64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3157 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3157  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  100 
 
 		 205 aa  414  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.660843  normal  0.490567 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3350  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  94.12 
 
 		 205 aa  390  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.579719 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1546  ORF-3 family protein  76.12 
 
 		 205 aa  319  1.9999999999999998e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0403553 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4882  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  55.39 
 
 		 207 aa  226  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3332  hypothetical protein  49.74 
 
 		 219 aa  175  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7311  hypothetical protein  49.74 
 
 		 219 aa  175  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0270  hypothetical protein  49.74 
 
 		 219 aa  175  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1473  hypothetical protein  49.74 
 
 		 224 aa  175  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0966536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7408  hypothetical protein  49.74 
 
 		 219 aa  175  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7710  hypothetical protein  49.74 
 
 		 219 aa  175  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0533799 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1544  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  43.26 
 
 		 390 aa  161  6e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.170767 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1501  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  46.7 
 
 		 181 aa  154  1e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.124418  hitchhiker  0.00011346 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7639  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  47.22 
 
 		 198 aa  153  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.836556 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1556  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  45.36 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.568333 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4524  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  43.75 
 
 		 192 aa  145  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2928  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  40 
 
 		 197 aa  134  6.0000000000000005e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0186  hypothetical protein  43.09 
 
 		 200 aa  132  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1222  hypothetical protein  43.09 
 
 		 200 aa  132  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5534  plasmid pRiA4b ORF-3-like  39.31 
 
 		 196 aa  131  9e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0745  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  43.35 
 
 		 211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1096  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  40.74 
 
 		 467 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2989  plasmid pRiA4b ORF-3-like  44.2 
 
 		 198 aa  129  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.176424  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0736  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  40.2 
 
 		 200 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1350  hypothetical protein  37.21 
 
 		 188 aa  126  3e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0718153  normal  0.422526 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3702  hypothetical protein  43.6 
 
 		 200 aa  125  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1348  hypothetical protein  37.22 
 
 		 189 aa  125  5e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.244032  normal  0.420719 
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4396  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  43.6 
 
 		 200 aa  125  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6856  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  42.22 
 
 		 198 aa  123  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424573  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1895  hypothetical protein  40.51 
 
 		 198 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.138614  normal  0.862724 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04841  hypothetical protein  40 
 
 		 196 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2272  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  36.45 
 
 		 383 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6615  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  42.77 
 
 		 561 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0351  hypothetical protein  36.72 
 
 		 200 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4606  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  40.11 
 
 		 205 aa  115  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0299276  normal  0.248208 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1921  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  35.87 
 
 		 196 aa  111  8.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3209  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  35.98 
 
 		 236 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000122349  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3347  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  35.98 
 
 		 236 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1894  YgfB and YecA  35.68 
 
 		 432 aa  109  3e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00737905  normal  0.979127 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0224  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  36.84 
 
 		 482 aa  103  1e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1868  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  36.84 
 
 		 482 aa  103  1e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3014  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  36.84 
 
 		 482 aa  103  1e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3229  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  36.84 
 
 		 482 aa  103  1e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4625  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  34.42 
 
 		 464 aa  103  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3173  hypothetical protein  37.5 
 
 		 237 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158168  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5922  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  52.43 
 
 		 114 aa  99  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1826  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  42.86 
 
 		 233 aa  98.2  8e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5189  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  41.78 
 
 		 189 aa  92.8  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0165882  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5433  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  35.37 
 
 		 231 aa  92.8  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4604  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  31.6 
 
 		 220 aa  89.4  4e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1606  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  37.01 
 
 		 476 aa  82.4  0.000000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.77483  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5199  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  33.76 
 
 		 471 aa  82  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2027  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  39.42 
 
 		 522 aa  81.6  0.000000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000415443  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0009  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  37.16 
 
 		 472 aa  80.9  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1138  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  34.19 
 
 		 442 aa  80.1  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3019  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  25.35 
 
 		 230 aa  79.3  0.00000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2884  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  39.01 
 
 		 521 aa  79  0.00000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4094  hypothetical protein  30.9 
 
 		 180 aa  76.3  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0548  hypothetical protein  30.94 
 
 		 212 aa  71.2  0.00000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4150  hypothetical protein  34.59 
 
 		 221 aa  68.2  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.038459  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6051  hypothetical protein  37.29 
 
 		 280 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0803  hypothetical protein  46.55 
 
 		 61 aa  57.4  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1536  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  32.84 
 
 		 512 aa  57  0.0000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1254  hypothetical protein  25.39 
 
 		 209 aa  53.9  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1082  hypothetical protein  79.17 
 
 		 92 aa  43.9  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>