More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_R0034 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0034  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0004  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000171027  normal  0.958978 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0035  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0039  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.788311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0017  tRNA-Met  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.655239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0051  tRNA-Met  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.289296 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_R0047  tRNA-Met  97.87 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0032  tRNA-Met  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0018  tRNA-Met  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0048  tRNA-Met  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.726502  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-1  tRNA-Met  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-2  tRNA-Met  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0036  tRNA-Met  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000106815  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0036  tRNA-Met  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000000382466  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0048  tRNA-Met  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4588  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236199  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t029  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t030  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0633  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.811273  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0078  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0079  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0078  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0634809  normal  0.33041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0079  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.060888  normal  0.335766 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0074  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.291778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0075  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.188709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0076  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.195191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0038  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0258342  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0110  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0138501  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0108  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0137063  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0112  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0083  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0208848  normal  0.0528505 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0101  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.893911  decreased coverage  0.00145589 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0093  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0092  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0100  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.925668  decreased coverage  0.00140231 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_R0055  tRNA-Met  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.849383 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0080  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0654019  normal  0.0862038 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0082  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0195288  normal  0.0518693 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0090  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0102  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.872773  hitchhiker  0.00341362 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0099  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.69188  decreased coverage  0.00129939 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0091  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0098  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.514232  decreased coverage  0.00128262 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0107  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0531774  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2749  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000330212  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52320  tRNA-Met  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.873423 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0044  tRNA-Met  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0066  tRNA-Met  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.508112 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0036  tRNA-Met  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0085  tRNA-Met  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.248101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0086  tRNA-Met  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.325929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0087  tRNA-Met  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0067  tRNA-Met  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.51245 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0038  tRNA-Met  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.161096  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0036  tRNA-Met  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0037  tRNA-Met  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.306367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0063  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00314729  hitchhiker  0.000241423 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5465  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.239722  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0065  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0014321  hitchhiker  0.000837814 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t56  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189804  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0025  tRNA-Met  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA63  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.779094 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0005  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.098649 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet01  tRNA-Met  89.83 
 
 		 80 bp  69.9  0.00000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0094  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.19946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0064  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0037637  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0096  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0062  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00124144  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0061  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00126758  hitchhiker  0.000243294 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0067  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00450958  hitchhiker  0.000893697 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0024  tRNA-Met  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000264757  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0083  tRNA-Met  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000703171  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2751  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  4.74519e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0031  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0037  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.110584 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0037  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0416385 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0024  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0023  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0016  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0046  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.918384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0018  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0017  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0039  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0455  tRNA-Met  93.48 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00135587  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0029  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.159006  normal  0.829895 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0008  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0031  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.15848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0008  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.510749  normal  0.320206 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0024  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.459339 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0010  tRNA-Met  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.394112 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t20  tRNA-Met  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t21  tRNA-Met  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.929241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t22  tRNA-Met  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00106  tRNA-Met  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0037  tRNA-Met  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00110  tRNA-Met  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0073  tRNA-Met  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000821998  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0074  tRNA-Met  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000142028  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R21  tRNA-Met  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.69623  normal  0.0537905 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R22  tRNA-Met  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691198  normal  0.0547786 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>