More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0689 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0689  cysteinyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 459 aa  944    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0435653  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2665  cysteinyl-tRNA synthetase  60.52 
 
 		 468 aa  551  1e-155  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0419  cysteinyl-tRNA synthetase  59.96 
 
 		 453 aa  544  1e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0310723 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1404  cysteinyl-tRNA synthetase  60.65 
 
 		 449 aa  542  1e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2398  cysteinyl-tRNA synthetase  56.86 
 
 		 461 aa  541  1e-153  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4529  cysteinyl-tRNA synthetase  56.71 
 
 		 462 aa  533  1e-150  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0386515 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1100  cysteinyl-tRNA synthetase  57.7 
 
 		 472 aa  533  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0132034 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1698  cysteinyl-tRNA synthetase  60.99 
 
 		 458 aa  511  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0508946  normal  0.0729596 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00355  cysteinyl-tRNA synthetase  55.35 
 
 		 474 aa  509  1e-143  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.229746  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4717  cysteinyl-tRNA synthetase  57.91 
 
 		 462 aa  511  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.125119 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2731  cysteinyl-tRNA synthetase  58.52 
 
 		 458 aa  507  9.999999999999999e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0676  cysteinyl-tRNA synthetase  56.47 
 
 		 474 aa  504  1e-141  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.02633 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1903  cysteinyl-tRNA synthetase  54.03 
 
 		 459 aa  503  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1915  cysteinyl-tRNA synthetase  54.8 
 
 		 458 aa  496  1e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0311  cysteinyl-tRNA synthetase  55.34 
 
 		 467 aa  491  1e-137  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0281  cysteinyl-tRNA synthetase  55.34 
 
 		 467 aa  491  1e-137  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1153  cysteinyl-tRNA synthetase  58.71 
 
 		 457 aa  491  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.102155  normal  0.0430142 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  54.53 
 
 		 485 aa  488  1e-137  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5212  cysteinyl-tRNA synthetase  58 
 
 		 462 aa  489  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.253411 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0135  cysteinyl-tRNA synthetase  56.69 
 
 		 449 aa  485  1e-136  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4745  cysteinyl-tRNA synthetase  58.64 
 
 		 462 aa  483  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2071  cysteinyl-tRNA synthetase  54.64 
 
 		 486 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.377072 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1488  cysteinyl-tRNA synthetase  52.02 
 
 		 482 aa  474  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.335509  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5571  cysteinyl-tRNA synthetase  55.93 
 
 		 465 aa  472  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.719635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1380  cysteinyl-tRNA synthetase  54.13 
 
 		 486 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.194262  normal  0.461821 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0459  cysteinyl-tRNA synthetase  56.08 
 
 		 460 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0171748 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1638  cysteinyl-tRNA synthetase  55.22 
 
 		 460 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.2661  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2722  cysteinyl-tRNA synthetase  54.64 
 
 		 499 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0107  cysteinyl-tRNA synthetase  52.39 
 
 		 459 aa  466  9.999999999999999e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5285  cysteinyl-tRNA synthetase  56.78 
 
 		 462 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.693404  normal  0.561816 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3498  cysteinyl-tRNA synthetase  53.59 
 
 		 472 aa  462  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.354533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1228  cysteinyl-tRNA synthetase  51.21 
 
 		 477 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0149  cysteinyl-tRNA synthetase  47.38 
 
 		 457 aa  455  1e-127  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2208  cysteinyl-tRNA synthetase  51.81 
 
 		 491 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3365  cysteinyl-tRNA synthetase  49.17 
 
 		 481 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0415  cysteinyl-tRNA synthetase  49.17 
 
 		 490 aa  452  1.0000000000000001e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.148475  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1184  cysteinyl-tRNA synthetase  52.14 
 
 		 463 aa  451  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.257527  normal  0.696826 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0500  cysteinyl-tRNA synthetase  50.87 
 
 		 455 aa  451  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.996276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0242  cysteinyl-tRNA synthetase  48.48 
 
 		 459 aa  449  1e-125  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1590  cysteinyl-tRNA synthetase  49.46 
 
 		 459 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000784367  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0713  cysteinyl-tRNA synthetase  51.81 
 
 		 466 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.652412 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0936  cysteinyl-tRNA synthetase  52.69 
 
 		 460 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1278  cysteinyl-tRNA synthetase  49.78 
 
 		 461 aa  445  1.0000000000000001e-124  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0768  cysteinyl-tRNA synthetase  46.97 
 
 		 459 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.202696  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2065  cysteinyl-tRNA synthetase  52.15 
 
 		 463 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.680985  normal  0.870381 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1487  cysteinyl-tRNA synthetase  49.57 
 
 		 461 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000012906  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3014  cysteinyl-tRNA synthetase  49.78 
 
 		 461 aa  445  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000439481  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1624  cysteinyl-tRNA synthetase  49.46 
 
 		 459 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000105095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4063  cysteinyl-tRNA synthetase  56.24 
 
 		 462 aa  447  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.824791  normal  0.419537 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1248  cysteinyl-tRNA synthetase  49.67 
 
 		 461 aa  444  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000407868  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2660  cysteinyl-tRNA synthetase  50.22 
 
