183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_1580 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_1580  transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 		 79 aa  162  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.27681  normal  0.75131 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1876  Fis family transcriptional regulator  93.67 
 
 		 79 aa  155  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.314718  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1131  DNA-binding protein Fis  63.29 
 
 		 78 aa  111  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0142717  normal  0.3347 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3359  Fis family transcriptional regulator  59.74 
 
 		 78 aa  104  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.304526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1581  helix-turn-helix, Fis-type  59.46 
 
 		 78 aa  103  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0488508  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4631  transcriptional regulator, Fis family  58.23 
 
 		 78 aa  101  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2357  DNA-binding protein Fis  57.89 
 
 		 77 aa  100  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3402  DNA-binding protein Fis  57.89 
 
 		 77 aa  100  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.392586  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1251  DNA-binding protein Fis  57.89 
 
 		 77 aa  100  6e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0271  DNA-binding protein Fis  57.89 
 
 		 77 aa  100  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1132  DNA-binding protein Fis  57.89 
 
 		 77 aa  100  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.422696  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3361  DNA-binding protein Fis  57.89 
 
 		 77 aa  100  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3397  DNA-binding protein Fis  57.89 
 
 		 77 aa  100  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2537  DNA-binding protein Fis  57.89 
 
 		 77 aa  100  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.933871  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0895  DNA-binding protein Fis  57.69 
 
 		 77 aa  99.4  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359401 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2908  transcriptional regulator, Fis family  55.26 
 
 		 77 aa  99  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3585  DNA-binding protein Fis  55.26 
 
 		 77 aa  99  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.528517 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3026  Fis family transcriptional regulator  58.97 
 
 		 77 aa  99.4  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.91364  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2692  DNA-binding protein Fis  56.58 
 
 		 77 aa  96.3  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.460347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0659  DNA-binding protein Fis  56.58 
 
 		 77 aa  94.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3778  DNA-binding protein Fis  56.58 
 
 		 77 aa  94.7  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.581629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0611  DNA-binding protein Fis  56.58 
 
 		 77 aa  94.7  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0585  DNA-binding protein Fis  56.58 
 
 		 77 aa  94.7  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312798  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0692  DNA-binding protein Fis  56.58 
 
 		 77 aa  94.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0505  DNA-binding protein Fis  55.26 
 
 		 77 aa  94  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.173867 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2552  DNA-binding protein Fis  55.26 
 
 		 77 aa  93.2  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0428  DNA-binding protein Fis  55.26 
 
 		 77 aa  92.8  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185351  normal  0.0821268 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0396  DNA-binding protein Fis  52.63 
 
 		 77 aa  91.3  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.470753 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0381  DNA-binding protein Fis  52.63 
 
 		 77 aa  91.3  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0488  DNA-binding protein Fis  55.26 
 
 		 77 aa  90.5  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485897  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0533  Fis family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 78 aa  88.2  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0620  DNA-binding protein Fis  52.63 
 
 		 77 aa  87  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3340  DNA-binding protein Fis  52.63 
 
 		 77 aa  87  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0316477 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3666  helix-turn-helix, Fis-type  53.95 
 
 		 77 aa  86.7  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2457  DNA-binding protein Fis  46.75 
 
 		 79 aa  81.6  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0132  Fis family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 80 aa  79.7  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.443313  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1444  transcriptional regulator, Fis family  44.87 
 
 		 78 aa  79  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0807  methyltransferase  48.61 
 
 		 105 aa  76.6  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.792311  normal  0.964026 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0440  Fis family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 87 aa  73.9  0.0000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0350  helix-turn-helix, Fis-type  44.16 
 
 		 78 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.242968 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1692  transcriptional regulator, Fis family  44.59 
 
 		 106 aa  74.3  0.0000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0564  DNA-binding protein Fis  45.33 
 
 		 98 aa  71.6  0.000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000303285  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2839  DNA-binding protein Fis  41.67 
 
 		 98 aa  72  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00104382  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1049  helix-turn-helix, Fis-type  38.89 
 
 		 108 aa  70.9  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.025247  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3216  factor-for-inversion stimulation protein  37.33 
 
 		 99 aa  70.5  0.000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.563932 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06900  DNA-binding protein Fis  44.44 
 
