43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1396 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1396  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0021  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0021  tRNA-His  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000695669 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0023  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00261193  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09670  tRNA-His  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.253938  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna021  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000113486  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna019  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000572511  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1417  tRNA-His  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0039  tRNA-His  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.639716  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0040  tRNA-His  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.646222  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0020  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000489329  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t13  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0015  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0122197  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0009  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000774106  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0058  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0554594 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0028  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0059  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.105531  normal  0.0549747 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0057  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.102505  normal  0.0559478 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0056  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.102951  normal  0.0568899 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0090  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.28119  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2216  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0264788  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0017  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0040  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.17215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0300  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2262  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.11111  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1890  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2185  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2181  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  88 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.337917 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0417  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00804447  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0176  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0027  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00584174  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2171  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.100326  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0560  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>