204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0381 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0381  DNA-binding protein Fis  100 
 
 		 77 aa  160  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0396  DNA-binding protein Fis  100 
 
 		 77 aa  160  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.470753 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0505  DNA-binding protein Fis  96.1 
 
 		 77 aa  155  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.173867 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0428  DNA-binding protein Fis  76.62 
 
 		 77 aa  125  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185351  normal  0.0821268 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0488  DNA-binding protein Fis  75.32 
 
 		 77 aa  123  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485897  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2357  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  120  7e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3402  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  120  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.392586  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1251  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  120  7e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0271  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  120  7e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1132  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  120  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.422696  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3361  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  120  7e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3397  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  120  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2537  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  120  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.933871  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2692  DNA-binding protein Fis  66.23 
 
 		 77 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.460347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2552  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3778  DNA-binding protein Fis  64.94 
 
 		 77 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.581629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0585  DNA-binding protein Fis  64.94 
 
 		 77 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312798  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0692  DNA-binding protein Fis  64.94 
 
 		 77 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0659  DNA-binding protein Fis  64.94 
 
 		 77 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0611  DNA-binding protein Fis  64.94 
 
 		 77 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0620  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3340  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0316477 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2908  transcriptional regulator, Fis family  63.64 
 
 		 77 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3585  DNA-binding protein Fis  63.64 
 
 		 77 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.528517 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1131  DNA-binding protein Fis  57.14 
 
 		 78 aa  101  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0142717  normal  0.3347 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3359  Fis family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 78 aa  101  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.304526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3026  Fis family transcriptional regulator  55.84 
 
 		 77 aa  101  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.91364  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3666  helix-turn-helix, Fis-type  55.84 
 
 		 77 aa  100  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0895  DNA-binding protein Fis  58.44 
 
 		 77 aa  100  7e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359401 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0533  Fis family transcriptional regulator  59.74 
 
 		 78 aa  100  9e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4631  transcriptional regulator, Fis family  54.55 
 
 		 78 aa  96.7  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1581  helix-turn-helix, Fis-type  57.14 
 
 		 78 aa  96.3  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0488508  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0350  helix-turn-helix, Fis-type  58.67 
 
 		 78 aa  96.3  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.242968 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2457  DNA-binding protein Fis  53.95 
 
 		 79 aa  95.5  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1692  transcriptional regulator, Fis family  56.76 
 
 		 106 aa  92  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1580  transcriptional regulator, Fis family  52.63 
 
 		 79 aa  91.3  4e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.27681  normal  0.75131 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0132  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 		 80 aa  90.9  5e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.443313  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1876  Fis family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 79 aa  87  7e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.314718  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1049  helix-turn-helix, Fis-type  46.58 
 
 		 108 aa  86.3  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.025247  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1444  transcriptional regulator, Fis family  51.28 
 
 		 78 aa  85.1  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0807  methyltransferase  50.72 
 
 		 105 aa  84.3  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.792311  normal  0.964026 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2001  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 		 98 aa  82  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0124227  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0362  Factor for inversion stimulation Fis transcriptional activator-like protein  50.75 
 
 		 86 aa  81.6  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2247  transcriptional regulator, Fis family  51.47 
 
 		 110 aa  79.3  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.817534  normal  0.20884 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3216  factor-for-inversion stimulation protein  39.47 
 
 		 99 aa  78.6  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.563932 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1623  Fis family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 113 aa  77  0.00000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000554407  unclonable  0.000000000296435 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2288  DNA-binding protein Fis  49.33 
 
 		 99 aa  76.6  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03938  Factor for inversion stimulation Fis, transcriptional activator  44 
 
 		 97 aa  75.9  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.102768  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00175  DNA-binding protein Fis  39.47 
 
 		 98 aa  75.5  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002193  NA-binding protein Fis  39.47 
 
 		 98 aa  75.5  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000234513  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1742  DNA-binding protein fis  53.97 
 
 		 103 aa  75.5  0.0000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000872165  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3449  DNA-binding protein Fis  47.95 
 