 		 92 aa  70.9  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291506  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0362  Factor for inversion stimulation Fis transcriptional activator-like protein  44.78 
 
 		 86 aa  69.7  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0606  hypothetical protein  44.93 
 
 		 93 aa  68.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0587  hypothetical protein  44.93 
 
 		 93 aa  68.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0452  DNA-binding protein Fis  41.67 
 
 		 98 aa  68.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00171751  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0240  DNA-binding protein Fis  41.67 
 
 		 98 aa  68.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1212  DNA-binding protein Fis  41.67 
 
 		 98 aa  68.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000114022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0385  DNA-binding protein Fis  41.67 
 
 		 98 aa  68.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000156928  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0236  DNA-binding protein Fis  41.67 
 
 		 98 aa  68.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3700  DNA-binding protein Fis  41.67 
 
 		 98 aa  68.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.277381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2288  DNA-binding protein Fis  44.44 
 
 		 99 aa  68.2  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64190  DNA-binding protein Fis  45.71 
 
 		 107 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.575657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3449  DNA-binding protein Fis  40.79 
 
 		 105 aa  67.4  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5573  DNA-binding protein Fis  44.44 
 
 		 92 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03119  DNA-binding protein Fis  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.960788  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0445  transcriptional regulator, Fis family  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000448137  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3644  DNA-binding protein Fis  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000139973  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3577  DNA-binding protein Fis  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000302327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3683  DNA-binding protein Fis  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0136489  normal  0.0959098 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03070  hypothetical protein  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.927386  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3454  DNA-binding protein Fis  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000419998  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4424  DNA-binding protein Fis  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000030855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3556  DNA-binding protein Fis  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000502952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3746  DNA-binding protein Fis  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000657586  normal  0.0919555 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3689  DNA-binding protein Fis  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.833097  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3746  DNA-binding protein Fis  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336204  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3649  DNA-binding protein Fis  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000862266  hitchhiker  0.00112277 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3576  DNA-binding protein Fis  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000234977  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0445  DNA-binding protein Fis  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0195493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4578  DNA-binding protein Fis  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000179664  normal  0.144868 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3847  DNA-binding protein Fis  40.28 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0620041  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002193  NA-binding protein Fis  38.89 
 
 		 98 aa  66.6  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000234513  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00175  DNA-binding protein Fis  38.89 
 
 		 98 aa  66.6  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0444  DNA-binding protein Fis  40.91 
 
 		 101 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000879292  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0709  DNA-binding protein Fis  44.93 
 
 		 106 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2685  DNA-binding protein Fis  38.89 
 
 		 98 aa  66.6  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000430069  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4821  DNA-binding protein Fis  41.67 
 
 		 106 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4865  DNA-binding protein Fis  43.48 
 
 		 104 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4405  DNA-binding protein Fis  43.48 
 
 		 106 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.435019  normal  0.32074 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4874  DNA-binding protein Fis  41.67 
 
 		 106 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0614  DNA-binding protein Fis  43.48 
 
 		 106 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.233329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4611  DNA-binding protein Fis  41.67 
 
 		 106 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0728399 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4696  DNA-binding protein Fis  41.67 
 
 		 106 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2986  Fis family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 92 aa  65.9  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.48198  normal  0.671842 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0444  DNA-binding protein Fis  42.25 
 
 		 97 aa  65.5  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  3.35134e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1742  DNA-binding protein fis  42.25 
 
 		 103 aa  65.1  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000872165  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0453  DNA-binding protein Fis  38.03 
 
 		 101 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000115893  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2001  Fis family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 98 aa  65.1  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0124227  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0551  DNA-binding protein Fis  39.47 
 
 		 95 aa  62.8  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000274853  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0976  DNA-binding protein Fis  42.86 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.899892  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0399  DNA-binding protein Fis  39.39 
 
 		 101 aa  62.8  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000548322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3626  DNA-binding protein Fis  39.39 
 
 		 101 aa  62.8  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000770874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3444  DNA-binding protein Fis  39.39 
 
 		 101 aa  62.8  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000237812  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3888  DNA-binding protein Fis  39.39 
 
 		 101 aa  62.8  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000764987  hitchhiker  0.00000933186 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3965  DNA-binding protein Fis  39.39 
 
 		 101 aa  62.8  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371172  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>