299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0023 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  97.26 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0058  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  95.45 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  95.45 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  95.45 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  95.45 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  95.45 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  95.45 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  95.45 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0050  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0595881  unclonable  6.505860000000001e-24 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0032  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 72 bp  89.7  9e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0622401 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0025  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0049  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000146124  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0029  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0011  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000312741  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0064  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119714  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0025  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102759  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0069  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000181822  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0079  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0289577  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0036  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.290713  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0065  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00709117  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  91.53 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0086  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0064  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0076  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0025  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000025626  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0061  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.502238  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0078  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.255536  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08480  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0822339  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0014  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000187798  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0032  tRNA-Thr  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.386226  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0007  tRNA-Thr  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0030  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186528  normal  0.069463 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0014  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000044253  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2437  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2439  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2442  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2941  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.161896  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2147  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2149  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2152  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2624  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0085  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000677619  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000584403  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0124  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00762261  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5702  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00210319  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5731  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447208  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0166054  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0135529  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00616299  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228312  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.181325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000285821  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000616859  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2743  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0016  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00244932  hitchhiker  0.00000298756 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0061  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000472522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000298609  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0435847  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0013  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0046  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.567197 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2972  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0010  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000409146  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0045  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0016  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.669511  normal  0.713856 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0019  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0246771  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0108  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00964752  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0010  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000231874  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3261  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0019  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0021023  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0019  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.475559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1810  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>