More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_R0037 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_R0037  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.060369  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0036  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.616932  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.238637  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0023  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000368912  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0041  tRNA-Asp  95.65 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00163216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0029  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000411278  normal  0.024303 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0031  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000438014  normal  0.0251271 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0046  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0072  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.217203  normal  0.378802 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0064  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0066  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0021  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540694  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0002  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0071  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.146607  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0045  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0004  tRNA-Asp  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0004  tRNA-Asp  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0004  tRNA-Asp  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0003  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000762026 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0003  tRNA-Asp  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0041  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000931671  normal  0.0847681 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0038  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000264026  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0040  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000865357  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0042  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000403419  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0016  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.034253  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000370726  hitchhiker  0.000000254524 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0052  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000174221  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0049  tRNA-Asp  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0598225  unclonable  6.706210000000001e-24 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0051  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000613833  normal  0.325471 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  87.5 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0056  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176781  normal  0.237793 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2681  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0214101 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0006  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0043  tRNA-Asp  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000383968  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02887  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0019  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0460916  hitchhiker  0.000581212 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0034  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000139644  normal  0.214126 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2455  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0090  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0030  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000000372782  normal  0.435881 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0016  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000000350456  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asp-3  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0247  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asp-4  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000234173  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0046  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000000184395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0037  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.749982  normal  0.314117 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0023  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.407669  normal  0.337177 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0019  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00000139043  normal  0.566857 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2713  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000225937  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2471  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2621  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000284605  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2623  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000119328  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0049  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.203768  normal  0.0133799 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0056  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000172836  normal  0.350992 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1987  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000448735  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1989  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000700104  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2128  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.295642  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2324  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0247  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.232166  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0057  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0056  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0014  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0035  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.527919  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2806  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.132763  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0036  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.321878  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0030  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000504867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3492  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140765  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0094  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000513172  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0098  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000169321  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0101  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1946  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2099  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000679661  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0049  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2313  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.118366  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2484  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000127815  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2351  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.538678  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2482  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381628  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3358  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0487179  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2536  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0232654  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3214  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000106519  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4220  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.579295  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1372  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173514  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0056  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338252  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0047  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.12456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0050  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000744732  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0054  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000254404  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1221  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2538  tRNA-Asp  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00838842  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>