More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_t56 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_t56  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189804  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA63  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.779094 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2751  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  4.74519e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5465  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.239722  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0005  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.098649 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet01  tRNA-Met  98.7 
 
 		 80 bp  145  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0094  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.19946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0096  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t71  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0872657  hitchhiker  0.00727048 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60270  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60370  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62790  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0090  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0102  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.872773  hitchhiker  0.00341362 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0108  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0137063  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0093  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0100  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.925668  decreased coverage  0.00140231 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0034  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0107  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0531774  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0092  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0125  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000166673  hitchhiker  0.000558782 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0091  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000136537  hitchhiker  0.00304334 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0145  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000566193  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0112  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0110  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0138501  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0117  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.214909  hitchhiker  0.0000036975 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0171  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000761498  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0083  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0208848  normal  0.0528505 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0002  tRNA-Met  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0005  tRNA-Met  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0017  tRNA-Met  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0002  tRNA-Met  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.287146 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0063  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00314729  hitchhiker  0.000241423 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna063  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0067  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00450958  hitchhiker  0.000893697 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna073  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000472118  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3184  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t022  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0064  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0037637  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0020  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna069  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000397196  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0064  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0091  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2749  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000330212  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R19  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000168289  normal  0.0484178 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2750  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.88112e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0061  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00126758  hitchhiker  0.000243294 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0077  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna067  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000491703  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2747  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177551  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0099  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.69188  decreased coverage  0.00129939 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0080  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0654019  normal  0.0862038 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0040  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000251493  hitchhiker  0.0001025 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0078  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0079  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0041  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000296842  normal  0.054295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0078  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0634809  normal  0.33041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0079  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.060888  normal  0.335766 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0065  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0014321  hitchhiker  0.000837814 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0039  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00627079  hitchhiker  0.0000321051 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0074  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.291778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0075  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.188709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0076  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.195191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0019  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0062  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00124144  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4588  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236199  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna065  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000522671  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0064  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.208195 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna116  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0101  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.893911  decreased coverage  0.00145589 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0098  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.514232  decreased coverage  0.00128262 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0082  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0195288  normal  0.0518693 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0046  tRNA-Met  96.05 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.918384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0061  tRNA-Met  96.05 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03399  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0037  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52320  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.873423 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00108  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00104  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00052  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0017  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.687744  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0018  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.701161  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0019  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.69794  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t029  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4214  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.426963  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0121  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000952956  decreased coverage  0.0000866797 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0042  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000000238456  normal  0.634383 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0052  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00733518  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4696  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0088  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0282515  hitchhiker  0.000000388022 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0633  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.811273  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3227  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0186102  normal  0.434912 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3226  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0172509  normal  0.439997 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4276  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000119762  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4693  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.83874  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5071  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.102189  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4700  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00322718  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0104  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000123497  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0026  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116452  normal  0.378312 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0057  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00956422  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>