More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_4564 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_4564  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 276 aa  546  1e-154  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.53731  normal  0.180488 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 314 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 296 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  38.4 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3308  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8516  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 312 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  36.1 
 
 		 288 aa  132  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4554  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2056  HTH-type transcriptional regulator GltR  37.07 
 
 		 285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3926  putative transcriptional regulator  34.19 
 
 		 290 aa  126  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366969  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46170  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 290 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0324298 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0280  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0281  LysR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0357  transcriptional regulator  35.57 
 
 		 286 aa  125  6e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.449267  unclonable  0.0000000664485 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0854  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.79 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09570  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3012  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  32.52 
 
 		 289 aa  123  3e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.450438  hitchhiker  0.000703378 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2472  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.52 
 
 		 289 aa  123  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2570  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 289 aa  123  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1450  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 297 aa  122  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0895  putative transcriptional regulator  34.8 
 
 		 284 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0899891  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 304 aa  122  9e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1668  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0210  transcriptional regulator, LysR family  32.96 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0454  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 341 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.499714  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1661  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 341 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1424  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 337 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18619  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0706  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 341 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.897426  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 309 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1638  transcriptional regulator  35.84 
 
 		 341 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2661  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 292 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.826395  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0486  LysR substrate-binding  31.8 
 
 		 298 aa  119  6e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0896  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 321 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0937961  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1817  hypothetical protein  35.97 
 
 		 321 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.504025  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 304 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1558  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 305 aa  118  7.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1939  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514267  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  37.05 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1646  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1385  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.134108  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1726  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4032  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.660064  normal  0.177868 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01483  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2132  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.54811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01494  hypothetical protein  31 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1608  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 288 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 288 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 288 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2660  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 321 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2395  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.42 
 
 		 291 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0377245  normal  0.580313 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 288 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1680  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 293 aa  115  7.999999999999999e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 288 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3818  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 288 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2139  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.487971  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4525  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1329  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2893  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0897253  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3152  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 288 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2562  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 288 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 288 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0189  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45050  Transcriptional regulator, LysR family  38.3 
 
 		 296 aa  112  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0820  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 302 aa  112  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.378943  normal  0.194336 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1612  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 301 aa  112  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2703  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 289 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.664835 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1652  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0547251  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0208  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.502619  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2004  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.079664 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3275  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0812122 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 283 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0750  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467939 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 291 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 283 aa  107  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0804  transcription regulator protein  34.01 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.540321 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 293 aa  106  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2646  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 289 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1628  putative LysR substrate binding domain  29.15 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1647  putative LysR substrate binding domain  29.15 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0636291  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1636  putative LysR substrate binding domain  29.15 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>