174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_R0127 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 304 bp  603  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    89.38 
 
 		 298 bp  313  2e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  89.38 
 
 		 298 bp  313  2e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0134  RNA component of RNaseP  89.38 
 
 		 298 bp  313  2e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  88.69 
 
 		 299 bp  301  6e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  88.28 
 
 		 298 bp  289  2e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0137  RNA component of RNaseP  86.55 
 
 		 300 bp  248  8e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0019  RNA component of RNaseP  86.55 
 
 		 300 bp  248  8e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  86.55 
 
 		 300 bp  248  8e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0013  RNA component of RNaseP  86.84 
 
 		 291 bp  242  5e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0146  RNA component of RNaseP  85.66 
 
 		 298 bp  232  5e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0972194  hitchhiker  0.00000000182865 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  84.29 
 
 		 306 bp  224  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  85.29 
 
 		 296 bp  220  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0024  RNA component of RNaseP  84.56 
 
 		 298 bp  208  7e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.310987  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  87.34 
 
 		 295 bp  202  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0017  RNA component of RNaseP  84.31 
 
 		 300 bp  198  6e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.585767  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    86.92 
 
 		 295 bp  194  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  86.86 
 
 		 292 bp  186  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  86.5 
 
 		 295 bp  186  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  86.5 
 
 		 293 bp  180  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  87.44 
 
 		 298 bp  180  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  83.09 
 
 		 303 bp  180  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  83.45 
 
 		 303 bp  178  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  83.45 
 
 		 303 bp  178  6e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  86.21 
 
 		 303 bp  172  4e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  84.96 
 
 		 296 bp  168  5.9999999999999996e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  85.93 
 
 		 299 bp  168  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  84.81 
 
 		 296 bp  167  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  85.65 
 
 		 294 bp  163  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  85.22 
 
 		 303 bp  157  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  82.97 
 
 		 308 bp  157  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  80.68 
 
 		 331 bp  149  5e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  84.68 
 
 		 291 bp  145  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  85.12 
 
 		 302 bp  135  7.999999999999999e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  83.2 
 
 		 298 bp  135  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  83.74 
 
 		 303 bp  133  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  83.25 
 
 		 301 bp  129  5e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  92.39 
 
 		 301 bp  127  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  83.67 
 
 		 297 bp  127  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  92.39 
 
 		 301 bp  127  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  92.39 
 
 		 301 bp  127  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  92.39 
 
 		 301 bp  127  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  92.39 
 
 		 301 bp  127  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  92.39 
 
 		 301 bp  127  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  92.39 
 
 		 301 bp  127  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  92.39 
 
 		 301 bp  127  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  92.39 
 
 		 301 bp  127  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    92.39 
 
 		 301 bp  127  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  83.25 
 
 		 302 bp  125  8e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  92.31 
 
 		 317 bp  125  8e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0061  RNA component of RNaseP  91.49 
 
 		 295 bp  123  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.773331  unclonable  0.00000000000486767 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  85.61 
 
 		 299 bp  117  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  82.74 
 
 		 295 bp  111  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  90.22 
 
 		 305 bp  111  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  89.77 
 
 		 332 bp  103  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    90.11 
 
 		 205 bp  101  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    90.11 
 
 		 205 bp  101  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  83.23 
 
 		 305 bp  101  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  81.77 
 
 		 312 bp  99.6  4e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0010  RNA component of RNaseP  88.64 
 
 		 302 bp  95.6  7e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0305173  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    80.89 
 
 		 296 bp  89.7  4e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    80.89 
 
 		 296 bp  89.7  4e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  91.18 
 
 		 427 bp  87.7  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  82.98 
 
 		 359 bp  83.8  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  93.85 
 
 		 326 bp  81.8  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  97.67 
 
 		 322 bp  77.8  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 354 bp  75.8  0.000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 335 bp  75.8  0.000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 339 bp  75.8  0.000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  83.72 
 
 		 349 bp  73.8  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0070  RNA component of RNaseP  86.52 
 
 		 357 bp  73.8  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  86.02 
 
 		 305 bp  73.8  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    100 
 
 		 350 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 309 bp  71.9  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 350 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    100 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 304 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  100 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  88.24 
 
 		 301 bp  71.9  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    100 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 348 bp  71.9  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  88.24 
 
 		 328 bp  71.9  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  71.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0052  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 120 bp  69.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 328 bp  69.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  69.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 347 bp  69.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 386 bp  67.9  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  93.48 
 
 		 353 bp  67.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 294 bp  67.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  87.14 
 
 		 342 bp  67.9  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 318 bp  67.9  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 352 bp  67.9  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  97.37 
 
 		 346 bp  67.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    100 
 
 		 352 bp  67.9  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  97.37 
 
 		 294 bp  67.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  97.3 
 
 		 359 bp  65.9  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3565  RNase P class A  100 
 
 		 350 bp  65.9  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>