54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4009 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4201  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  93.1 
 
 		 348 aa  671    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4009  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  100 
 
 		 348 aa  713    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4149  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  73.27 
 
 		 348 aa  518  1e-146  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4136  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  73.27 
 
 		 348 aa  520  1e-146  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4218  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  72.97 
 
 		 348 aa  518  1e-146  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00115149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4032  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  70.54 
 
 		 358 aa  518  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.010328  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4296  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  73.27 
 
 		 348 aa  520  1e-146  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4002  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  73.27 
 
 		 348 aa  520  1e-146  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5218  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  73.27 
 
 		 348 aa  520  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.813852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0183  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  70.54 
 
 		 359 aa  518  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03663  Entobacterial Common Antigen (ECA) polysaccharide chain length modulation protein  73.27 
 
 		 348 aa  520  1e-146  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0114437  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03612  hypothetical protein  73.27 
 
 		 348 aa  520  1e-146  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00829119  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4191  lipopolysaccharide biosynthesis protein  73.27 
 
 		 348 aa  520  1e-146  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0658934  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0513  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  72.75 
 
 		 339 aa  514  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.283706 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4307  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  72.07 
 
 		 348 aa  510  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4145  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  72.07 
 
 		 348 aa  510  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4199  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  71.77 
 
 		 348 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4130  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  72.07 
 
 		 348 aa  510  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4248  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  72.07 
 
 		 348 aa  510  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0162  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  72.49 
 
 		 350 aa  505  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4001  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  70.8 
 
 		 348 aa  498  1e-140  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.641375  normal  0.0363623 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0159  lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE  54.02 
 
 		 341 aa  371  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1615  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.99 
 
 		 326 aa  110  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.626955  normal  0.791839 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1205  chain length determinant protein  24.57 
 
 		 344 aa  107  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.747059  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2318  chain length determinant protein  24.28 
 
 		 344 aa  104  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01915  hypothetical protein  23.41 
 
 		 326 aa  103  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01929  regulator of length of O-antigen component of lipopolysaccharide chains  23.41 
 
 		 327 aa  103  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1630  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.41 
 
 		 326 aa  102  9e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203783  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1033  chain length determinant protein  23.12 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.205095 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2639  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.66 
 
 		 332 aa  95.1  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.684026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2960  chain length determinant protein  22.83 
 
 		 325 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000740001 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2307  chain length determinant protein  24.34 
 
 		 327 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0598886 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2258  chain length determinant protein  24.34 
 
 		 327 aa  89.7  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0308231 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2204  chain length determinant protein  24.34 
 
 		 327 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2417  chain length determinant protein  24.34 
 
 		 327 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0117622 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2305  chain length determinant protein  24.34 
 
 		 325 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0412425 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0628  ferric enterobactin transport protein FepE  23.23 
 
 		 378 aa  76.6  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0608  ferric enterobactin transport protein FepE  21.91 
 
 		 377 aa  76.6  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0701  ferric enterobactin transport protein FepE  23.45 
 
 		 378 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00554  regulator of length of O-antigen component of lipopolysaccharide chains  21.97 
 
 		 377 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.60022  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00543  hypothetical protein  21.97 
 
 		 377 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.589908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0638  ferric enterobactin transport protein FepE  22.54 
 
 		 377 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3039  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.54 
 
 		 377 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.443281  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0673  ferric enterobactin transport protein FepE  21.97 
 
 		 377 aa  75.9  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0642  ferric enterobactin transport protein FepE  23.25 
 
 		 378 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.412553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0685  ferric enterobactin transport protein FepE  23.25 
 
 		 378 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3057  ferric enterobactin transport protein FepE  22.54 
 
 		 377 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0490  ferric enterobactin transport protein FepE  22.03 
 
 		 377 aa  73.6  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0608  ferric enterobactin transport protein FepE  21.69 
 
 		 377 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0747  ferric enterobactin transport protein FepE  23.45 
 
 		 378 aa  67.4  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3036  ferric enterobactin transport protein FepE  22.93 
 
 		 383 aa  63.5  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.177075  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1257  ferric enterobactin transport protein FepE  22.93 
 
 		 383 aa  63.5  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000394328  hitchhiker  0.0000000226828 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3177  ferric enterobactin transport protein FepE  22.93 
 
 		 383 aa  62.8  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0315  chain length determinant protein-like protein  25.98 
 
 		 347 aa  42.7  0.008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>