102709 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4394  50S ribosomal protein L7/L12  72.86 
 
 
121 aa  97.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000226611  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4434  50S ribosomal protein L7/L12  71.83 
 
 
121 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00187873  hitchhiker  0.00000582659 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3459  50S ribosomal protein L7/L12  51.18 
 
 
123 aa  97.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886591  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1926  ribosomal protein L7/L12  53.12 
 
 
128 aa  97.4  5e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.252163  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03815  hypothetical protein  71.83 
 
 
121 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000273173  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4219  50S ribosomal protein L7/L12  71.83 
 
 
121 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000137425  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4498  50S ribosomal protein L7/L12  59.84 
 
 
126 aa  97.8  5e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4558  50S ribosomal protein L7/L12  72.86 
 
 
121 aa  97.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.347891  hitchhiker  0.0000000000101149 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4484  50S ribosomal protein L7/L12  72.86 
 
 
121 aa  97.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000110879 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4677  50S ribosomal protein L7/L12  51.18 
 
 
126 aa  97.1  7e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0969346  decreased coverage  0.00273455 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1060  50S ribosomal protein L7/L12  71.83 
 
 
126 aa  96.7  9e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.178892  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3886  ribosomal protein L7/L12  71.43 
 
 
121 aa  96.3  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.449029  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0209  ribosomal protein L7/L12  71.83 
 
 
121 aa  96.3  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000161356  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2995  50S ribosomal protein L7/L12  54.96 
 
 
127 aa  96.7  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2696  50S ribosomal protein L7/L12  53.54 
 
 
123 aa  96.7  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10114  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0176  50S ribosomal protein L7/L12  50.42 
 
 
121 aa  96.3  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000503001  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0442  ribosomal protein L7/L12  49.62 
 
 
130 aa  96.3  1e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0925  50S ribosomal protein L7/L12  68 
 
 
126 aa  96.3  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0097  50S ribosomal protein L7/L12  50.41 
 
 
122 aa  95.5  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2728  ribosomal protein L7/L12  50.39 
 
 
123 aa  95.9  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176458  normal  0.779559 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0101  50S ribosomal protein L7/L12  47.24 
 
 
122 aa  95.9  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000988391  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1349  50S ribosomal protein L7/L12  53.54 
 
 
125 aa  95.5  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.262867  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1346  50S ribosomal protein L7/L12  58.27 
 
 
126 aa  95.9  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0781137  normal  0.0992596 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2163  50S ribosomal protein L12P  56.2 
 
 
128 aa  95.5  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.243742  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0315  ribosomal protein L7/L12  50.42 
 
 
125 aa  95.5  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00406821  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0361  50S ribosomal protein L7/L12  58.27 
 
 
126 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.435588 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3336  50S ribosomal protein L7/L12  71.43 
 
 
126 aa  95.1  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000195051 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0204  ribosomal protein L7/L12  71.83 
 
 
121 aa  95.1  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.454723  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00694  50S ribosomal protein L7/L12  71.83 
 
 
125 aa  95.1  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000575262  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1323  50S ribosomal protein L7/L12  51.18 
 
 
125 aa  95.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.160578 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0672  50S ribosomal protein L7/L12  51.94 
 
 
127 aa  95.1  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0181  50S ribosomal protein L7/L12  49.61 
 
 
122 aa  94.4  4e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.563708  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0196  50S ribosomal protein L7/L12  71.43 
 
 
121 aa  94.7  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000850088  normal  0.220465 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2332  50S ribosomal protein L7/L12  51.26 
 
 
125 aa  94.4  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.140458  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1899  50S ribosomal protein L7/L12  58.27 
 
 
126 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0214  ribosomal protein L7/L12  49.61 
 
 
126 aa  94.4  5e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>