More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2396 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_2107  6-phosphogluconate dehydrogenase  78.99 
 
 
476 aa  747    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0221886 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2396  6-phosphogluconate dehydrogenase  100 
 
 
478 aa  972    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.288953  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2349  6-phosphogluconate dehydrogenase  78.36 
 
 
476 aa  743    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.911217  normal  0.05196 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1732  6-phosphogluconate dehydrogenase  80.34 
 
 
476 aa  756    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0346367  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3946  6-phosphogluconate dehydrogenase  65.67 
 
 
472 aa  608  1e-173  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0111  6-phosphogluconate dehydrogenase  60.85 
 
 
469 aa  572  1.0000000000000001e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0293528  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0101  6-phosphogluconate dehydrogenase  60.85 
 
 
469 aa  572  1.0000000000000001e-162  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4233  6-phosphogluconate dehydrogenase  60.68 
 
 
470 aa  545  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.271139  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2393  6-phosphogluconate dehydrogenase  55.81 
 
 
466 aa  516  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.714231 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3252  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.68 
 
 
463 aa  513  1e-144  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.423075 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2279  6-phosphogluconate dehydrogenase  50.42 
 
 
471 aa  477  1e-133  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000283239  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1061  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  50.21 
 
 
477 aa  477  1e-133  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.142467  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4715  6-phosphogluconate dehydrogenase  52.12 
 
 
469 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246176  decreased coverage  0.00597476 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0326  6-phosphogluconate dehydrogenase  50.74 
 
 
469 aa  473  1e-132  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0833  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  50.22 
 
 
490 aa  472  1e-132  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2210  6-phosphogluconate dehydrogenase  51.06 
 
 
469 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.828318  normal  0.666462 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0420  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.89 
 
 
471 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0469  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.89 
 
 
471 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0828  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.89 
 
 
471 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.742561  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0631  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.89 
 
 
471 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.410653  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2515  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.89 
 
 
471 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.864381  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3285  6-phosphogluconate dehydrogenase  52.01 
 
 
470 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2376  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.89 
 
 
471 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1798  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.89 
 
 
471 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1582  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.47 
 
 
482 aa  463  1e-129  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0292783 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3801  6-phosphogluconate dehydrogenase  51.8 
 
 
470 aa  463  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.835565 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4459  6-phosphogluconate dehydrogenase  51.8 
 
 
470 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.562999  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3907  6-phosphogluconate dehydrogenase  51.8 
 
 
470 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3620  6-phosphogluconate dehydrogenase  51.8 
 
 
470 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2625  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  51.3 
 
 
483 aa  460  9.999999999999999e-129  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1608  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.76 
 
 
468 aa  459  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.222702 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2181  6-phosphogluconate dehydrogenase  51.16 
 
 
470 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.296225  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2847  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.76 
 
 
468 aa  459  9.999999999999999e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2535  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.87 
 
 
469 aa  456  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4676  6-phosphogluconate dehydrogenase  51.37 
 
 
470 aa  457  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0753605  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0180  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  49.9 
 
 
484 aa  456  1e-127  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3177  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.87 
 
 
469 aa  456  1e-127  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.635161 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2436  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.87 
 
 
469 aa  456  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5973  6-phosphogluconate dehydrogenase  51.27 
 
 
469 aa  457  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.91163  normal  0.882355 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1204  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.33 
 
 
468 aa  456  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1244  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.47 
 
 
484 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1729  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  50.11 
 
 
484 aa  454  1.0000000000000001e-126  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.235564  normal  0.119479 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16410  6-phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating)  49.89 
 
 
479 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2297  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  49.28 
 
 
490 aa  450  1e-125  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.799207  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1215  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.77 
 
 
482 aa  449  1e-125  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000332109  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1320  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.35 
 
 
468 aa  449  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0119731  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2102  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.25 
 
 
479 aa  449  1e-125  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.572478  normal  0.157506 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2449  6-phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating)  48.72 
 
 
478 aa  448  1e-125  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2404  6-phosphogluconate dehydrogenase  48.51 
 
 
484 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2816  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  49.68 
 
 
475 aa  448  1.0000000000000001e-124  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0492392  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3598  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.57 
 
 
486 aa  448  1.0000000000000001e-124  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11872  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.57 
 
 
483 aa  448  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000287104  normal  0.308881 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2320  6-phosphogluconate dehydrogenase  46.81 
 
