More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp0504 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1439  ISRSO12-transposase ORFB protein  100 
 
 		 234 aa  484  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2706  ISRSO12-transposase ORFB protein  100 
 
 		 234 aa  484  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.147887 
 
 
-
 
NC_003296  RS05623  transposase  100 
 
 		 305 aa  484  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0504  ISRSO12-transposase ORFB protein  100 
 
 		 234 aa  484  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1303  transposase  100 
 
 		 305 aa  484  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6171  Integrase catalytic region  66.67 
 
 		 272 aa  309  2e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0067  integrase catalytic region  63.44 
 
 		 251 aa  310  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0124  Integrase catalytic region  66.67 
 
 		 272 aa  309  2e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.345936 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3838  Integrase catalytic region  66.67 
 
 		 272 aa  309  2e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2286  Integrase catalytic region  66.67 
 
 		 272 aa  309  2e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.102637  hitchhiker  0.00753929 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2277  Integrase catalytic region  66.67 
 
 		 272 aa  309  2e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000868543  normal  0.0420034 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0094  integrase core subunit  62.11 
 
 		 269 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.445692 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3925  integrase catalytic region  62.11 
 
 		 251 aa  302  3.0000000000000004e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00155278  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0133  transposase B  60.79 
 
 		 269 aa  295  4e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.809419  normal  0.0748006 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0558  ISRSO16-transposase ORFB protein  61.21 
 
 		 280 aa  290  2e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5526  Integrase catalytic region  64.52 
 
 		 260 aa  289  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1112  Integrase catalytic region  64.52 
 
 		 260 aa  289  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.323234 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1432  Integrase catalytic region  63.68 
 
 		 269 aa  286  2e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.868681  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1628  ISRSO16-transposase ORFB protein  58.74 
 
 		 269 aa  265  5e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4236  integrase catalytic region  55.6 
 
 		 282 aa  261  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179979  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4858  integrase catalytic subunit  55.17 
 
 		 282 aa  259  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3307  integrase catalytic subunit  55.17 
 
 		 272 aa  259  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2926  integrase catalytic region  54.95 
 
 		 279 aa  259  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2633  integrase catalytic region  54.95 
 
 		 279 aa  259  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.348098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6105  integrase catalytic region  54.95 
 
 		 279 aa  259  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4739  integrase catalytic region  54.95 
 
 		 279 aa  259  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0441  integrase catalytic region  54.95 
 
 		 279 aa  259  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110873  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0166  ISDet2, transposase orfB  53.18 
 
 		 274 aa  243  9.999999999999999e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.101481  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0958  integrase catalytic region  55.02 
 
 		 263 aa  241  6e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3126  integrase catalytic subunit  51.74 
 
 		 265 aa  241  7.999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3247  integrase catalytic subunit  51.74 
 
 		 265 aa  241  7.999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00558432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3535  integrase catalytic subunit  51.74 
 
 		 265 aa  241  7.999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.323423  normal  0.557897 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2970  integrase catalytic subunit  51.74 
 
 		 265 aa  241  7.999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0996434 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1549  Integrase catalytic region  54.05 
 
 		 269 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0069  integrase core subunit  61.71 
 
 		 178 aa  231  5e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.8827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2543  Integrase catalytic region  53.57 
 
 		 280 aa  230  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55060  hypothetical protein  50.22 
 
 		 280 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000896639  unclonable  2.5426499999999997e-21 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7504  IS3 family transposase  55.29 
 
 		 285 aa  224  7e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2312  Integrase catalytic region  49.55 
 
 		 282 aa  223  2e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.939374 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2309  Integrase catalytic region  49.55 
 
 		 282 aa  222  3e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.652004 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0376  integrase catalytic region  50.85 
 
 		 274 aa  221  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000146675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2425  integrase catalytic subunit  48.05 
 
 		 276 aa  218  6e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.043442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0138  integrase catalytic subunit  50 
 
 		 276 aa  217  1e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1301  integrase catalytic subunit  50 
 
 		 276 aa  217  1e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1484  integrase catalytic subunit  50 
 
 		 276 aa  217  1e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2821  integrase catalytic subunit  50 
 
 		 276 aa  217  1e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4719  integrase catalytic region  48.72 
 
 		 277 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.557613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0024  integrase core domain protein  51.38 
 
 		 276 aa  214  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.73785  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0167  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000489876  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03170  hypothetical protein  49.77 
 
 		 279 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000150794  hitchhiker  0.00000000404269 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2092  IS1404 transposase  48.29 
 
 		 277 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.702251  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0006  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.126807  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0043  A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0125  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128078  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0195  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.434557  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0291  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0238689  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0366  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0269645  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0377  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.246103  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0464  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1265  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.399396  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1345  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1524  A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1610  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1629  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00878015  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1734  A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.899598  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1746  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.149601  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0018  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000189028  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0058  A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.859906  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0152  A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177961  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0450  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0545  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0617  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.922195  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0687  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.149802  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0709  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.2335  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0823  A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0938  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0452781  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0960  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.323661  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0984  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.756102  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0999  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1196  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00667486  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1267  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110583  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1323  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2353  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2513  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.026452  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2585  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2637  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2640  A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2683  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2820  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.670832  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2841  A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000375956  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2852  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2900  A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3020  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3069  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3103  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.309951  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3265  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3298  A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3409  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3477  IS407A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3523  A, transposase OrfB  48.29 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>