296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0017 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  125  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  125  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  95.89 
 
 		 88 bp  121  3e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  103  7e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  89.87 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  89.87 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0051  tRNA-Ser  94.34 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  94.34 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0007  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0166763  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  90.41 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  89.71 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  89.71 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0064  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0017  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576804  normal  0.691356 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0633  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.248026  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  88 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0017  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00284743  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  85.19 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  85.19 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t30  tRNA-Ser  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232606  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt17  tRNA-Ser  90.38 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  90.38 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2240  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.247872 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0051  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.656743  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t07  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506644  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2057  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0082  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.338045  normal  0.030593 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0022  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0057  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159641  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0040  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.851223  normal  0.588712 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0051  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.573916  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>