More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3690 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3690  regulatory protein, MerR  100 
 
 		 143 aa  293  5e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1915  MerR family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 136 aa  159  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1785  MerR family transcriptional regulator  55.73 
 
 		 134 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0498641 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3534  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 143 aa  136  8.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0358234  normal  0.617564 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4091  MerR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 138 aa  133  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  normal  0.433272 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0034  MerR family transcriptional regulator  49.22 
 
 		 144 aa  132  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1639  MerR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 159 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.270848  normal  0.040207 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  49.62 
 
 		 144 aa  131  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1950  MerR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 149 aa  128  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.578606  normal  0.329857 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0017  MerR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 167 aa  128  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.801756 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0035  transcriptional regulator, MerR family  46.27 
 
 		 167 aa  128  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.987448  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  48.82 
 
 		 134 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 155 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  49.61 
 
 		 134 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  49.61 
 
 		 134 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0032  MerR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 134 aa  127  7.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  44.2 
 
 		 147 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  47.37 
 
 		 140 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 149 aa  125  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0023  MerR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 239 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2918  transcriptional regulator, MerR family  45.26 
 
 		 154 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247446  normal  0.104462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2691  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  48.06 
 
 		 154 aa  125  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455022  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0029  transcriptional regulator, MerR family  45.67 
 
 		 134 aa  123  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1967  MerR family transcriptional regulator  47.66 
 
 		 141 aa  123  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.775323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2814  transcriptional regulator, MerR family  47.29 
 
 		 138 aa  122  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3585  MerR family transcriptional regulator  49.22 
 
 		 152 aa  122  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229473 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 143 aa  122  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  46.15 
 
 		 132 aa  121  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 157 aa  121  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2267  MerR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 132 aa  121  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1595  putative heavy metal regulator HmrR  44.96 
 
 		 137 aa  120  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4873  MerR family transcriptional regulator  46.09 
 
 		 141 aa  121  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  46.88 
 
 		 159 aa  120  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  43.7 
 
 		 137 aa  120  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2144  MerR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 129 aa  120  6e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000183728  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  44.96 
 
 		 142 aa  120  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  45.67 
 
 		 152 aa  120  8e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  47.15 
 
 		 155 aa  120  9e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 136 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0295  MerR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 149 aa  119  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  44.96 
 
 		 132 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7842  transcriptional regulator, MerR family  46.03 
 
 		 149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  44.96 
 
 		 149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2255  MerR family transcriptional regulator  47.97 
 
 		 134 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.198615  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 142 aa  118  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5545  MerR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 139 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.71393 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2134  MerR family transcriptional regulator  47.15 
 
 		 134 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5860  MerR family transcriptional regulator  47.15 
 
 		 134 aa  117  7e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2217  MerR family transcriptional regulator  47.15 
 
 		 134 aa  117  7e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 136 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 149 aa  116  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 136 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  45.74 
 
 		 132 aa  117  7.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 171 aa  117  7.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0221  MerR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 149 aa  116  9e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2241  MerR family transcriptional regulator  47.15 
 
 		 134 aa  116  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 134 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  42.64 
 
 		 133 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  45.93 
 
 		 137 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 139 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 137 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  45.53 
 
 		 138 aa  115  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0211  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  44.09 
 
 		 149 aa  115  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2543  MerR family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 128 aa  114  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.212021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 147 aa  114  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9863  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  42.11 
 
 		 147 aa  113  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 159 aa  112  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 134 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  42.64 
 
 		 151 aa  111  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0388  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  43.65 
 
 		 154 aa  110  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0448  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  43.65 
 
 		 154 aa  110  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.17179e-17 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0393  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  43.65 
 
 		 154 aa  110  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.493726  hitchhiker  2.73635e-17 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0407  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  43.65 
 
 		 154 aa  110  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267625 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1130  MerR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 140 aa  110  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0385  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  43.65 
 
 		 154 aa  110  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000075209 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  42.97 
 
 		 132 aa  110  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2318  MerR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 143 aa  110  8.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.55 
 
 		 142 aa  109  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1137  transcriptional regulator, MerR family  41.27 
 
 		 159 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  42.19 
 
 		 132 aa  108  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1805  transcriptional regulator, MerR family  42.19 
 
 		 142 aa  108  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.665763 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0089  MerR family transcriptional regulator  47.66 
 
 		 137 aa  107  6e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3495  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 133 aa  106  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.444785 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5359  transcriptional regulator, MerR family  42.19 
 
 		 142 aa  106  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2326  MerR family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 150 aa  105  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  42.97 
 
 		 138 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  42.97 
 
 		 138 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  42.97 
 
 		 138 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  42.97 
 
 		 138 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  42.97 
 
 		 138 aa  104  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  42.19 
 
 		 135 aa  104  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  40.62 
 
 		 132 aa  104  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  42.19 
 
 		 135 aa  104  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.775911 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  42.19 
 
 		 135 aa  103  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  42.19 
 
 		 135 aa  103  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  42.19 
 
 		 135 aa  103  6e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  42.19 
 
 		 135 aa  103  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  42.19 
 
 		 135 aa  103  6e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  42.19 
 
 		 135 aa  103  6e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  42.19 
 
 		 135 aa  103  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>