More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3989 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3989  IS3 family transposase  100 
 
 		 165 aa  347  6e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7504  IS3 family transposase  95.45 
 
 		 285 aa  265  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3126  integrase catalytic subunit  72.58 
 
 		 265 aa  199  9e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3247  integrase catalytic subunit  72.58 
 
 		 265 aa  199  9e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00558432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3535  integrase catalytic subunit  72.58 
 
 		 265 aa  199  9e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.323423  normal  0.557897 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2970  integrase catalytic subunit  72.58 
 
 		 265 aa  199  9e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0996434 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1693  integrase catalytic subunit  65.45 
 
 		 167 aa  160  5.0000000000000005e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.271458  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2277  Integrase catalytic region  63.96 
 
 		 272 aa  155  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000868543  normal  0.0420034 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2286  Integrase catalytic region  63.96 
 
 		 272 aa  155  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.102637  hitchhiker  0.00753929 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0124  Integrase catalytic region  63.96 
 
 		 272 aa  155  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.345936 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6171  Integrase catalytic region  63.96 
 
 		 272 aa  155  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3838  Integrase catalytic region  63.96 
 
 		 272 aa  155  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1628  ISRSO16-transposase ORFB protein  65.71 
 
 		 269 aa  155  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0558  ISRSO16-transposase ORFB protein  53.68 
 
 		 280 aa  150  5.9999999999999996e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1901  integrase catalytic region  62.04 
 
 		 157 aa  149  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1432  Integrase catalytic region  58.26 
 
 		 269 aa  147  5e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.868681  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2543  Integrase catalytic region  55.12 
 
 		 280 aa  147  5e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5526  Integrase catalytic region  62.04 
 
 		 260 aa  147  6e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1112  Integrase catalytic region  62.04 
 
 		 260 aa  147  6e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.323234 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1439  ISRSO12-transposase ORFB protein  56.45 
 
 		 234 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2706  ISRSO12-transposase ORFB protein  56.45 
 
 		 234 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.147887 
 
 
-
 
NC_003296  RS05623  transposase  61.26 
 
 		 305 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0504  ISRSO12-transposase ORFB protein  56.45 
 
 		 234 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1303  transposase  61.26 
 
 		 305 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6105  integrase catalytic region  53.49 
 
 		 279 aa  144  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2633  integrase catalytic region  53.49 
 
 		 279 aa  144  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.348098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0441  integrase catalytic region  53.49 
 
 		 279 aa  144  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4739  integrase catalytic region  53.49 
 
 		 279 aa  144  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2926  integrase catalytic region  53.49 
 
 		 279 aa  144  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7700  IS3 family transposase  91.89 
 
 		 359 aa  142  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.421259  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0067  integrase catalytic region  48.89 
 
 		 251 aa  141  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1549  Integrase catalytic region  51.56 
 
 		 269 aa  139  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0166  ISDet2, transposase orfB  53.66 
 
 		 274 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.101481  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4005  Integrase catalytic region  53.12 
 
 		 281 aa  139  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.795108  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4858  integrase catalytic subunit  59.26 
 
 		 282 aa  138  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3307  integrase catalytic subunit  59.26 
 
 		 272 aa  138  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0069  integrase core subunit  48.15 
 
 		 178 aa  137  7.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.8827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55060  hypothetical protein  57.01 
 
 		 280 aa  136  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000896639  unclonable  2.5426499999999997e-21 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3925  integrase catalytic region  47.41 
 
 		 251 aa  134  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00155278  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4236  integrase catalytic region  58.33 
 
 		 282 aa  135  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179979  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0133  transposase B  47.41 
 
 		 269 aa  134  5e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.809419  normal  0.0748006 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0094  integrase core subunit  47.41 
 
 		 269 aa  134  5e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.445692 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03170  hypothetical protein  55.14 
 
 		 279 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000150794  hitchhiker  0.00000000404269 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0138  integrase catalytic subunit  53.51 
 
 		 276 aa  130  6.999999999999999e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1301  integrase catalytic subunit  53.51 
 
 		 276 aa  130  6.999999999999999e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1484  integrase catalytic subunit  53.51 
 
 		 276 aa  130  6.999999999999999e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2821  integrase catalytic subunit  53.51 
 
 		 276 aa  130  6.999999999999999e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2309  Integrase catalytic region  52.63 
 
 		 282 aa  130  6.999999999999999e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.652004 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2312  Integrase catalytic region  52.63 
 
 		 282 aa  130  6.999999999999999e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.939374 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0043  A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0125  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128078  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0195  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.434557  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0291  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0238689  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0366  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0269645  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0377  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.246103  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0464  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0491  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1457  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1524  A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1610  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1629  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00878015  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1734  A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.899598  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1746  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.149601  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1749  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0461375  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0018  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000189028  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0152  A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177961  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0450  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0545  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0617  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.922195  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0687  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.149802  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0709  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.2335  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0823  A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0938  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0452781  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0960  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.323661  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0984  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.756102  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0999  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1196  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00667486  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1267  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110583  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1323  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1379  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1427  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.209584  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2432  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.670196  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2513  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.026452  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2585  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2637  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2640  A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2665  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0425442  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2820  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.670832  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2841  A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000375956  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2852  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2900  A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3020  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3069  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3103  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.309951  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3133  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3298  A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3409  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3477  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3523  A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0008  IS407A, transposase OrfB  57.01 
 
 		 277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00464552  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>