More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0233 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0233  50S ribosomal protein L7/L12  100 
 
 		 125 aa  226  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0819772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0567  50S ribosomal protein L7/L12  91.2 
 
 		 124 aa  187  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0266  50S ribosomal protein L7/L12  84 
 
 		 126 aa  178  2.9999999999999997e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0746  50S ribosomal protein L7/L12  79.84 
 
 		 124 aa  165  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00478946 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1700  50S ribosomal protein L7/L12  78.23 
 
 		 125 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.906348  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0352  50S ribosomal protein L7/L12  78.23 
 
 		 125 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.474706 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0338  50S ribosomal protein L7/L12  78.23 
 
 		 125 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.826751 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2543  50S ribosomal protein L7/L12  79.03 
 
 		 124 aa  158  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1709  50S ribosomal protein L7/L12  65.6 
 
 		 124 aa  142  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.197098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3170  50S ribosomal protein L7/L12  65.6 
 
 		 123 aa  133  6.0000000000000005e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1107  ribosomal protein L7/L12  66.4 
 
 		 126 aa  124  6e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0747227  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1397  50S ribosomal protein L7/L12  62.7 
 
 		 127 aa  114  3.9999999999999997e-25  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1591  50S ribosomal protein L7/L12  61.6 
 
 		 124 aa  112  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0425  50S ribosomal protein L7/L12  60.32 
 
 		 127 aa  109  1.0000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000667886  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3450  50S ribosomal protein L7/L12  62.99 
 
 		 128 aa  109  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0256667  normal  0.0368357 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2222  50S ribosomal protein L7/L12  57.14 
 
 		 125 aa  109  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274833 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2675  ribosomal protein L7/L12  59.84 
 
 		 126 aa  109  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0000113086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4478  ribosomal protein L7/L12  57.48 
 
 		 128 aa  108  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0401161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0977  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 		 125 aa  108  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513658 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1206  50S ribosomal protein L7/L12  61.6 
 
 		 124 aa  107  4.0000000000000004e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.431527  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1820  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 		 125 aa  107  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0400665  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1942  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 		 123 aa  107  7.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.542016  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0503  50S ribosomal protein L7/L12  58.59 
 
 		 129 aa  106  9.000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000266288  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1175  50S ribosomal protein L7/L12  56.56 
 
 		 126 aa  105  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000154127  normal  0.646226 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0701  50S ribosomal protein L7/L12  55.81 
 
 		 128 aa  105  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.48275  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1245  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 		 124 aa  105  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1421  50S ribosomal protein L7/L12  61.6 
 
 		 125 aa  105  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.927716  normal  0.299454 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1946  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 		 124 aa  105  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0743276  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00030  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 		 124 aa  105  2e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1823  50S ribosomal protein L7/L12  58.4 
 
 		 124 aa  104  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2272  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 		 125 aa  103  5e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2360  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 		 125 aa  103  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0393  50S ribosomal protein L7/L12  64.8 
 
 		 125 aa  103  8e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1323  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 		 125 aa  102  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.160578 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0570  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 		 123 aa  103  1e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000202265  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4677  50S ribosomal protein L7/L12  58.4 
 
 		 126 aa  102  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0969346  decreased coverage  0.00273455 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5082  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 		 125 aa  101  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487843  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1346  50S ribosomal protein L7/L12  56 
 
 		 126 aa  101  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0781137  normal  0.0992596 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3196  50S ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 		 123 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.380121 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3688  50S ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 		 125 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0639  50S ribosomal protein L7/L12  54.1 
 
 		 122 aa  99.8  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.500427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1953  50S ribosomal protein L7/L12  56.45 
 
 		 127 aa  98.6  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0817116  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3476  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 		 126 aa  98.6  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.145567  hitchhiker  0.0000717521 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1899  50S ribosomal protein L7/L12  56 
 
 		 126 aa  99  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1803  50S ribosomal protein L12P  59.2 
 
 		 123 aa  99.4  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.116648 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4498  50S ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 		 126 aa  98.6  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3459  50S ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 		 123 aa  98.6  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0299  50S ribosomal protein L7/L12  58.82 
 
 		 128 aa  97.8  4e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00870762  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3867  50S ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 		 126 aa  97.8  4e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0270847 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2959  50S ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 		 125 aa  97.4  5e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.585888  normal  0.16288 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1700  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 		 125 aa  97.8  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0287  50S ribosomal protein L7/L12  54.4 
 
 		 126 aa  97.1  6e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000000028458  normal  0.010711 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0463  50S ribosomal protein L7/L12  60.66 
 
 		 128 aa  97.1  6e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.228162  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0195  50S ribosomal protein L7/L12  51.64 
 
 		 125 aa  97.4  6e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00370258  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0478  50S ribosomal protein L7/L12  60.66 
 
