195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0053 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0053  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  141  1.9999999999999998e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3852  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0011  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4211  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0031  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0033  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00054  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.627251  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0016  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0079  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.926442  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0051  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.637651  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0066  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3271  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA61  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5067  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4697  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00274412  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4154  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0729117 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0073  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.423139  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3267  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3205  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.582072 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3192  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0020  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00132609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2997  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.252272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0018  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.268435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0017  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.77032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0023  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.333471 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0128  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0040  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3531  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0035  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.987391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3372  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.564657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0078  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t25  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.532363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4305  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0069  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.448955  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0049  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0030  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0538391 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0091  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0007  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0009  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256172  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0023  tRNA-Gly  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0053  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0035  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.812042  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0022  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0012  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.286348 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0010  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0087  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0256242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1135  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276183  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1005  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000280162  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0011  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  2.9187400000000002e-24  normal  0.0779261 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0006  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.328073  hitchhiker  0.00695117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0002    85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462188  normal  0.531526 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0308  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0002  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0014  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0073  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0022  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0024  tRNA-Gly  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0058  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0003  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA7  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151828 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0038  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0003  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0025  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0712704 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0009  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.365276  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05586  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000136136  normal  0.200305 
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0071  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000687699  normal  0.228297 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0004  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.017851 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3796  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000000939303  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0021  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0049  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.323662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0019  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0010  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137284  normal  0.0116313 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0078  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0058  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0060  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000611366  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0013  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000179187  normal  0.143307 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0058  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136383  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0004  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.50659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3188  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000469441  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1904  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000012603  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0032  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.274432  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3764  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000188016  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3826  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.216257  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3459  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000712395  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0004  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0263126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0062  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0121694  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>