186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_3585 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_2908  transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 		 77 aa  160  8.000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3585  DNA-binding protein Fis  100 
 
 		 77 aa  160  8.000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.528517 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0895  DNA-binding protein Fis  92.21 
 
 		 77 aa  149  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.359401 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3026  Fis family transcriptional regulator  84.42 
 
 		 77 aa  140  7e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.91364  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3359  Fis family transcriptional regulator  79.22 
 
 		 78 aa  133  6.0000000000000005e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.304526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1131  DNA-binding protein Fis  79.22 
 
 		 78 aa  132  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0142717  normal  0.3347 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4631  transcriptional regulator, Fis family  72.73 
 
 		 78 aa  121  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1581  helix-turn-helix, Fis-type  70.13 
 
 		 78 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0488508  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2357  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3402  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.392586  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1251  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0271  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1132  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.422696  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3361  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3397  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2537  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.933871  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0396  DNA-binding protein Fis  63.64 
 
 		 77 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.470753 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0381  DNA-binding protein Fis  63.64 
 
 		 77 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0505  DNA-binding protein Fis  64.94 
 
 		 77 aa  107  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.173867 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2552  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2692  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  107  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.460347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3778  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  107  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.581629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0659  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  107  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0585  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  107  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312798  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0692  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  107  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0611  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  107  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0620  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  106  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0428  DNA-binding protein Fis  63.64 
 
 		 77 aa  106  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185351  normal  0.0821268 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3340  DNA-binding protein Fis  67.53 
 
 		 77 aa  106  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0316477 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0533  Fis family transcriptional regulator  61.04 
 
 		 78 aa  103  6e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0488  DNA-binding protein Fis  63.64 
 
 		 77 aa  102  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485897  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3666  helix-turn-helix, Fis-type  61.04 
 
 		 77 aa  102  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1580  transcriptional regulator, Fis family  55.26 
 
 		 79 aa  99  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.27681  normal  0.75131 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1876  Fis family transcriptional regulator  55.26 
 
 		 79 aa  98.2  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.314718  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2457  DNA-binding protein Fis  60.27 
 
 		 79 aa  93.2  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0350  helix-turn-helix, Fis-type  57.33 
 
 		 78 aa  92.8  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.242968 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0132  Fis family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 80 aa  91.7  3e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.443313  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1444  transcriptional regulator, Fis family  55.13 
 
 		 78 aa  86.7  9e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0362  Factor for inversion stimulation Fis transcriptional activator-like protein  55.22 
 
 		 86 aa  81.3  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1692  transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 		 106 aa  80.9  0.000000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2288  DNA-binding protein Fis  54.67 
 
 		 99 aa  77  0.00000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0440  Fis family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 87 aa  75.5  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0807  methyltransferase  49.32 
 
 		 105 aa  75.1  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.792311  normal  0.964026 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1742  DNA-binding protein fis  49.32 
 
 		 103 aa  73.6  0.0000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000872165  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0444  DNA-binding protein Fis  49.32 
 
 		 97 aa  73.6  0.0000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  3.35134e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1049  helix-turn-helix, Fis-type  42.25 
 
 		 108 aa  73.6  0.0000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.025247  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2001  Fis family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0124227  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64190  DNA-binding protein Fis  52.94 
 
 		 107 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.575657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5573  DNA-binding protein Fis  52.94 
 
 		 92 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0610  helix-turn-helix, Fis-type  46.48 
 
 		 95 aa  70.9  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0780111  hitchhiker  0.0000000130599 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0709  DNA-binding protein Fis  50.72 
 
 		 106 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4821  DNA-binding protein Fis  48.61 
 
 		 106 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4874  DNA-binding protein Fis  48.61 
 
 		 106 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4696  DNA-binding protein Fis  48.61 
 
 		 106 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4611  DNA-binding protein Fis  48.61 
 
 		 106 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0728399 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3216  factor-for-inversion stimulation protein  39.47 
 
 		 99 aa  70.1  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.563932 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4865  DNA-binding protein Fis  49.28 
 
 		 104 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4405  DNA-binding protein Fis  49.28 
 
 		 106 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.435019  normal  0.32074 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0614  DNA-binding protein Fis  49.28 
 
 		 106 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.233329  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06900  DNA-binding protein Fis  47.22 
 
 		 92 aa  68.6  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291506  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2986  Fis family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 92 aa  68.6  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.48198  normal  0.671842 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0444  DNA-binding protein Fis  44.12 
 
 		 101 aa  67.8  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000879292  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0247  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  55.38 
 
 		 485 aa  67.8  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.898521  normal  0.0558214 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0393  DNA-binding protein Fis  44.12 
 
 		 101 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4119  DNA-binding protein Fis  42.65 
 
 		 101 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000216214  hitchhiker  0.000721764 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3888  DNA-binding protein Fis  44.12 
 
 		 101 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000764987  hitchhiker  0.00000933186 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4081  DNA-binding protein Fis  44.12 
 
 		 101 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000177754  decreased coverage  0.00423151 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0399  DNA-binding protein Fis  44.12 
 
 		 101 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000548322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3626  DNA-binding protein Fis  44.12 
 
 		 101 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000770874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0504  DNA-binding protein Fis  42.65 
 
 		 101 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000000783095  normal  0.0371482 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0398  DNA-binding protein Fis  44.12 
 
 		 101 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000307765  normal  0.122976 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3940  DNA-binding protein Fis  44.12 
 
 		 101 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000468253  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3444  DNA-binding protein Fis  44.12 
 
 		 101 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000237812  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1623  Fis family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 113 aa  67.8  0.00000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000554407  unclonable  0.000000000296435 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2247  transcriptional regulator, Fis family  47.22 
 
 		 110 aa  67.8  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.817534  normal  0.20884 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3965  DNA-binding protein Fis  44.12 
 
 		 101 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371172  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0389  DNA-binding protein Fis  42.65 
 
 		 101 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000131756  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02996  DNA-binding protein Fis  44.59 
 
 		 90 aa  67  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3654  DNA-binding protein Fis  45.33 
 
 		 91 aa  66.6  0.00000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.747807 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0453  DNA-binding protein Fis  44.12 
 
 		 101 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000115893  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4129  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 		 485 aa  66.2  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3226  DNA-binding protein Fis  44.12 
 
 		 101 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000444169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3449  DNA-binding protein Fis  47.22 
 
 		 105 aa  65.9  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0329  DNA-binding protein Fis  42.65 
 
 		 101 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000805159  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03119  DNA-binding protein Fis  43.94 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.960788  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0445  transcriptional regulator, Fis family  43.94 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000448137  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3576  DNA-binding protein Fis  43.94 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000234977  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3649  DNA-binding protein Fis  43.94 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000862266  hitchhiker  0.00112277 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3683  DNA-binding protein Fis  43.94 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0136489  normal  0.0959098 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3454  DNA-binding protein Fis  43.94 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000419998  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3746  DNA-binding protein Fis  43.94 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336204  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3847  DNA-binding protein Fis  43.94 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0620041  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0236  DNA-binding protein Fis  43.94 
 
 		 98 aa  65.1  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4424  DNA-binding protein Fis  43.94 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000030855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3556  DNA-binding protein Fis  43.94 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000502952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0445  DNA-binding protein Fis  43.94 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0195493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3746  DNA-binding protein Fis  43.94 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000657586  normal  0.0919555 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3644  DNA-binding protein Fis  43.94 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000139973  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03070  hypothetical protein  43.94 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.927386  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4578  DNA-binding protein Fis  43.94 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000179664  normal  0.144868 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>