26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4044 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4044  putative plasmid transfer protein  100 
 
 		 357 aa  725    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0619  putative plasmid transfer protein  50.37 
 
 		 397 aa  378  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0557  putative plasmid transfer protein  44.91 
 
 		 397 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0517  putative plasmid transfer protein  46.61 
 
 		 398 aa  315  6e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.359059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3174  putative outer membrane or exported  36.16 
 
 		 397 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3221  putative plasmid transfer protein  32.59 
 
 		 415 aa  132  9e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0252  conjugative transfer protein  33.33 
 
 		 436 aa  132  9e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0051  putative plasmid transfer protein  33.48 
 
 		 396 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000649628  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0705  putative plasmid transfer protein  30.41 
 
 		 399 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4585  conjugative transfer protein  33.49 
 
 		 436 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.774024 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4499  conjugative transfer protein  33.49 
 
 		 436 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4636  conjugative transfer protein  33.49 
 
 		 436 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.403008  normal  0.321234 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4584  conjugative transfer protein  33.02 
 
 		 436 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4434  conjugative transfer protein  33.49 
 
 		 436 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.413402  hitchhiker  0.00000046474 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0529  putative plasmid transfer protein  28.12 
 
 		 398 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000622443  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4649  hypothetical protein  28.44 
 
 		 266 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0106  TraF  26 
 
 		 400 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0502  hypothetical protein  25.19 
 
 		 388 aa  99  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00214405  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0674  hypothetical protein  27.71 
 
 		 413 aa  95.5  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000817  hypothetical protein  27.19 
 
 		 375 aa  87  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.529615  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2920  hypothetical protein  31.63 
 
 		 380 aa  86.3  8e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.448898 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000131  TraF-related protein  27.68 
 
 		 373 aa  79.3  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00236694  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4490  hypothetical protein  25.27 
 
 		 421 aa  75.5  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05738  hypothetical protein  25.22 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3650  ribonuclease PH  27.54 
 
 		 428 aa  68.2  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0612  hypothetical protein  44.44 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>