More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1903 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1903  cysteinyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 459 aa  951    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0676  cysteinyl-tRNA synthetase  56.16 
 
 		 474 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.02633 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0689  cysteinyl-tRNA synthetase  54.03 
 
 		 459 aa  494  1e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0435653  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2398  cysteinyl-tRNA synthetase  53.15 
 
 		 461 aa  497  1e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0419  cysteinyl-tRNA synthetase  52.85 
 
 		 453 aa  487  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0310723 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2665  cysteinyl-tRNA synthetase  56.3 
 
 		 468 aa  487  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4529  cysteinyl-tRNA synthetase  52.7 
 
 		 462 aa  485  1e-136  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0386515 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00355  cysteinyl-tRNA synthetase  53.25 
 
 		 474 aa  483  1e-135  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.229746  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1404  cysteinyl-tRNA synthetase  53.28 
 
 		 449 aa  483  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0923  cysteinyl-tRNA synthetase  51.84 
 
 		 456 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2731  cysteinyl-tRNA synthetase  53.91 
 
 		 458 aa  466  9.999999999999999e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0281  cysteinyl-tRNA synthetase  53.09 
 
 		 467 aa  467  9.999999999999999e-131  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0311  cysteinyl-tRNA synthetase  53.09 
 
 		 467 aa  465  9.999999999999999e-131  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1100  cysteinyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 		 472 aa  458  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0132034 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0415  cysteinyl-tRNA synthetase  50.41 
 
 		 490 aa  460  9.999999999999999e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.148475  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0509  cysteinyl-tRNA synthetase  51.4 
 
 		 465 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0500  cysteinyl-tRNA synthetase  51.63 
 
 		 455 aa  450  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.996276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1844  cysteinyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 		 463 aa  447  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0242  cysteinyl-tRNA synthetase  48.48 
 
 		 459 aa  448  1.0000000000000001e-124  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1915  cysteinyl-tRNA synthetase  50 
 
 		 458 aa  444  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0582  cysteinyl-tRNA synthetase  50.76 
 
 		 461 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.193345 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0590  cysteinyl-tRNA synthetase  50.76 
 
 		 461 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00144184  normal  0.0627987 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0645  cysteinyl-tRNA synthetase  50.76 
 
 		 461 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0107  cysteinyl-tRNA synthetase  49.67 
 
 		 459 aa  439  9.999999999999999e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0585  cysteinyl-tRNA synthetase  50.76 
 
 		 461 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0307581  normal  0.380825 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0031  cysteinyl-tRNA synthetase  46.44 
 
 		 493 aa  439  9.999999999999999e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.173028  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0583  cysteinyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 		 461 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000237473  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1003  cysteinyl-tRNA synthetase  50.11 
 
 		 488 aa  437  1e-121  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1084  cysteinyl-tRNA synthetase  48.91 
 
 		 454 aa  437  1e-121  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462524  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  49.36 
 
 		 485 aa  436  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00476  cysteinyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 		 461 aa  432  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0063567  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3365  cysteinyl-tRNA synthetase  47.92 
 
 		 481 aa  432  1e-120  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1271  cysteinyl-tRNA synthetase  48.48 
 
 		 456 aa  433  1e-120  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1361  cysteinyl-tRNA synthetase  49.47 
 
 		 488 aa  432  1e-120  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4174  cysteinyl-tRNA synthetase  47.15 
 
 		 494 aa  435  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.801152  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3800  cysteinyl-tRNA synthetase  46.97 
 
 		 480 aa  432  1e-120  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2249  cysteine--tRNA ligase  46.49 
 
 		 485 aa  434  1e-120  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000746597  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0566  cysteinyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 		 461 aa  432  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000638742  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2753  cysteinyl-tRNA synthetase  49.46 
 
 		 459 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000279239  normal  0.0782158 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0601  cysteinyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 		 461 aa  432  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000694006  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1881  cysteinyl-tRNA synthetase  49.57 
 
 		 464 aa  434  1e-120  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3096  cysteinyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 		 461 aa  432  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0232678  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0571  cysteinyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 		 461 aa  431  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000388833  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00481  hypothetical protein  50.54 
 
 		 461 aa  432  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0114278  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1634  cysteinyl-tRNA synthetase  46.75 
 
 		 493 aa  432  1e-120  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0430499 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0448  cysteinyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 		 461 aa  432  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000245002  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3087  cysteinyl-tRNA synthetase  50.33 
 
 		 461 aa  431  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000869328  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0627  cysteinyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 		 461 aa  431  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0130875  normal  0.589324 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1791  cysteinyl-tRNA synthetase  49.67 
 
 		 459 aa  429  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1624  cysteinyl-tRNA synthetase  49.24 
 
 		 459 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000105095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0308  cysteinyl-tRNA synthetase  45.99 
 
 		 459 aa  430  1e-119  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1667  cysteinyl-tRNA synthetase  46.14 
 
