More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_R0037 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_R0037  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0044  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60370  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60270  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5465  tRNA-Met  97.3 
 
 		 77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.239722  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62790  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0005  tRNA-Met  97.18 
 
 		 77 bp  125  1e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0002  tRNA-Met  97.18 
 
 		 77 bp  125  1e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0002  tRNA-Met  97.18 
 
 		 77 bp  125  1e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.287146 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0045  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000608957  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t56  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189804  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA63  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.779094 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0031  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00169979  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0046  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.918384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0061  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t71  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0872657  hitchhiker  0.00727048 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0005  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.098649 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R19  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000168289  normal  0.0484178 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0064  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0094  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.19946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet01  tRNA-Met  94.59 
 
 		 80 bp  115  1.0000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4588  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236199  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2751  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  4.74519e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52320  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.873423 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1218  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.784527  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0064  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.208195 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0096  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0041  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0831228  normal  0.361197 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0017  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0088  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13960  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00052  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00053  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00057  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0017  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.687744  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0018  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.701161  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0019  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.69794  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3201  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.145985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0021  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3661  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.677335  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0014  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0081  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0699076  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5064  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.133339  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4214  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.426963  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0125  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000166673  hitchhiker  0.000558782 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0145  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000566193  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0107  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0531774  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0101  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.893911  decreased coverage  0.00145589 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2956  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.211186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3183  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3584  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3202  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.148125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2955  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.14009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0083  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0208848  normal  0.0528505 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0042  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000000238456  normal  0.634383 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0082  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0195288  normal  0.0518693 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0080  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0654019  normal  0.0862038 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4700  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00322718  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0091  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0100  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.925668  decreased coverage  0.00140231 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3227  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0186102  normal  0.434912 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0081  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0120643  normal  0.12492 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0112  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0139915  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0034  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0093  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0080  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0693639  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0013  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000085866 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0117  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.214909  hitchhiker  0.0000036975 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0034  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3467  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.139541  normal  0.865403 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0633  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.811273  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0039  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0022  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000159989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0013  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0557998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3185  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2957  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.220059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4276  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000119762  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4213  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.355481  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5066  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.126908  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5065  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.133786  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4696  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4693  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.83874  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0026  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116452  normal  0.378312 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0102  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.872773  hitchhiker  0.00341362 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0099  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.69188  decreased coverage  0.00129939 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0090  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0088  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0282515  hitchhiker  0.000000388022 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0098  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.514232  decreased coverage  0.00128262 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3215  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0108  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0137063  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0092  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0110  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0138501  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3216  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3990  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000448395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3226  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0172509  normal  0.439997 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0082  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0688432  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0052  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00733518  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0020  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0019  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0025  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000322634  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>