 		 128 aa  97.1  6e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1530  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 		 124 aa  97.1  7e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0848  50S ribosomal protein L7/L12  54.4 
 
 		 124 aa  96.7  8e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.191499 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0277  ribosomal protein L7/L12  52 
 
 		 126 aa  96.7  9e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000125688  hitchhiker  0.000433063 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2696  50S ribosomal protein L7/L12  54.4 
 
 		 123 aa  96.3  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10114  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2284  50S ribosomal protein L7/L12  52.8 
 
 		 123 aa  96.3  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0509543  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0361  50S ribosomal protein L7/L12  53.6 
 
 		 126 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.435588 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0318  50S ribosomal protein L7/L12  52.8 
 
 		 126 aa  95.9  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0132009  hitchhiker  0.00085028 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3363  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 		 124 aa  95.5  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.304303  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0442  ribosomal protein L7/L12  50.39 
 
 		 130 aa  94.7  3e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1349  50S ribosomal protein L7/L12  56 
 
 		 125 aa  94.7  4e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.262867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2469  50S ribosomal protein L12P  56 
 
 		 126 aa  94  7e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.130995  hitchhiker  0.00690979 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0480  ribosomal protein L7/L12  76.47 
 
 		 121 aa  93.6  7e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2728  ribosomal protein L7/L12  52.8 
 
 		 123 aa  92.8  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176458  normal  0.779559 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2721  ribosomal protein L7/L12  55.46 
 
 		 123 aa  91.3  4e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.200766  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1371  50S ribosomal protein L7/L12  52.94 
 
 		 125 aa  91.3  4e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.526741  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4385  50S ribosomal protein L7/L12  54.4 
 
 		 125 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.318012 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4016  50S ribosomal protein L7/L12  54.4 
 
 		 125 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.797485  normal  0.61149 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0257  50S ribosomal protein L7/L12  54.62 
 
 		 127 aa  90.5  7e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857279  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0233  ribosomal protein L7/L12  75.71 
 
 		 129 aa  89.7  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.643135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3840  50S ribosomal protein L7/L12  53.6 
 
 		 125 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00160785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0858  50S ribosomal protein L7/L12  52.1 
 
 		 125 aa  89.7  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150638  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0409  50S ribosomal protein L7/L12  54.4 
 
 		 124 aa  89  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000329533  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0232  50S ribosomal protein L7/L12  51.64 
 
 		 125 aa  89.4  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0946443  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1664  50S ribosomal protein L7/L12  52.99 
 
 		 124 aa  88.2  3e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.63361  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0214  ribosomal protein L7/L12  52 
 
 		 126 aa  87.4  5e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0206  50S ribosomal protein L7/L12  53.6 
 
 		 124 aa  87.8  5e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000710602  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2197  50S ribosomal protein L7/L12  54.24 
 
 		 122 aa  87  7e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00000379347  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2107  50S ribosomal protein L7/L12  53.39 
 
 		 122 aa  87  7e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000324258  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0030  50S ribosomal protein L7/L12  53.6 
 
 		 123 aa  87  8e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0666406  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1926  ribosomal protein L7/L12  51.97 
 
 		 128 aa  86.7  9e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.252163  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1065  50S ribosomal protein L7/L12  66.2 
 
 		 125 aa  86.7  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00323205  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2950  ribosomal protein L7/L12  53.72 
 
 		 123 aa  86.7  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.223203  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2163  50S ribosomal protein L12P  56.67 
 
 		 128 aa  86.3  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.243742  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0392  50S ribosomal protein L7/L12  69.01 
 
 		 124 aa  85.9  2e-16  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0352  ribosomal protein L7/L12  54.87 
 
 		 124 aa  85.5  2e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.40803  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2729  50S ribosomal protein L7/L12  47.86 
 
 		 121 aa  84.7  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000345895  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1963  50S ribosomal protein L7/L12  52.46 
 
 		 123 aa  84.3  5e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.128486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1528  ribosomal protein L7/L12  53.66 
 
 		 129 aa  84  6e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000020563  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0672  50S ribosomal protein L7/L12  54.7 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0101  50S ribosomal protein L7/L12  52 
 
 		 122 aa  83.6  8e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000988391  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0176  50S ribosomal protein L7/L12  46.15 
 
 		 121 aa  83.6  8e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000503001  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0097  50S ribosomal protein L7/L12  55.46 
 
 		 122 aa  83.6  8e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1037  50S ribosomal protein L7/L12  50.85 
 
 		 129 aa  83.6  8e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.144376  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0450  50S ribosomal protein L7/L12  51.26 
 
 		 125 aa  83.6  8e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2680  50S ribosomal protein L7/L12  52.46 
 
 		 124 aa  83.6  8e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00234382  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>