 
468 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3014  6-phosphogluconate dehydrogenase  46.91 
 
 
468 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000146076  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01931  6-phosphogluconate dehydrogenase  46.81 
 
 
468 aa  444  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1628  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  46.81 
 
 
468 aa  444  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00766748  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1202  6-phosphogluconate dehydrogenase  46.81 
 
 
468 aa  444  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.141646  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0039  6-phosphogluconate dehydrogenase  48 
 
 
471 aa  442  1e-123  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.554725  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4301  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  48.18 
 
 
480 aa  445  1e-123  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0898791  normal  0.90036 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2762  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  49.47 
 
 
485 aa  443  1e-123  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.370116  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1613  6-phosphogluconate dehydrogenase  46.92 
 
 
468 aa  442  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1694  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  47.57 
 
 
474 aa  442  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01917  hypothetical protein  46.81 
 
 
468 aa  444  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1031  6-phosphogluconate dehydrogenase  46.6 
 
 
468 aa  443  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2307  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.23 
 
 
468 aa  443  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97354  hitchhiker  0.00484467 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2962  6-phosphogluconate dehydrogenase  46.6 
 
 
468 aa  445  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000250075 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03954  hypothetical protein similar to 6-phosphogluconate dehydrogenase (Eurofung)  49.89 
 
 
490 aa  438  9.999999999999999e-123  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0543109 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0925  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.49 
 
 
480 aa  440  9.999999999999999e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2260  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.02 
 
 
468 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00724007 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3297  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.11 
 
 
475 aa  441  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0397  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  45.63 
 
 
468 aa  441  9.999999999999999e-123  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2309  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.02 
 
 
468 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00877145 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2206  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.02 
 
 
468 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.553067  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2420  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.02 
 
 
468 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.511918  hitchhiker  0.0040278 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0642  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.35 
 
 
472 aa  440  9.999999999999999e-123  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000463294  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2642  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.35 
 
 
468 aa  437  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2183  6-phosphogluconate dehydrogenase  46.38 
 
 
468 aa  437  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000119365  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1596  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  46.79 
 
 
480 aa  437  1e-121  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.963991  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003325  6-phosphogluconate dehydrogenase decarboxylating  48.2 
 
 
482 aa  435  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3445  6-phosphogluconate dehydrogenase  48.18 
 
 
478 aa  437  1e-121  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.468283  normal  0.0734674 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_69500  6-phosphogluconate dehydrogenase  48.31 
 
 
508 aa  436  1e-121  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.239936  normal  0.16474 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4083  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  48.7 
 
 
484 aa  437  1e-121  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0642645  normal  0.213475 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1834  6-phosphogluconate dehydrogenase  46.4 
 
 
473 aa  436  1e-121  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0443  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  46.07 
 
 
472 aa  435  1e-121  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0758  6-phosphogluconate dehydrogenase  48.45 
 
 
501 aa  438  1e-121  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.210806 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3359  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.23 
 
 
484 aa  434  1e-120  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.191261  normal  0.983915 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0166  6-phosphogluconate dehydrogenase  45.78 
 
 
469 aa  435  1e-120  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0157  6-phosphogluconate dehydrogenase  45.78 
 
 
469 aa  435  1e-120  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02427  6-phosphogluconate dehydrogenase  48.83 
 
 
482 aa  434  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3959  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.25 
 
 
476 aa  432  1e-120  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.111769 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0208  6-phosphogluconate dehydrogenase  45.78 
 
 
469 aa  435  1e-120  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1889  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  48.93 
 
 
483 aa  434  1e-120  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0324159  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2197  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  49.57 
 
 
478 aa  433  1e-120  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000401969 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0164  6-phosphogluconate dehydrogenase  45.78 
 
 
469 aa  435  1e-120  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3824  6-phosphogluconate dehydrogenase  48.18 
 
 
478 aa  434  1e-120  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.75231  normal  0.03216 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0340  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  48.3 
 
 
485 aa  434  1e-120  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.101232  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5683  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  48.5 
 
 
479 aa  434  1e-120  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.696376  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1948  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.46 
 
 
481 aa  432  1e-120  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2309  6-phosphogluconate dehydrogenase  45.89 
 
 
473 aa  434  1e-120  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.627768 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1275  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  45.74 
 
 
476 aa  433  1e-120  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.374225  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>