100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4140 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4140  plasmid maintenance system killer  100 
 
 		 92 aa  187  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4827  plasmid maintenance system killer  89.13 
 
 		 92 aa  169  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4147  plasmid maintenance system killer  89.13 
 
 		 92 aa  168  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.813098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0020  plasmid maintenance system killer  69.57 
 
 		 92 aa  129  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.184323  normal  0.0200834 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2895  plasmid maintenance system killer  67.39 
 
 		 92 aa  124  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541001 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1668  plasmid maintenance system killer  67.39 
 
 		 92 aa  122  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.856327 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4677  plasmid maintenance system killer  63.44 
 
 		 93 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0978715  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1215  plasmid maintenance system killer  66.67 
 
 		 93 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3199  plasmid maintenance system killer  63.04 
 
 		 92 aa  118  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3186  plasmid maintenance system killer  65.59 
 
 		 93 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0260939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5480  plasmid maintenance system killer  66.67 
 
 		 91 aa  115  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2928  plasmid maintenance system killer  64.52 
 
 		 93 aa  115  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.133815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0044  plasmid maintenance system killer  64.13 
 
 		 92 aa  113  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4132  plasmid maintenance system killer  70 
 
 		 86 aa  112  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0858239  normal  0.0714876 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1386  plasmid maintenance system killer  60.87 
 
 		 92 aa  111  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0534  AAA family ATPase  53.26 
 
 		 112 aa  110  6e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.943308  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1670  plasmid maintenance system killer protein  53.26 
 
 		 105 aa  110  6e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.137882  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0223  plasmid maintenance system killer  60.87 
 
 		 92 aa  110  7.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.642238  normal  0.270748 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1212  plasmid maintenance system killer  59.34 
 
 		 93 aa  110  8.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4191  plasmid maintenance system killer  56.52 
 
 		 92 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0717347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6219  plasmid maintenance system killer  64.52 
 
 		 93 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2973  plasmid maintenance system killer  59.78 
 
 		 92 aa  108  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2020  plasmid maintenance system killer  62.37 
 
 		 93 aa  107  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2880  plasmid maintenance system killer  59.57 
 
 		 93 aa  106  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.474042  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0767  plasmid maintenance system killer  60.22 
 
 		 93 aa  106  1e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27680  Plasmid maintenance system killer protein  59.14 
 
 		 93 aa  105  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2694  plasmid maintenance system killer  59.14 
 
 		 99 aa  105  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1586  killer protein, putative  56.52 
 
 		 92 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.315858 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3242  plasmid maintenance system killer  55.32 
 
 		 94 aa  105  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0554672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03904  plasmid maintenance system killer protein  59.14 
 
 		 93 aa  105  3e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.462774  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0607  plasmid maintenance system killer  55.91 
 
 		 93 aa  103  6e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2851  plasmid maintenance system killer  59.14 
 
 		 93 aa  103  7e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1092  hypothetical protein  54.84 
 
 		 93 aa  102  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0902  hypothetical protein  55.91 
 
 		 199 aa  102  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2941  plasmid maintenance system killer  56.99 
 
 		 94 aa  103  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00442539  hitchhiker  0.00124461 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6420  plasmid maintenance system killer  60.22 
 
 		 95 aa  102  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.953679 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2762  plasmid maintenance system killer  55.43 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1424  plasmid maintenance system killer  56.04 
 
 		 93 aa  101  3e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0416  plasmid maintenance system killer  55.43 
 
 		 92 aa  101  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3425  plasmid maintenance system killer  55.91 
 
 		 105 aa  100  5e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.835038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4028  plasmid maintenance system killer  56.38 
 
 		 94 aa  100  8e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2105  plasmid maintenance system killer  54.84 
 
 		 93 aa  99.8  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3069  plasmid maintenance system killer  52.17 
 
 		 92 aa  100  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.67304  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4369  plasmid maintenance system killer  58.06 
 
 		 94 aa  99.4  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0624655  normal  0.0363881 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3069  plasmid maintenance system killer  54.84 
 
 		 93 aa  98.2  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0213  proteic killer protein, putative  53.26 
 
 		 92 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.359466  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1124  plasmid maintenance system killer  53.76 
 
 		 93 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.178606 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3226  plasmid maintenance system killer  53.76 
 
 		 95 aa  96.3  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.189579 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2030  plasmid maintenance system killer  51.55 
 
 		 97 aa  93.6  8e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1061  plasmid maintenance system killer  49.46 
 
 		 93 aa  93.6  9e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000720973 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3936  plasmid maintenance system killer  50.54 
 
 		 93 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.108034 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1106  plasmid maintenance system killer  47.31 
 
