32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_2868 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2868  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 		 160 aa  327  4e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1462  cold-shock DNA-binding domain protein  89.38 
 
 		 160 aa  298  3e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.71 
 
 		 161 aa  286  9e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1182  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.78 
 
 		 163 aa  214  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3032  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.33 
 
 		 159 aa  210  7.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0731072  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2959  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.33 
 
 		 160 aa  210  7.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.248983  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.33 
 
 		 159 aa  209  9e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.2054  normal  0.111981 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5582  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 193 aa  48.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.38 
 
 		 305 aa  45.4  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04812  hypothetical protein  42.37 
 
 		 61 aa  45.1  0.0005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.88 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.88 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.67 
 
 		 66 aa  43.1  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.199562  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08241  cold-shock DNA-binding domain protein  40.32 
 
 		 64 aa  42.7  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 66 aa  42.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.11 
 
 		 66 aa  42.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 69 aa  42.4  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.07 
 
 		 69 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  36.07 
 
 		 69 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3009  cold-shock DNA-binding domain protein  39.68 
 
 		 66 aa  41.6  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000338094  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0191  cold-shock domain-contain protein  39.68 
 
 		 66 aa  41.6  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 66 aa  41.2  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0237  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.39 
 
 		 66 aa  41.6  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692047  hitchhiker  0.0000000000000296416 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.36 
 
 		 66 aa  41.6  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  36.36 
 
 		 66 aa  41.6  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.88 
 
 		 70 aa  41.2  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1391  cold-shock DNA-binding domain protein  40.91 
 
 		 66 aa  40.8  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000857842  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  39.53 
 
 		 204 aa  40.8  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2891  cold-shock DNA-binding domain protein  40.91 
 
 		 66 aa  40.4  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.87323e-28 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.94 
 
 		 69 aa  40.4  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  35.94 
 
 		 69 aa  40.4  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  35.94 
 
 		 69 aa  40.4  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>