87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_R0003 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_R0003  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000762026 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.616932  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0021  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540694  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0023  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000368912  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0031  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000438014  normal  0.0251271 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0029  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000411278  normal  0.024303 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.238637  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0037  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.060369  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0036  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0072  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.217203  normal  0.378802 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0046  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0045  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0071  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.146607  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0002  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0066  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0041  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000931671  normal  0.0847681 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0041  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00163216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0064  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0031  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000010181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0030  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000948494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0016  tRNA-Asp  89.06 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.034253  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0003  tRNA-Asp  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0004  tRNA-Asp  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0004  tRNA-Asp  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0004  tRNA-Asp  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0051  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000613833  normal  0.325471 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0052  tRNA-Asp  90.38 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000174221  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0040  tRNA-Asp  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000865357  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0006  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000433123  normal  0.0757617 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0042  tRNA-Asp  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000403419  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0038  tRNA-Asp  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000264026  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0049  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000144265  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0029  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0028  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0607883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0027  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0245958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0026  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0397308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13730  tRNA-Asp  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14160  tRNA-Asp  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna40  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna39  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08680  tRNA-Asp  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00345298  normal  0.233368 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0028  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0040  tRNA-Asp  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0062  tRNA-Asp  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000079557  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0035  tRNA-Asp  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000103036  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0028  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2625  tRNA-Asp  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2631  tRNA-Asp  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.830892  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  85.96 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2628  tRNA-Asp  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000370726  hitchhiker  0.000000254524 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2948  tRNA-Asp  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.282487  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2945  tRNA-Asp  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.393325  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0033  tRNA-Asp  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2942  tRNA-Asp  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.265359  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0012  tRNA-Asp  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0049  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.85452 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0060  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.488944  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34020  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.73239  normal  0.53918 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0007  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0014  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0020  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000252373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0019  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000264705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0074  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.529781 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0073  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.524429 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  86.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  86.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01860  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0054  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.521016 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0006  tRNA-Asp  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108569 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0009  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0603  tRNA-Asp  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.508716  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0599  tRNA-Asp  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.20991  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>