26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0517 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0517  putative plasmid transfer protein  100 
 
 		 398 aa  799    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.359059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0619  putative plasmid transfer protein  69.05 
 
 		 397 aa  551  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0557  putative plasmid transfer protein  66.32 
 
 		 397 aa  503  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3174  putative outer membrane or exported  50.5 
 
 		 397 aa  412  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4044  putative plasmid transfer protein  44.91 
 
 		 357 aa  329  4e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3221  putative plasmid transfer protein  34.93 
 
 		 415 aa  227  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0252  conjugative transfer protein  35.27 
 
 		 436 aa  220  3e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4636  conjugative transfer protein  33.8 
 
 		 436 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.403008  normal  0.321234 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4585  conjugative transfer protein  33.8 
 
 		 436 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.774024 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4584  conjugative transfer protein  33.41 
 
 		 436 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4434  conjugative transfer protein  33.8 
 
 		 436 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.413402  hitchhiker  0.00000046474 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4499  conjugative transfer protein  33.56 
 
 		 436 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0705  putative plasmid transfer protein  33.75 
 
 		 399 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0051  putative plasmid transfer protein  33.41 
 
 		 396 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000649628  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0106  TraF  32.41 
 
 		 400 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0529  putative plasmid transfer protein  29.78 
 
 		 398 aa  169  8e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000622443  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0502  hypothetical protein  30.1 
 
 		 388 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00214405  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0674  hypothetical protein  27.75 
 
 		 413 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000131  TraF-related protein  28.39 
 
 		 373 aa  133  5e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00236694  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4649  hypothetical protein  30.04 
 
 		 266 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2920  hypothetical protein  28.83 
 
 		 380 aa  126  8.000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.448898 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000817  hypothetical protein  28.23 
 
 		 375 aa  125  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.529615  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05738  hypothetical protein  28.97 
 
 		 373 aa  124  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4490  hypothetical protein  23.68 
 
 		 421 aa  110  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3650  ribonuclease PH  27.98 
 
 		 428 aa  96.7  7e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0612  hypothetical protein  29.75 
 
 		 217 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>