57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_R0012 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03320  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0007  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309260  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000169546  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0037  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.489158 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0014  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0001  tRNA-Ser  88 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0001  tRNA-Ser  88 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.330337 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0052  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0009  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0047  tRNA-Ser  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.548242 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309091  tRNA-Ser  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309106  tRNA-Ser  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309205  tRNA-Ser  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.98258  normal  0.324955 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0005  tRNA-Ser  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.087026  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891342 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0021  tRNA-Ser  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.146581  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0742703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0023  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0033  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.374525 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000641066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.802654  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07010  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t038  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191497  normal  0.473607 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0031  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 99 bp  44.1  0.006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0101109  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000237052  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>