More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2999 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2999  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 		 150 aa  295  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.954217  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4873  MerR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 141 aa  131  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0035  transcriptional regulator, MerR family  51.18 
 
 		 167 aa  129  9e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.987448  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0017  MerR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 167 aa  129  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.801756 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4091  MerR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 138 aa  127  5.0000000000000004e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  normal  0.433272 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0032  MerR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 134 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  49.63 
 
 		 149 aa  122  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3495  MerR family transcriptional regulator  47.66 
 
 		 133 aa  122  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.444785 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0034  MerR family transcriptional regulator  46.04 
 
 		 144 aa  119  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  50.39 
 
 		 139 aa  119  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3534  MerR family transcriptional regulator  50.39 
 
 		 143 aa  118  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0358234  normal  0.617564 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0023  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 239 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0029  transcriptional regulator, MerR family  45.67 
 
 		 134 aa  112  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0295  MerR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 149 aa  111  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  45.67 
 
 		 155 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  45.67 
 
 		 152 aa  110  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_004310  BR0221  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 149 aa  110  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 147 aa  110  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3585  MerR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 152 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229473 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0211  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  41.73 
 
 		 149 aa  108  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  48.84 
 
 		 147 aa  108  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2814  transcriptional regulator, MerR family  48.48 
 
 		 138 aa  108  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1639  MerR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 159 aa  107  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.270848  normal  0.040207 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  44.53 
 
 		 159 aa  107  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1805  transcriptional regulator, MerR family  40.31 
 
 		 142 aa  105  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.665763 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 149 aa  103  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  42.06 
 
 		 151 aa  103  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  42.75 
 
 		 132 aa  103  6e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1785  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 134 aa  103  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0498641 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2691  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  47.69 
 
 		 154 aa  103  8e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2918  transcriptional regulator, MerR family  47.69 
 
 		 154 aa  103  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247446  normal  0.104462 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  44.09 
 
 		 134 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1595  putative heavy metal regulator HmrR  42.37 
 
 		 137 aa  102  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  44.09 
 
 		 134 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0393  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.68 
 
 		 154 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.493726  hitchhiker  2.73635e-17 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0407  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.68 
 
 		 154 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267625 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0388  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.68 
 
 		 154 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0448  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.68 
 
 		 154 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.17179e-17 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 136 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5359  transcriptional regulator, MerR family  40.16 
 
 		 142 aa  101  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  43.31 
 
 		 134 aa  101  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0385  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.68 
 
 		 154 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000075209 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  44.09 
 
 		 144 aa  101  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  45.24 
 
 		 132 aa  101  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 136 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 137 aa  101  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 155 aa  101  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 136 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  41.04 
 
 		 140 aa  100  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 159 aa  100  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.16 
 
 		 135 aa  100  8e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1137  transcriptional regulator, MerR family  41.27 
 
 		 159 aa  100  9e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 134 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  40.94 
 
 		 133 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2267  MerR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 132 aa  97.8  4e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9863  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.85 
 
 		 147 aa  97.8  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1967  MerR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 141 aa  97.1  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.775323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2255  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 134 aa  96.3  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.198615  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  39.06 
 
 		 132 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  39.06 
 
 		 132 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5545  MerR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 139 aa  94.7  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.71393 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1950  MerR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 149 aa  95.1  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.578606  normal  0.329857 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5860  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 134 aa  94.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2217  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 134 aa  94.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1915  MerR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 136 aa  94.7  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2241  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 134 aa  94.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0089  MerR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 137 aa  94.4  5e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2134  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 134 aa  93.6  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.84 
 
 		 142 aa  93.2  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 134 aa  93.2  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7842  transcriptional regulator, MerR family  38.89 
 
 		 149 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0198  MerR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 137 aa  92.8  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2318  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 143 aa  92.4  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 149 aa  92.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  38.1 
 
 		 132 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 143 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2144  MerR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 129 aa  90.5  7e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000183728  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  39.06 
 
 		 129 aa  89.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  38.28 
 
 		 129 aa  87.8  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 133 aa  87.4  6e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 130 aa  87.4  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1130  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 140 aa  85.5  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  37.3 
 
 		 138 aa  85.9  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  40.16 
 
 		 137 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3690  regulatory protein, MerR  34.38 
 
 		 143 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 137 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2543  MerR family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 128 aa  82.8  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.212021  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  35.16 
 
 		 137 aa  81.6  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 142 aa  81.3  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  35.71 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  36.64 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3218  transcriptional regulator, MerR family  35.94 
 
 		 138 aa  77.8  0.00000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.81 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.81 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.775911 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1032  transcriptional regulator, MerR family  32.81 
 
 		 144 aa  77  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.920994  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.81 
 
 		 135 aa  76.6  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.81 
 
 		 135 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.81 
 
 		 135 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>