 		 479 aa  430  1e-119  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.67425  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1590  cysteinyl-tRNA synthetase  49.24 
 
 		 459 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000784367  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1263  cysteinyl-tRNA synthetase  48.76 
 
 		 505 aa  429  1e-119  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.227331  normal  0.0688568 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1601  cysteinyl-tRNA synthetase  49.24 
 
 		 459 aa  428  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000105927  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1270  cysteinyl-tRNA synthetase  47.83 
 
 		 456 aa  426  1e-118  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3014  cysteinyl-tRNA synthetase  48.59 
 
 		 461 aa  427  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000439481  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0936  cysteinyl-tRNA synthetase  50.64 
 
 		 460 aa  426  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3152  cysteinyl-tRNA synthetase  48.16 
 
 		 461 aa  426  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00287269  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2660  cysteinyl-tRNA synthetase  48.59 
 
 		 461 aa  425  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0958679  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1278  cysteinyl-tRNA synthetase  48.59 
 
 		 461 aa  427  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  49.46 
 
 		 461 aa  426  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000406523  normal  0.136129 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3883  cysteinyl-tRNA synthetase  46.14 
 
 		 480 aa  423  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4717  cysteinyl-tRNA synthetase  48.39 
 
 		 462 aa  423  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.125119 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1698  cysteinyl-tRNA synthetase  49.34 
 
 		 458 aa  422  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0508946  normal  0.0729596 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2110  cysteinyl-tRNA synthetase  47.83 
 
 		 460 aa  423  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000230638 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0057  cysteinyl-tRNA synthetase  46.49 
 
 		 485 aa  424  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0768  cysteinyl-tRNA synthetase  45.12 
 
 		 459 aa  422  1e-117  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.202696  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2933  cysteinyl-tRNA synthetase  48.16 
 
 		 461 aa  425  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.395948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  48.16 
 
 		 459 aa  422  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000158827  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0135  cysteinyl-tRNA synthetase  47.32 
 
 		 449 aa  421  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1487  cysteinyl-tRNA synthetase  49.24 
 
 		 461 aa  425  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000012906  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3324  cysteinyl-tRNA synthetase  43.87 
 
 		 470 aa  424  1e-117  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0251973  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  49.24 
 
 		 461 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000973737  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2566  cysteinyl-tRNA synthetase  49.24 
 
 		 461 aa  423  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000164638  normal  0.0688617 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0980  cysteinyl-tRNA synthetase  48.38 
 
 		 465 aa  422  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1248  cysteinyl-tRNA synthetase  48.59 
 
 		 461 aa  419  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000407868  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0089  cysteinyl-tRNA synthetase  46.23 
 
 		 465 aa  419  1e-116  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0154063  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01977  cysteinyl-tRNA synthetase  49.35 
 
 		 460 aa  420  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0120  cysteinyl-tRNA synthetase  46.03 
 
 		 465 aa  418  1e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000252042  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2511  cysteinyl-tRNA synthetase  48.48 
 
 		 459 aa  420  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000706228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0084  cysteinyl-tRNA synthetase  45.49 
 
 		 465 aa  418  1e-116  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000240351  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003837  cysteinyl-tRNA synthetase  48.17 
 
 		 460 aa  419  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000455216  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2599  cysteinyl-tRNA synthetase  48.5 
 
 		 460 aa  419  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00582653  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01842  cysteinyl-tRNA synthetase  48.28 
 
 		 460 aa  421  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1221  cysteinyl-tRNA synthetase  48.37 
 
 		 459 aa  418  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000543718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1166  cysteinyl-tRNA synthetase  47.51 
 
 		 461 aa  417  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00193068  normal  0.0129624 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1345  cysteinyl-tRNA synthetase  47.51 
 
 		 461 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164999  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0089  cysteinyl-tRNA synthetase  46.23 
 
 		 465 aa  418  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0086  cysteinyl-tRNA synthetase  46.23 
 
 		 465 aa  418  9.999999999999999e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00483591  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0085  cysteinyl-tRNA synthetase  46.23 
 
 		 465 aa  418  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1902  cysteinyl-tRNA synthetase  49.34 
 
 		 454 aa  418  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.478316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0084  cysteinyl-tRNA synthetase  45.82 
 
 		 465 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0089  cysteinyl-tRNA synthetase  46.23 
 
 		 465 aa  418  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000157643  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2571  cysteinyl-tRNA synthetase  47.07 
 
 		 461 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00897166  hitchhiker  0.0000307026 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1439  cysteinyl-tRNA synthetase  46.77 
 
 		 459 aa  418  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326973  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0100  cysteinyl-tRNA synthetase  46.23 
 
 		 465 aa  418  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.67266e-60 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1488  cysteinyl-tRNA synthetase  44.63 
 
 		 482 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.335509  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0404  cysteinyl-tRNA synthetase  45.88 
 
 		 487 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.751484  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0858  cysteinyl-tRNA synthetase  47.13 
 
 		 473 aa  417  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>