 		 105 aa  75.9  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2685  DNA-binding protein Fis  39.47 
 
 		 98 aa  75.5  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000430069  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06900  DNA-binding protein Fis  44 
 
 		 92 aa  75.1  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291506  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0452  DNA-binding protein Fis  39.47 
 
 		 98 aa  74.7  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00171751  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0440  Fis family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 87 aa  75.1  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0385  DNA-binding protein Fis  39.47 
 
 		 98 aa  74.7  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000156928  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0236  DNA-binding protein Fis  39.47 
 
 		 98 aa  75.1  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1212  DNA-binding protein Fis  39.47 
 
 		 98 aa  74.7  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000114022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0240  DNA-binding protein Fis  39.47 
 
 		 98 aa  75.1  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3700  DNA-binding protein Fis  39.47 
 
 		 98 aa  75.1  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.277381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0444  DNA-binding protein Fis  53.97 
 
 		 97 aa  75.5  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  3.35134e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0444  DNA-binding protein Fis  43.24 
 
 		 101 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000879292  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03119  DNA-binding protein Fis  38.16 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.960788  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0445  transcriptional regulator, Fis family  38.16 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000448137  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3683  DNA-binding protein Fis  38.16 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0136489  normal  0.0959098 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3577  DNA-binding protein Fis  38.16 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000302327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3576  DNA-binding protein Fis  38.16 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000234977  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4578  DNA-binding protein Fis  38.16 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000179664  normal  0.144868 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3556  DNA-binding protein Fis  38.16 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000502952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3644  DNA-binding protein Fis  38.16 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000139973  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3746  DNA-binding protein Fis  38.16 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000657586  normal  0.0919555 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3454  DNA-binding protein Fis  38.16 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000419998  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3847  DNA-binding protein Fis  38.16 
 
 		 98 aa  73.6  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0620041  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4424  DNA-binding protein Fis  38.16 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000030855  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03070  hypothetical protein  38.16 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.927386  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3649  DNA-binding protein Fis  38.16 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000862266  hitchhiker  0.00112277 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3689  DNA-binding protein Fis  38.16 
 
 		 98 aa  73.6  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.833097  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3746  DNA-binding protein Fis  38.16 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336204  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0445  DNA-binding protein Fis  38.16 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0195493  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1746  DNA-binding protein Fis  46.27 
 
 		 96 aa  72  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0453  DNA-binding protein Fis  43.24 
 
 		 101 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000115893  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2986  Fis family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 92 aa  72.8  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.48198  normal  0.671842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4821  DNA-binding protein Fis  43.24 
 
 		 106 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4874  DNA-binding protein Fis  43.24 
 
 		 106 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0393  DNA-binding protein Fis  41.89 
 
 		 101 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4865  DNA-binding protein Fis  41.33 
 
 		 104 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4405  DNA-binding protein Fis  41.33 
 
 		 106 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.435019  normal  0.32074 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3965  DNA-binding protein Fis  41.89 
 
 		 101 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371172  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0614  DNA-binding protein Fis  41.33 
 
 		 106 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.233329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4611  DNA-binding protein Fis  43.24 
 
 		 106 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0728399 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0564  DNA-binding protein Fis  38.16 
 
 		 98 aa  71.6  0.000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000303285  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0399  DNA-binding protein Fis  41.89 
 
 		 101 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000548322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3626  DNA-binding protein Fis  41.89 
 
 		 101 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000770874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4081  DNA-binding protein Fis  41.89 
 
 		 101 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000177754  decreased coverage  0.00423151 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4696  DNA-binding protein Fis  43.24 
 
 		 106 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3888  DNA-binding protein Fis  41.89 
 
 		 101 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000764987  hitchhiker  0.00000933186 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0398  DNA-binding protein Fis  41.89 
 
 		 101 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000307765  normal  0.122976 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3940  DNA-binding protein Fis  41.89 
 
 		 101 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000468253  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3444  DNA-binding protein Fis  41.89 
 
 		 101 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000237812  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>