 		 95 aa  89.7  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.458841  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4917  plasmid maintenance system killer  49.46 
 
 		 93 aa  89.7  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.131575 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1907  plasmid maintenance system killer  50.54 
 
 		 93 aa  87.8  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000193605  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0413  plasmid maintenance system killer  49.46 
 
 		 93 aa  87.4  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4755  plasmid maintenance system killer  58.9 
 
 		 76 aa  87.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1488  hypothetical protein  49.46 
 
 		 93 aa  84.7  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.0000000000000964732  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0643  hypothetical protein  44.09 
 
 		 94 aa  83.2  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000000101357  normal  0.456148 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3615  plasmid maintenance system killer  55.32 
 
 		 94 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.443505  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1376  plasmid maintenance system killer  46.81 
 
 		 93 aa  81.6  0.000000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0273  plasmid maintenance system killer  48.39 
 
 		 95 aa  80.9  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2763  plasmid maintenance system killer  46.24 
 
 		 95 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.686339  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2830  plasmid maintenance system killer  45.16 
 
 		 95 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4763  plasmid maintenance system killer  42.39 
 
 		 94 aa  73.9  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.561409 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0930  putative killer protein  43.53 
 
 		 117 aa  67.4  0.00000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0275  plasmid maintenance system killer  43.75 
 
 		 98 aa  62  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.292531  normal  0.0660179 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2650  plasmid maintenance system killer  43.75 
 
 		 98 aa  62  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.839642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0673  plasmid maintenance system killer protein  60.42 
 
 		 91 aa  61.2  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.139891  normal  0.666282 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1257  plasmid maintenance system killer  44.05 
 
 		 98 aa  60.1  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0146502 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0833  plasmid maintenance system killer  37.78 
 
 		 98 aa  60.1  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.463339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0438  plasmid maintenance system killer  36.56 
 
 		 92 aa  60.1  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.275617  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1064  plasmid maintenance system killer  41.67 
 
 		 98 aa  57.4  0.00000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3184  plasmid maintenance system killer  44.26 
 
 		 104 aa  55.5  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0349858  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4313  plasmid maintenance system killer  41.54 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0570  plasmid maintenance system killer  35.11 
 
 		 92 aa  51.6  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3242  plasmid maintenance system killer  33.33 
 
 		 92 aa  50.4  0.000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0235263  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1124  plasmid maintenance system killer  42.42 
 
 		 92 aa  50.4  0.000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000991255  normal  0.581141 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4499  plasmid maintenance system killer  29.67 
 
 		 111 aa  49.7  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.538782 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2424  plasmid maintenance system killer  39.06 
 
 		 96 aa  48.9  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4450  plasmid maintenance system killer  34.41 
 
 		 92 aa  48.9  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2890  plasmid maintenance system killer  31.91 
 
 		 92 aa  48.5  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320919  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0423  proteic killer protein, putative  34.02 
 
 		 92 aa  48.1  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5381  plasmid maintenance system killer  33.33 
 
 		 101 aa  47.4  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0821109  hitchhiker  0.0023513 
 
 
-
 
NC_008320  Shewmr7_4041  plasmid maintenance system killer  31.18 
 
 		 101 aa  47.4  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3169  plasmid maintenance system killer  32.98 
 
 		 98 aa  47.4  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0238227  unclonable  0.0000000000000109044 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1591  plasmid maintenance system killer  29.03 
 
 		 92 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0593652  normal  0.994697 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0022  plasmid maintenance system toxin protein HigB  28.26 
 
 		 101 aa  45.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00990261  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0432  hypothetical protein  45.45 
 
 		 62 aa  44.7  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.160782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3764  plasmid maintenance system killer  37.7 
 
 		 61 aa  44.7  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0088  plasmid maintenance system killer protein  29.03 
 
 		 91 aa  44.7  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.167827  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0090  plasmid maintenance system killer  29.03 
 
 		 91 aa  44.7  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1454  plasmid maintenance system killer  32.29 
 
 		 114 aa  44.3  0.0005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.046849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3644  plasmid maintenance system killer  37.88 
 
 		 108 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.018062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2183  plasmid maintenance system killer  30.85 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.454111  unclonable  0.000000258126 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3084  plasmid maintenance system killer  31.18 
 
 		 92 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2470  plasmid maintenance system killer  31.18 
 
 		 92 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1485  plasmid maintenance system killer  30.85 
 
 		 96 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6999  plasmid maintenance system killer  28.72 
 
 		 94 aa  41.6  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.17446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2429  plasmid maintenance system killer  32.63 
 
 		 94 aa  40.8  0.006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.110388  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2424  plasmid maintenance system killer  33.33 
 
 		 95 aa  40.4  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.228875  normal  0.182498 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>