297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0004 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0002  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.9841800000000004e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0004  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.0060400000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 78 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00679153  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0038  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000513604  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0043  tRNA-Glu  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  7.66398e-18  hitchhiker  0.000611065 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0053  tRNA-Glu  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.646689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0026  tRNA-Glu  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.307498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0045  tRNA-Glu  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000328054  normal  0.0346347 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0055  tRNA-Glu  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.380229  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0045  tRNA-Glu  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0333401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0026  tRNA-Glu  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.062518  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0032  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.362082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2128  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 78 bp  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.223155  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0052  tRNA-Glu  91.03 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt26  tRNA-Glu  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt27  tRNA-Glu  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt26  tRNA-Glu  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt27  tRNA-Glu  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0038  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0222693  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0058  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0015  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000362214  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0015  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.679180000000001e-28 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0030  tRNA-Glu  91.03 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0009  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.39439  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0068  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0052  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393318  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0046  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118448  normal  0.0335348 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0049  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000939786  normal  0.015549 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0054  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000364712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0055  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537124  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0013  tRNA-Glu  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.330262 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0030  tRNA-Glu  88.46 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.454772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0023  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0012  tRNA-Glu  88.46 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.188086  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0011  tRNA-Glu  88.46 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0022  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.777286  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0022  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0038  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.012292  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0059  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000917431  normal  0.553022 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0055  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101693  normal  0.730333 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0035  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000448273  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0034  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00458122  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0037  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000193498  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0036  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000110474  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0045  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0057  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000756674  normal  0.548722 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0002  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0220588  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01850  tRNA-Glu  92.06 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0086  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.138064  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0066  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0228326  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0016  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000647027  hitchhiker  0.00000106632 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0001  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0034  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.224261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu01  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.484379  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu02  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu03  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0037  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0115757  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0047  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.374148  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0050  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.517089  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0044  tRNA-Glu  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0102  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2009  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0186  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0044  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369113  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0082  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000277046  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0106  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00248374  normal  0.1959 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0081  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000920417  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2828  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.000743233  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2829  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.000126927  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2830  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.000136674  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2831  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.000125741  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0045  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0637715  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0042  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00353157  normal  0.196649 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0041  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00117602  normal  0.194797 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0049  tRNA-Glu  88.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000824849  hitchhiker  0.0000000000360251 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0037  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000218875  normal  0.202852 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0002  tRNA-Glu  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000240355  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0040  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00115197  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0043  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0177795  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0105  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00614062  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0108  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0110  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000208441  normal  0.204301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0109  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000218236  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0107  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000800157  normal  0.198149 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0104  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0156595  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0072  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000259101  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0113  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000136278  normal  0.205687 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0112  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000133655  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0074  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000046104  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0076  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000131941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0073  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000527545  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0111  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000137608  normal  0.208411 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0039  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037327  normal  0.202032 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0080  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0083  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000720512  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0079  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0078  tRNA-Glu  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000635495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>