 		 461 aa  443  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0958679  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1791  cysteinyl-tRNA synthetase  48.16 
 
 		 459 aa  442  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3152  cysteinyl-tRNA synthetase  49.89 
 
 		 461 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00287269  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1487  cysteinyl-tRNA synthetase  46.34 
 
 		 588 aa  442  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1844  cysteinyl-tRNA synthetase  49.57 
 
 		 463 aa  441  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2753  cysteinyl-tRNA synthetase  49.24 
 
 		 459 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000279239  normal  0.0782158 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  47.72 
 
 		 459 aa  443  1e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000158827  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2566  cysteinyl-tRNA synthetase  49.02 
 
 		 461 aa  442  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000164638  normal  0.0688617 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1601  cysteinyl-tRNA synthetase  49.46 
 
 		 459 aa  445  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000105927  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  49.02 
 
 		 461 aa  444  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000406523  normal  0.136129 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0031  cysteinyl-tRNA synthetase  48.27 
 
 		 493 aa  443  1e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.173028  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1166  cysteinyl-tRNA synthetase  49.68 
 
 		 461 aa  439  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00193068  normal  0.0129624 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0509  cysteinyl-tRNA synthetase  51.29 
 
 		 465 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1667  cysteinyl-tRNA synthetase  48.33 
 
 		 479 aa  439  9.999999999999999e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.67425  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0308  cysteinyl-tRNA synthetase  46.87 
 
 		 459 aa  439  9.999999999999999e-123  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0057  cysteinyl-tRNA synthetase  47.84 
 
 		 485 aa  438  9.999999999999999e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3374  cysteinyl-tRNA synthetase  49.3 
 
 		 493 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.301866  normal  0.0269367 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2086  cysteinyl-tRNA synthetase  49.7 
 
 		 488 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.634388  normal  0.286756 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  48.81 
 
 		 461 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000973737  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1221  cysteinyl-tRNA synthetase  48.16 
 
 		 459 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000543718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1902  cysteinyl-tRNA synthetase  52.29 
 
 		 454 aa  436  1e-121  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.478316  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2933  cysteinyl-tRNA synthetase  49.57 
 
 		 461 aa  437  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.395948  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2511  cysteinyl-tRNA synthetase  47.94 
 
 		 459 aa  435  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000706228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1958  cysteinyl-tRNA synthetase  51.32 
 
 		 453 aa  437  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.46476  normal  0.773483 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2051  cysteinyl-tRNA synthetase  51.84 
 
 		 461 aa  437  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0707347  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1888  cysteinyl-tRNA synthetase  49.03 
 
 		 464 aa  437  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.298729  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1345  cysteinyl-tRNA synthetase  49.13 
 
 		 461 aa  432  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164999  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01977  cysteinyl-tRNA synthetase  49.35 
 
 		 460 aa  432  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0404  cysteinyl-tRNA synthetase  46.71 
 
 		 487 aa  433  1e-120  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.751484  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1439  cysteinyl-tRNA synthetase  48.16 
 
 		 459 aa  434  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326973  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01842  cysteinyl-tRNA synthetase  48.48 
 
 		 460 aa  432  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0965  cysteinyl-tRNA synthetase  50.2 
 
 		 506 aa  432  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.910557  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1634  cysteinyl-tRNA synthetase  47.88 
 
 		 493 aa  432  1e-120  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0430499 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2184  cysteinyl-tRNA synthetase  47.75 
 
 		 461 aa  434  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.261095 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0100  cysteinyl-tRNA synthetase  47.41 
 
 		 481 aa  429  1e-119  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1881  cysteinyl-tRNA synthetase  49.35 
 
 		 464 aa  431  1e-119  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1538  cysteinyl-tRNA synthetase  47.29 
 
 		 459 aa  429  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.205032  hitchhiker  0.0027552 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2599  cysteinyl-tRNA synthetase  47.62 
 
 		 460 aa  431  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00582653  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003837  cysteinyl-tRNA synthetase  48.48 
 
 		 460 aa  431  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000455216  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1084  cysteinyl-tRNA synthetase  49.02 
 
 		 454 aa  431  1e-119  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462524  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0858  cysteinyl-tRNA synthetase  48.31 
 
 		 473 aa  426  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0980  cysteinyl-tRNA synthetase  49.26 
 
 		 473 aa  426  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.969575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1038  cysteinyl-tRNA synthetase  52.78 
 
 		 463 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2121  cysteinyl-tRNA synthetase  47.01 
 
 		 485 aa  426  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00371034  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0923  cysteinyl-tRNA synthetase  47.62 
 
 		 456 aa  425  1e-118  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0571  cysteinyl-tRNA synthetase  50 
 
 		 461 aa  425  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000388833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2684  cysteinyl-tRNA synthetase  47.72 
 
 		 459 aa  427  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000025745  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4174  cysteinyl-tRNA synthetase  43.9 
 
 		 494 aa  426  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.801152  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3116  cysteinyl-tRNA synthetase  47.62 
 
 		 459 aa  427  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000569576  decreased coverage  0.000000405781 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2571  cysteinyl-tRNA synthetase  48.16 
 
 		 461 aa  423  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00897166  hitchhiker  0.0000307026 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>