52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9018 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9080    100 
 
 		 1404 bp  1053    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9018    100 
 
 		 531 bp  1053    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8057    100 
 
 		 830 bp  1053    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.133932  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4624  helix-turn-helix, fis-type  86.79 
 
 		 471 bp  410  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.318976  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4906  integrase catalytic subunit  87.77 
 
 		 618 bp  133  6e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.350856 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5077  integrase catalytic subunit  87.77 
 
 		 801 bp  133  6e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2451  integrase catalytic subunit  87.41 
 
 		 981 bp  125  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.908146 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4627    91.03 
 
 		 273 bp  99.6  8e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5451  Integrase catalytic region  82.16 
 
 		 981 bp  97.6  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5505  Integrase catalytic region  82.16 
 
 		 981 bp  97.6  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0640  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.337003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3112  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3086  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.864475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2866  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2819  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2674  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2665  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.224592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2358  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0867438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2329  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137968  normal  0.366873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1945  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1492  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.246201  normal  0.113657 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1299  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1018  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.759642 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0872  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.453841 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1932  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.827485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0865  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0782  integrase, catalytic region  84.78 
 
 		 714 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1964  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2047  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2082  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0660  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2135  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2099  helix-turn-helix, Fis-type  84.78 
 
 		 981 bp  83.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0254  helix-turn-helix, Fis-type  84.56 
 
 		 2358 bp  79.8  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0870  helix-turn-helix, Fis-type  84.56 
 
 		 1062 bp  79.8  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.465972 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1143  helix-turn-helix, Fis-type  84.56 
 
 		 981 bp  79.8  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.765117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1541  helix-turn-helix, Fis-type  84.56 
 
 		 1488 bp  79.8  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3106  helix-turn-helix, Fis-type  84.56 
 
 		 981 bp  79.8  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.969035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3099  helix-turn-helix, Fis-type  84.56 
 
 		 1440 bp  79.8  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2941  helix-turn-helix, Fis-type  84.56 
 
 		 981 bp  79.8  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2879  helix-turn-helix, Fis-type  84.56 
 
 		 981 bp  79.8  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.676741  normal  0.87637 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2865  helix-turn-helix, Fis-type  84.56 
 
 		 981 bp  79.8  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2433  helix-turn-helix, Fis-type  84.56 
 
 		 981 bp  79.8  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0656957 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2407  helix-turn-helix, Fis-type  84.56 
 
 		 981 bp  79.8  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49226  normal  0.362833 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4138  integrase catalytic subunit  83.82 
 
 		 981 bp  71.9  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3816    86.21 
 
 		 609 bp  69.9  0.0000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1190    84.43 
 
 		 540 bp  67.9  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3080    84.38 
 
 		 870 bp  63.9  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3084    84.38 
 
 		 870 bp  63.9  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3826  integrase catalytic subunit  83.33 
 
 		 981 bp  56  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5096  hypothetical protein  88.89 
 
 		 471 bp  50.1  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.495591 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6453  Integrase catalytic region  84.62 
 
 		 981 bp  50.1  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>