58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3080 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1541  helix-turn-helix, Fis-type  85.65 
 
 		 1488 bp  720    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2407  helix-turn-helix, Fis-type  85.65 
 
 		 981 bp  720    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49226  normal  0.362833 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2433  helix-turn-helix, Fis-type  85.65 
 
 		 981 bp  720    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0656957 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2865  helix-turn-helix, Fis-type  85.65 
 
 		 981 bp  720    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2879  helix-turn-helix, Fis-type  85.65 
 
 		 981 bp  720    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.676741  normal  0.87637 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2941  helix-turn-helix, Fis-type  85.65 
 
 		 981 bp  720    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3099  helix-turn-helix, Fis-type  85.65 
 
 		 1440 bp  720    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3106  helix-turn-helix, Fis-type  85.65 
 
 		 981 bp  720    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.969035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1143  helix-turn-helix, Fis-type  85.65 
 
 		 981 bp  720    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.765117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3080    100 
 
 		 870 bp  1725    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3084    100 
 
 		 870 bp  1725    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3826  integrase catalytic subunit  99.43 
 
 		 981 bp  1685    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0254  helix-turn-helix, Fis-type  85.65 
 
 		 2358 bp  720    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4138  integrase catalytic subunit  85.01 
 
 		 981 bp  624  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0870  helix-turn-helix, Fis-type  85.71 
 
 		 1062 bp  620  1e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.465972 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1190    91.19 
 
 		 540 bp  498  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3112  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0640  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.337003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3086  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.864475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2866  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2819  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2665  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.224592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2329  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137968  normal  0.366873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0660  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0782  integrase, catalytic region  82.5 
 
 		 714 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0865  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0872  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.453841 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1018  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.759642 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1299  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1932  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.827485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1964  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2082  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1945  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2099  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2135  helix-turn-helix, Fis-type  82.5 
 
 		 981 bp  357  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1492  helix-turn-helix, Fis-type  82.33 
 
 		 981 bp  349  8e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.246201  normal  0.113657 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2047  helix-turn-helix, Fis-type  82.33 
 
 		 981 bp  349  8e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2358  helix-turn-helix, Fis-type  82.33 
 
 		 981 bp  349  8e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0867438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2674  helix-turn-helix, Fis-type  82.33 
 
 		 981 bp  349  8e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1264  putative transposase  90.5 
 
 		 417 bp  272  2e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3816    83.14 
 
 		 609 bp  218  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3888    86.09 
 
 		 565 bp  202  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.599643  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3774    86.39 
 
 		 234 bp  165  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6453  Integrase catalytic region  77.94 
 
 		 981 bp  147  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4350    93.83 
 
 		 265 bp  121  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5451  Integrase catalytic region  80.57 
 
 		 981 bp  109  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5505  Integrase catalytic region  80.57 
 
 		 981 bp  109  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2451  integrase catalytic subunit  88.54 
 
 		 981 bp  103  8e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.908146 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4906  integrase catalytic subunit  83.92 
 
 		 618 bp  101  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.350856 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5077  integrase catalytic subunit  83.92 
 
 		 801 bp  101  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8057    91.07 
 
 		 830 bp  71.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.133932  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9017    91.07 
 
 		 303 bp  71.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9080    91.07 
 
 		 1404 bp  71.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5096  hypothetical protein  90.57 
 
 		 471 bp  65.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.495591 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9018    84.38 
 
 		 531 bp  63.9  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4624  helix-turn-helix, fis-type  82.24 
 
 		 471 bp  61.9  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.318976  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4629    86.15 
 
 		 351 bp  58  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4207    82.89 
 
 		 222 bp  48.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.57112  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>